意志品德
殘酷的社會生活環境，鑄就了皇甫謐堅強的意志和高尚的人格，影響並激勵着後人。當他發奮讀書，名聲漸起時，周圍的人就勸他脩名廣交，他認爲：“非聖人孰能兼存出處。居田裏之中，亦可以樂堯舜之道，何必崇接世利，事官鞅掌，然後爲名乎”，作《玄守論》，提出了“貧者士之常，賤者道之實，處常得實，沒齒不憂，孰與富貴擾神耗精者乎!”的觀點，表達了他不與世俗流趣，安貧樂道，淡泊名利的思想。《晉書·皇甫謐傳》還記載了這樣一則故事：皇甫謐姑母的兒子樑柳當了城陽太守，將赴任，人們勸皇甫謐爲其餞行。他回答說：樑柳未當官時到我家裏來，我迎送他時門都不出，吃飯時只不過上一點鹹菜，窮人都不認爲酒肉是好朋友。今天他當上了郡守，我若爲他餞行，那就是看重城陽太守而輕視樑柳，不符合古人之道，我心中不安!
醫學貢獻
皇甫謐小時候，過繼給叔父，遷居新安(含河南新安縣)。叔父、叔母，尤其是叔母，很疼愛他。而皇甫謐自幼貪玩，無心向學，人們笑他是傻子。到了十七歲，人高馬大，竟“未通書史”，整天東遊西蕩，象脫繮的馬，叔母對皇甫謐如此調皮搗蛋非常氣憤，恨鐵不成鋼，常常爲他的前途而憂慮。一天，她把貪玩的皇甫謐趕出家門，想要教訓他。誰知他到了外邊弄來了香瓜、甜果之類，洋洋自得地呈獻給叔母，以爲如此“孝順”一番，便可平息叔母的盛怒。誰知叔母更加氣憤，接過瓜果，狠狠地摔在地上，流着淚說：“你快二十歲了，還是‘志不存教，心不入道’，你要真心孝順父母，就得‘修身篤學’”。他很受感動，噙着淚花發誓要悔過自新，改弦更張，矢志苦學。從此以後，他刻苦攻讀，虛心求教，一天也不懈怠。下定決心要編著一部鍼灸學專書。
人們不禁會問，皇甫謐面對血腥風雨、貧病交加的社會生活環境，爲什麼會不被高官所動，不爲富貴而移，迎風而立，以超常的毅力，耽玩典籍，著書立說，成爲千古學者?也許我們從他的宇宙觀即哲學思想中能找到答案。他和中國古代的許多學者一樣，沒有系統地探討過自然界的本源、本質，也沒有留下專門的論述和專著，但從他傳世的大量著作中，仍然可以窺視他的哲學觀點。
對於鍼灸方面的經驗，早在二千多年前，我國醫家已進行了系統總結。如一九七三年在湖南長沙和馬王堆漢墓中，發現了多種周代編寫的醫書，其中有《足臂十一脈灸經》和《陰陽十一脈灸經》。戰國時代的《黃帝內經》也有許多論述鍼灸的內容。東漢初期鍼灸名醫涪翁還有《針經》的專述。但是晉代以前涉及到鍼灸內容的醫書，“其父深奧”，“文多重複，錯互非一”。加上當時用竹木簡刻書，書被視爲祕寶，普通的人是不易得到的。由於參考書奇缺，這給皇甫謐編撰工作帶來很大困難。然而值得慶幸的是，皇甫謐沒有在困難面前低頭。他用百折不撓的精神，設法借來了需要的醫書，經窮搜博採，獲得了大量的資料。
他把古代著名的三部醫學著作，即《素問》，《針經》(即《靈樞》)，《明堂孔穴鍼灸治要》，纂集起來，加以綜合比較，“刪其浮辭，除其重複，論其精要”，並結合自己的臨證經驗，終於寫出了一部爲後世鍼灸學樹立了規範的鉅著—《黃帝三部鍼灸甲乙經》，也稱《鍼灸甲乙經》，簡稱《甲乙經》。
十二卷的《皇帝鍼灸甲乙經》在總結、吸收《黃帝內經》、《素問》、《針經》、《明堂紀穴鍼灸治要》等許多古典醫學著作精華的基礎上，對針灸穴位進行了科學的歸類整理，在醫學領域矗起豐碑。該書共收錄穴名349個，比《黃帝內經》多出了189個。明確了穴位的歸經和部位，統一了穴位名稱，區分了正名與別名。介紹了內科、外科、婦科、兒科、五宮科等上百種病症及鍼灸治療經驗，並對五臟與五官關係、臟腑與體表器官關係、津液運行、病有標本、虛實補瀉、天人相應、臟腑陰陽配合、望色察病，精神狀態、音樂對內臟器官的影響等問題都作了探討和理論上的闡述，奠定了鍼灸學科理論基礎，對針灸學以至整個醫學事業的發展作出了不可磨滅的貢獻。現今的鍼灸醫學不但在國內得到飛速發展，並且已經風靡世界，世界衛生組織已經正式批准，把鍼灸列爲治療專項，到處受到人們的歡迎。
正因爲如此，皇甫謐是我國古代歷史上唯一與孔子齊名於世界文化史的歷史名人。
《鍼灸甲乙經》，共十卷，一百二十八篇。內容包括臟腑、經絡、腧穴、病機、診斷、治療等。書中校正了當時的腧穴總數的穴位六百五十四個(包括單穴四十八個)，記述了各部穴位的適應證和禁忌，說明了各種操作方法。這是我國現存最早的一部理論聯繫實際，有重大價值的鍼灸學專著，被人們稱做“中醫鍼灸學之祖”，一向被列爲學醫必讀的古典醫書之一。唐代醫家王燾評它“是醫人之祕寶，後之學者，宜遵用之”。此書問世後，唐代醫署就開始設立鍼灸科，並把它作爲醫生必修的教材。晉以後的許多鍼灸學專著，大都是在參考此書的基礎上加以發揮而寫出來的，也都沒有超出它的範圍。直到如今，我國的鍼灸療法，雖然在穴名上略有變動，而在原則上均本於它。一千六百多年來，它爲鍼灸醫生提供了臨牀治療的具體指導和理論根據。此書也傳到國外，受到各國，特別是日本和朝鮮的重視。公元七O一年，在日本法令《大寶律令》中明確規定用《鍼灸甲乙經》列爲必讀的參考書之一。足見，皇甫謐的《鍼灸甲乙經》影響之深遠。
文學貢獻
皇甫謐與流俗異趣，不趨炎附勢，累官不仕，專一著述爲務，僅是一名平民學者，而著書之豐，確是魏晉首富。《帝王世紀》、《年曆》、《高士傳》、《逸士傳》、《列女傳》、《郡國志》、《國都城記》等文史著作廣採百納，博據考稽，建樹史學，對三皇五帝到曹魏數千年間的帝王世系及重要事件，作了較爲詳盡的整理，在史前史研究領域進行了大膽的探索和嘗試，把史前史的開端推到了“三皇”時代，並對“三皇五帝”提出了自己的觀點，認爲“三皇”有兩種說法：一是天皇氏、地皇氏、人皇氏;另—種說法是伏羲、神農、黃帝。“五帝”是少昊、高陽、高辛、唐堯、虞舜，把中國歷史起源的時間提前到上古時代;對前人以及《史記》中語焉不詳的歷史事實尤其是“三皇五帝”的世系紀年及重大活動進行了補充和考證;對歷史上地方名稱的前後變更及一個民族或王朝遷徙地名的變化作了較詳盡的考證;第一次對歷代土地、人口情況進行了較爲詳盡的統計和分析，整理保存了許多寶貴的資料;將歷史人物放到一定的社會歷史條件下進行考察，肯定了歷史人物在歷史前進中的作用。因此，清代歷史學家錢熙祚曾評價“皇甫謐博採經傳雜書以補史遷缺，所引《世本》諸子，今皆亡逸，斷璧殘圭，彌堪寶重”。(清錢熙祚·《帝王世紀序》)
《皇甫謐集》、《玄晏春秋》、《鬼谷之注》，玄守、釋勸、篤終三論，高士、列女等傳，《三都賦序》，並詩誄賦頌，藏珍納萃，字字珠璣，在文學領域獨樹—幟。提出了文章的思想性及社會教育作用，要比“美”和“麗”更重要，反對言過其實，浮誇競興，博言空類。且許多文章中還保存了珍貴的歷史資料，歷史價值遠遠大於文學價值。文章風格犀利，對仗工整，音語鏗鏘，結構嚴謹，故事性強，人物形象生動，思想性和藝術性俱佳，對後世文學的發展起到很大的積極作用。哲學觀點
他繼承了先秦以來一元論的哲學觀點，認爲氣是構成萬物生命的根源。他在《鍼灸甲乙經》中指出：“天之在我者德也，地之在我者氣也，德流氣薄而生也。”這段話的意思是：天之德，地之氣，陰陽交合，生成萬物，也就是說，天所賦予的是生生之機，氣所賦予的是物質基礎，兩相結合，萬物纔有生化之機。自然界萬物萬象正是由於所受氣不同而致。
從四時氣候來說，有春、夏、秋、冬四氣，從自然來說有風、雨、雷、電等氣，氣是天地萬物最原始的物質基礎。人作爲自然界的一部分，也是廩氣而成。他在《鍼灸甲乙經·精神五臟論》中說“兩精相搏謂之神”，兩性之精氣結合，產生新的生命，而新生命隨着形體的完備，也相應的具備了精神。“人有五臟化五氣，所生喜、怒、悲、憂、恐”。可見人的精神狀態完全是隨着物質器官的形成而出現。人死後，形體消亡，精神就不存在了，“精歇形散”(《晉書·皇甫謐傳·篤終論》)正是這個道理。
皇甫謐還特別闡述了夢幻的出現，並不是因爲精神能脫離形體而獨立活動，只是或因爲某些因素的刺激，或是有些情緒變化沒有消除，或出於生理器官有病等才“使人臥不得安而喜夢。”(《鍼灸甲乙經》卷六)，至於夢有所不同，則是由於刺激的原因不同，或者有病的器官不同，如肝臟有病者，就常夢到忿怒，睡前吃得過飽，就會夢到給別人食物等。準確的表達了物質第一、精神第二，存在決定意識等唯物主義觀點。
皇甫謐不僅認識到自然界是物質的，而且看到了一切事物都在陰陽兩氣的矛盾中發展變化，促進了萬事萬物的盛衰榮枯和社會歷史的演化和進步。他在《甲乙經五臟變腧》中說：“故陰陽者，萬物之始終，順之則生，逆之則死”，因此，世界上的事物都是矛盾的統一體，“一明一昧，得道之概;一弛一張，合禮之方;一浮一沉，兼得其真”(《皇甫謐·釋勸論》)。還認爲事物矛盾雙方不停地轉變，促成事物的發展和進步。在《釋勸論》中，他進一步闡述陰陽轉化的觀點“是以寒暑相推，四宿代中，陰陽不治，運化無窮，自然分定，兩克厥中”。陰陽不斷轉化，同時又互相制約。表達了樸素的辯證法思想。
因此，皇甫謐累詔不仕的原因，主要是他樹立了正確的世界觀、人生觀，用辯證法的觀點認識問題、分析問題、解決問題。看到了社會動盪和政治旋渦的險惡，正如《晉書·阮籍傳》中所說：“屬魏晉之際，天下多故，名士少有全者。”因此，不願意躋身權貴，踏入仕途，與統治階級同流合污。他認爲王朝的更迭和代替，表明社會的進步，而這些歷史發展的必然規律是不可逆轉的，腐朽和黑暗只是社會進步中逆轉的浪花，終究會被沖刷的一乾二淨。人的活動必須順時而動，尊重歷史發展的必然規律。
