秦始皇雖然功績顯赫，卻也落下了一個暴君的名號，他確實在某些方面是一個暴君的標準做派，焚書坑儒就是後世主要抨擊他的地方。
秦始皇建政，視天下爲芻狗，荒淫暴虐，民不聊生。特別是“焚書”事件，引起了讀書人的強烈不滿。有兩個儒生，一個姓侯，一個姓盧，《史記》稱之爲侯生、盧生。這兩個人私下議論說：“始皇爲人，天性剛戾自用，滅諸侯，並天下，意得欲從，於是便自以爲自古以來的聖賢誰也比不上他。
他高高在上，聽不到批評之聲，日益驕橫;官員們爲了討好他，只能戰戰兢兢地說謊欺瞞。法律規定，方士之術不靈就要被處死。如今方士三百人，都是因爲畏懼而獻諛，誰也不敢指出始皇之過，天下之事無論大小皆取決於皇帝，他竟以秤來稱量大臣們的上疏，大臣們呈上的疏奏(竹簡)每天不足一百二十斤，誰也不能休息。像這樣貪攬權勢的人，我們不能爲他求長生不死之藥。”於是，二人相約而逃。
秦始皇聽說侯生和盧生逃跑了，勃然大怒，說：“我對待盧生這些人不薄，賞賜甚厚，而他們居然在背後誹謗我，說我缺德。我曾派人去問這些在咸陽的儒生，有人告訴我，他們中有人妖言惑衆，擾亂老百姓的思想。”於是，始皇命有關部門逮捕了一些散佈“妖言”的讀書人。這些人在嚴刑拷打之下，互相檢舉揭發，共“咬”出了四百六十多個誹謗過秦始皇的儒生。秦始皇一聲令下，這四百六十多個儒生遂被活埋於咸陽。
這就是發生於公元前212年的“坑儒”事件。侯生與盧生本是受秦始皇之命尋仙求藥的方術之士，還不能算是純粹的儒生。他們的逃跑，可能是怕自己找不到仙藥被追究，而他們評論秦始皇的話，卻無不中的。嬴政由他二人的逃跑，而遷怒於咸陽的讀書人，竟一口氣活埋了四百六十多人。
關於坑儒之事還有一說：由於秦始皇把文字統一爲大篆和隸字，“國人多誹謗怨恨”，秦始皇怕天下不從，於是廣召儒士書生到咸陽，共召到七百餘人，全拜之爲郎官。然後，秦始皇密令親信在驪山硎谷的溫暖向陽之處種瓜，等瓜成熟後，正值冬天，乃使人上奏：“驪山竟然冬天長出瓜來了!”秦始皇令諸生前去察看，諸生到谷中之後，正在辯論不已，忽然上面土石俱下，遂皆被壓死。驪山硎谷後來又叫“坑儒谷”，在漢代，這裏叫“愍儒鄉”。有人考證，坑儒谷在今陝西省臨潼西南部五里處，是一個狹長幽深的山谷，實地很符合這個記載。
也有人認爲，秦始皇驪山坑儒一事，其實就是咸陽坑儒的誤記。因爲“驪山坑儒”說僅見於東漢初年衛宏作的《詔定古文尚書序》，而且也沒有註明出處。其餘古籍，均無此記載。但是，衛宏是漢光武帝時的著名學者，是治學嚴謹的史學家、訓詁學家。他在這篇序言中披露此事，以他的治學態度，應該不是信口開河。況且，《史記》記載的秦始皇咸陽坑儒與衛宏所記驪山坑儒在地點、人數、坑埋方式上都不同。如此說來，秦始皇之坑儒，至少有兩次。
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