秦始皇在政治、經濟上實行的改革，並不是一帆風順的。還在統一之初，就在要不要分封諸子爲王的問題上發生了一場爭論。以丞相王綰爲首的一批官吏，請求秦始皇將諸子分封於佔領不久的燕、齊、楚故地爲王。認爲這樣有利於鞏固秦的統治。但廷尉李斯則堅持反對態度。認爲，春秋戰國諸侯之所以紛爭，完全是西周分封制造成的惡果。只有廢除分封制，纔可免除禍亂。
秦始皇採納了李斯的意見，認爲立封國，就是樹敵兵。於是在全國確立了郡縣制。
事隔八年之後，到始皇三十四年(前213年)，在秦始皇於咸陽宮舉行的宮廷大宴上，又發生了一場師古還是師今的爭論。焚書之舉正是由此引發的。在宴會上，僕射周青臣，面腴秦始皇，吹捧他自上古不及陛下威德.博士淳于越針對周青臣的腴詞提出了恢復分封制的主張。他說：臣聞殷周之王千餘歲，封子弟功臣，自爲輔枝。今陛下有海內，而子弟爲匹夫，卒有田常、六卿之臣，無輔拂，何以相救哉?事不師古而能長久者，非所聞也。今青臣又面腴，以重陛下之過，非忠臣。秦始皇聽後不動聲色，把淳于越的建議交給羣臣討論。丞相李斯明確表示不同意淳于越的觀點。
他反駁說：三代之爭，何可法也.儒生不師今而學古，道古以害今，如不加以禁止，則主勢降乎上，黨與成乎下，統一可能遭到破壞。爲了別黑白而定一尊，樹立君權的絕對權威，他向秦始皇提出焚燬古書的三條建議：
(1)除《秦紀》、醫藥、卜筮、農家經典、諸子和其他歷史古籍，一律限期交官府銷燬。令下三十日後不交的，處以鯨刑並罰苦役四年;
(2)談論《詩》、《書》者處死，以古非今者滅族，官吏見知不舉者，與同罪;
(3)有願習法令者，以吏爲師。秦始皇批准了李斯的建議。在宴會散後第二天，就在全國各地點燃了焚書之火。
不到30天時間，中國秦代以前的古典文獻，都化爲灰燼。留下來的只有皇家圖書館內的一套藏書。
在焚書的第二年，又發生了坑儒事件。坑儒不是焚書的直接繼續，而是由於一些方士、儒生誹謗秦始皇引起的。秦始皇在攫取到巨大權力和享受到榮華富貴之後，十分怕死。在統一中國之後，他異想天開地要尋求長生不死藥。方士侯生、盧生等人迎合其需要，答應爲秦始皇找到這種藥。按照秦律謊言不能兌現，或者所獻之藥無效驗者，要處以死刑。侯生、盧生自知弄不到長生不死藥，不但逃之夭夭，而且誹謗秦始皇天性剛戾自用，專任獄吏，事情無論大小，都由他一人決斷，貪於權勢等等。秦始皇聽後，盛怒不可抑止，以妖言以亂黔首的罪名，下令進行追查，並親自圈定460餘人活埋於咸陽。這即是所謂的“坑儒”事件。
焚書事件
中國的春秋戰國時期(公元前771年-前221年)由於社會逐漸進入青銅時代，中國的社會生產力得到了較大的發展，一些平民百姓逐漸從體力勞動中解放出來。
他們面對紛亂的社會狀況，希望通過思索和鑽研前人治世理念尋找到一條可以使社會安定，百姓不再流離失所的救世之路。於是產生了諸多的學派學說，並撰寫出無數着作，史稱諸子百家。
隋朝的牛弘提出“五厄”之說，論中國曆代圖書被焚燬，首當其衝即爲秦始皇焚書，二是西漢末赤眉起義軍入關，三是董卓移都，四是劉石亂華，五是魏師入郢。而劉大魁作《焚書辨》，燒秦宮室，火三月不滅”一句，宣稱書是項羽焚燒的。但是漢朝無人就此指責項羽“焚書”，儘管他是劉邦的敵人。
坑儒事件
而在焚書開始的第二年，即公元前212年，秦始皇在當時秦首都咸陽將四百六十餘名術士坑殺，即爲所謂的“坑儒”。
