明朝洪武年間(1368—1398)，戴思恭被朝廷徵爲正八品御醫，授予了“迪功郎”的官職。由於他治病療效特別好，明太祖朱元璋非常看重他。
戴思恭曾爲晉王治癒了肢癱的病症。但後來，朱元璋第三子晉恭王因舊病復發而死。朱元璋大怒，逮捕了王府的御醫，要將他們治罪殺死。戴思恭上前從容進言道：“我曾經爲晉王治過病，並且對您說過，今日雖然病好了，但因爲他的病已深入膏肓，如果再復發就性命難保，今天果然如所言了。”聽了戴思恭的這一席話，太祖朱元璋才免了各位御醫的死罪。
洪武三十一年(1398)5月，太祖朱元璋患病久治不愈，遷怒於御醫，下令逮捕醫官。朱元璋唯獨慰勉戴思恭說：“你是仁義人，不要怕。”仍重用他。不久，明太祖病逝。建文帝即位後，將諸多侍醫治罪，唯獨提升戴思恭爲太醫院使。
到了永樂初年(1403)，78歲的戴思恭因年老告辭回鄉。三年後，再次被徵召入朝，當時的皇帝爲朱棣。早在洪武年間，朱棣尚爲燕王時，因患症瘕之疾，燕王府良醫正(後升院判)韓彝久治不愈，太祖朱元璋就派戴思恭前往燕京(北京)診治。戴思恭先詢問了韓彝所用的藥方，又問燕王有什麼飲食嗜好，朱棣答：“生芹”。戴思恭說：明白了。他一劑藥下，即排出諸多寄生蟲，燕王的病就好了。因此，朱棣對戴思恭十分敬重。戴思恭再次入朝時已80高齡，朱棣對他特別關照，免去了他的跪拜之禮。這一年的年底，戴思恭又告老還鄉。返鄉十天後，戴思恭病逝，享年八十二歲。安葬在浦江之濱的獨秀山。
在戴思恭最後離開朝廷返回故里之時，朱棣曾頒佈詔書“朕復招汝，汝即來也”，可見已爲皇帝的朱棣對戴思恭的期待與敬重，仍然期待着讓戴思恭關注他的保健醫療。戴思恭死後，皇帝傳諭旨予以祭奠，說了許多稱讚之辭。
戴思恭的著作有《證治要訣》十二卷;《證治要訣類方》四卷;《推求師意》二卷;以及校補《金匱鉤玄》三卷。
戴思恭得到了朱丹溪學術的真傳，在繼承中對丹溪未竟之論予以補充、發揮，不愧爲丹溪高足。丹溪說，“氣有餘便是火”， 戴思恭則補充說：“氣屬陽，動作火”，並進一步解釋說：“捍衛沖和不息之謂氣，擾亂妄動變常之謂火”。丹溪說：“人身諸病，多生於鬱”。戴思恭則根據臨牀，對此加以引申，指出“傳化失常”是導致鬱證的關鍵。戴思恭寫的《推求師意》一書，便是本着其師朱丹溪之道，予以研究闡發，發揮了老師的未竟之意。難能可貴的是，戴思恭身爲朱丹溪弟子，對丹溪的心法領悟最深，但也善於靈活運用劉河間、張子和、李東垣之長，而不拘泥於一家之言。
垂暮之年的戴思恭，對恩師朱丹溪仍然懷着深深的敬重。公元1405年，82歲的戴思恭離開朝廷返回故鄉，十天後病逝。而就在這十天裏，他還抱病祭奠了先師朱丹溪的陵墓。
宋濂在《宋學士文集·翰苑續集》中撰文稱讚戴思恭醫術高妙，非一般醫生可及，可以看出戴思恭當時的醫名。明史中評價戴思恭“人謂無愧其師雲”，該是對朱丹溪這位優秀弟子的最高嘉許。
