早期經歷
侯君集，豳州三水人，早年人比較浮誇，學弓箭學不會，還號稱自己有勇武。後來加入秦王府，跟隨李世民南征北戰，立下軍功，逐漸被李世民賞識，得以參與各項事務的謀劃。被封爲左虞侯、車騎將軍，封全椒縣子。
唐武德九年(626年)，李世民與李建成的矛盾激化，李建成拉攏尉遲恭不成，於是派人刺殺，失敗後尉遲恭與侯君集勸諫李世民早點下決心與李建成了斷， 於是李世民發動玄武門事變，率領侯君集等人誅殺李建成及李元吉。李世民即帝位後，封侯君集爲左衛將軍、潞國公，賜邑千戶，後又封爲右衛大將軍。
貞觀四年(630年)，侯君集被遷爲兵部尚書，開始參與朝政。李世民打算討伐吐谷渾伏允，任命李靖爲西海道行軍大總管，命侯君集與李道宗爲李靖的副手。
討吐谷渾
貞觀九年(635年)三月，李靖攻滅東突厥後，率領侯君集開始討伐吐谷渾，大軍行至鄯州，李靖在侯君集的建議下，挑選精銳，長驅直入。伏允在庫山被擊敗後，輕軍奔走沙漠。李靖與薛萬鈞、李大亮從北，侯君集與李道宗從南分兩路長途奔襲，追擊伏允。當時夏天卻有霜降，山裏有很多積雪，但侯君集等克服自然困難追擊二千多裏地，先後於邏真谷、漢哭山、星宿川、柏海等大破伏允軍，斬獲頗豐。侯君集一路追擊到積玉山，見到河水的源頭，纔回師與李靖在大非川會合，班師回朝。 (詳見唐擊吐谷渾之戰)
貞觀十一年(637年)，侯君集獲封陳州刺史、陳國公。十二年(638年)官拜吏部尚書、光祿大夫。侯君集出身行伍，沒有讀過什麼書，獲得高官厚祿以後開始讀書學習，參與官員的選拔，定製考覈題目。侯君集出爲武將征伐，入爲大夫參與朝政，一時間享有美譽。
攻滅高昌
貞觀十三年(639年)，高昌王麴文泰斷絕西域與中原的商業往來，於是李世民徵召麴文泰入朝，麴文泰稱病不去，李世民任命侯君集爲交河道行軍大總管，契苾何力爲蔥山道副大總管。率領大軍前往討伐。麴文泰聽到這個消息後對國人說：“唐國距離高昌有七千餘里，有沙漠兩千裏，冬冷夏熱，沒有水草，大軍難以前行。若唐軍強行軍至高昌二十天內糧草必然吃完，那時候與唐軍接戰一定打敗他們，所以沒有什麼好擔心的。”然而侯君集率領大軍行至磧口，麴文泰卻已經病死，其子麴智盛繼承王位。
貞
《貞觀之治》的侯君集觀十四年(640年)，侯君集等率兵行至柳谷，探馬稟報說麴文泰將要安葬，高昌國人到時候聚集一處，可趁機襲擊。但侯君集卻認爲趁其墓葬時偷襲不是問罪之師，而拒絕這麼做。侯君集於是領大軍前進攻略高昌城土。侯君集勸降未成後，侯君集調集攻城器械開始攻城。用推車撞擊女牆，用拋車往城中砸石頭，城牆上和城裏的人被砸的潰爛，很快便將城池打破，擄獲男女七千餘人。侯君集乘勝進兵，包圍高昌國都城。
高昌新王麴智盛窮途末路，於是致書給侯君集說是先王對唐天子無禮，而自己剛剛繼位沒有什麼過錯，希望侯君集能手下留情。侯君集回書給麴智盛說如果是真心悔過，就在軍門束手投降。但麴智盛卻指望西突厥能派兵來援，而西突厥欲谷因爲害怕唐軍不敢來。此時侯君集又調集工程器械開始攻打，拋車砸出的石頭讓城內人無處躲避，麴智盛無計可施，開城投降。侯君集於是分兵平定高昌各地，高昌國滅亡。
侯君集滅高昌後，在未奏請李世民的情況將一些沒有罪的人發配，又私自將高昌國寶物據爲己有。手下將士們知道後也開始盜取金銀珠寶，侯君集害怕自己做的醜事被揭發，於是不敢治將士們的罪。班師回朝後司法官將侯君集下獄，但中書郎岑文本以爲侯君集是功臣大將，不能輕加屈辱，於是上書李世民請求將侯君集釋放。 而侯君集自以爲立下大功卻因爲貪財而被囚禁，感到非常不快。
貞觀十七年(643年)，張亮被派往洛陽做都督，侯君集問張亮：“怎麼會遭到排擠?”張亮說：“如果因爲公務在外做官就是遭到排擠，那麼誰纔是最冤枉的?”侯君集又說：“我平定一個國家，回朝後惹得皇上大怒，怎麼不是排擠?”侯君集說着還挽起袖子說道：“這樣子活不下去，你能造反嗎，要是可以，我和你一起造反。” 張亮將侯君集的話告訴給了李世民，李世民對張亮說：“你和侯君集都是功臣。這些話侯君集只告訴給了你一個人，到時候他死不認賬，你也拿他沒辦法。”於是李世民將這件暫且放下，對待侯君集還是和以前一樣。而後李世民命閻立本畫侯君集等二十四人的畫像置於凌煙閣，侯君集位列第十七名。
謀反被殺
貞觀十七年(643年)，太子李承乾擔心自己被廢，得知侯君集常有怨恨，而侯君集的女婿賀蘭楚石又在東宮任職，於是多次派他引侯君集入東宮。侯君集覺得李承乾無能，想利用他，於是勸李承乾謀反。侯君集與李承乾謀劃好之後，擔心計劃泄漏，心中不安，常常晚上睡不着，妻子非常奇怪，對侯君集說：“你是國家大臣，每天晚上這樣，一定是有什麼事。如果你做了什麼對不起國家的事，應該自己到皇上面前去領罪，這樣才能保全自己。”但侯君集沒有聽妻子的話。
而後李承乾事情敗露被廢，賀蘭楚石又將侯君集與李承乾一起謀劃的事告訴李世民。李世民覺得侯君集有安定國家的大功，不想治侯君集的死罪，但羣臣進諫說侯君集的罪天地難容。李世民非常難過，將侯君集處死，臨死前侯君集請求赦免自己的妻子和兒子，好爲自己守喪。李世民同意後將其妻子兒子遷至嶺南。
軼事典故
唐太宗曾讓李靖教侯君集兵法，後來侯君集上奏唐太宗，說李靖將反，因爲每到精微之處，李靖則不教授。唐太宗聽後責備李靖，李靖卻回答說：“這是侯君集想要謀反。如今中原安定，我所教他的兵法，足以安制四夷。如今侯君集求學盡臣的兵法，是他將有異志啊。”此時，侯君集尚未有任何反跡，唐太宗似不相信。一次，朝後回尚書省，侯君集騎馬越過省門數步尚未發覺。李靖見到這種情況，便對人說：“侯君集意不在人，必將謀反。”
歷史評價
魏元忠：“李靖破突厥，侯君集滅高昌，蘇定方開西域，李勣平遼東，雖奉國威靈，亦其才力所致。”
劉昫：“侯君集摧兇克敵，效用居多;恃寵矜功，粗率無檢，棄前功而罹後患，貪愚之將明矣。張亮聽公穎之妖言，恃弓長之邪讖，義兒斯畜，惡跡遂彰，雖道裕雲反狀未形，而詭詐之性，於斯驗矣。萬徹籌深行陣，勇冠戎夷，不能保其首領，以至誅戮。夫二三子，非慎始而保終也。”贊曰：“君子立功，守以謙沖。小人得位，足爲身害。侯、張兇險，望窺聖代。雄若韓、彭，難逃菹醢。”
宋祁：“侯君集位將相私謁太子，張亮養子五百人，薛萬徹與狂豎謀，皆死有餘責，又何咎哉?”
蘇洵：“漢之衛、霍、趙充國，唐之李靖、李勣，賢將也。漢之韓信、黥布、彭越，唐之薛萬徹、侯君集、盛彥師，纔將也。賢將既不多有，得才者而任之可也。”
朱元璋：“侯君集有功於唐，犯法當誅，太宗欲宥之，而執法者不可，卒以見誅。非高祖、太宗忘功臣之勞也，由其恃功驕恣，自冒於法耳。”
家族成員
高祖父：侯恕(魏北地郡守)
曾祖父：侯欣(泰州刺史、奉義縣公)
祖父：侯植(驃騎大將軍，肥城縣公)
父親：侯定(車騎大將軍、潞國公)
墓葬
據《三水縣誌》記載，侯君集墓在三水縣東北雞阜山巔，現已被毀。
