說起秦始皇的罪名，焚書坑儒絕對是一項大罪，因此事秦始皇留下來千古罵名。但是現在人們發現了新的證據，秦始皇焚書坑儒沒有錯，扯不到什麼專政上去，一直以來，都是後世之人誤解了秦始皇。
其實，秦始皇坑殺的是那些欺騙他多年的術士，這些術士以尋找長生不老藥爲名，待在秦始皇身邊多年騙錢，然而幾十年後秦始皇仍然沒有找到不老藥，一氣之下將這些欺騙他的術士全部殺死，這件事情被劉邦等後世篡改，變成了焚書坑儒。
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始皇三十五年，衆術士依然沒能找到不死之藥。這時，盧生對秦始皇說，我們之所以一直找不到仙藥，是因爲皇上的住所讓臣子們知道了，妨害了神仙。現在皇上治理天下，還沒能做到清靜恬淡。希望皇上所住的宮室不要讓別人知道，這樣，不死之藥或許能夠得到。”秦始皇信以爲真，非但如盧生所說去做，還自稱“真人”，不稱“朕”。可見秦始皇對不死之藥的渴望之強烈。
但術士之言乃是謊話，終有一日會被揭穿。由於擔心事發被罰，侯生、盧生決定逃出咸陽。在逃之前，兩人還未自己求藥不成找藉口：“始皇爲人，天性剛戾自用，起諸侯，並天下，意得欲從，以爲自古莫及己。專任獄吏，獄吏得親倖。博士雖七十人，特備員弗用。丞相諸大臣皆受成事，倚辦於上。上樂以刑殺爲威，天下畏罪持祿，莫敢盡忠，……天下之事無大小皆決於上，……貪於權勢至如此，未可爲求仙藥。於是乃亡去。”
始皇聽到兩人私逃並且還誹謗了皇帝，大怒，指責方士“韓衆等去不報，徐巿等費以鉅萬計，終不得藥，徒奸利以相告日聞。盧生等吾尊賜之甚厚，今乃誹謗我，以重吾不德也。諸生在咸陽者，吾使人廉問，或爲妖言以亂黔首。”“於是使御史悉案問諸生，諸生轉相告引，乃自除犯禁者四百六十餘人，皆坑之咸陽。”並告知天下，以懲戒後。這就是歷史上所謂的“坑儒”事件。(《史記·秦始皇本紀》)
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後世很多書對“坑儒”一事還有不同的記載。《文獻通考·學校考》雲：始皇“又令冬種瓜麗山，實生，命博士諸生就視，爲伏機，殺七百餘人。秦二世時，又以陳勝起，召博士計生議，坐以非所宜言者，各數十人。然此秦之於博士弟子，非惟不能考察試用之，惟恐其不澌盡泯沒矣。”焚書坑儒-議坑儒 按照《史記·秦始皇本紀》的記載，所謂的“坑儒”其實是坑術士。可能裏面有儒生被牽連，但此事的起因與儒生無關，即使被牽連，也是個別儒生參與其中，還不至於將此事說成是坑儒。
又《史記·儒林列傳》也說“至秦之季世，焚詩書，阬術士”，也就是說，《史記》裏的記載是坑術士，而不是坑儒。但據《文獻通考》，秦始皇確實是坑儒了，而且是處心積慮地計劃的。那到底哪一種說法是正確的呢?一般來說，對於幾份史料，如果同一件事有不同的記載，則優先來考慮距離事件發生時間最近且比較權威的那一份。以這個爲原則，無疑《史記》的記載應優先考慮。
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再看年代稍遠的《資治通鑑》的記載：“侯生、盧生相與譏議始皇，因亡去。始皇聞之，大怒曰：‘盧生等，吾尊賜之甚厚，今乃誹謗我!諸生在咸陽者，吾使人廉問，或爲妖言以亂黔首。’於是御史悉案問諸生。諸生傳相告引，乃自除犯禁者四百六十餘人，皆坑之咸陽，使天下知之，以懲後”。可以看出，與《史記》的記載相差無幾。所以，秦始皇當年坑的是術士，並非儒生。原因是術士求藥不成，私逃，且誹謗皇帝，而不是針對儒生。
所以這件事並不是因爲秦始皇的專政，更與什麼思想控制無關，秦始皇這麼做不過是發泄自己被騙的憤怒而已，更何況他的做法放眼歷史並不過分，如果是項羽朱元璋等皇帝，恐怕早就誅殺他們九族了。
