在秦始皇三十四年(公元前213年)，博士齊人淳于越反對當時實行的”郡縣制“，要求根據古制，分封子弟。丞相李斯加以駁斥，並主張禁止百姓以古非今，以私學誹謗朝政。秦始皇採納李斯的建議，下令焚燒《秦記》以外的列國史記，對不屬於博士館的私藏《詩》、《書》等也限期交出燒燬;有敢談論《詩》、《書》的處死，以古非今的滅族;禁止私學，想學法令的人要以官吏爲師。此即爲”焚書“。而在焚書開始的第二年，即公元前212年，秦始皇在當時秦首都咸陽將四百六十餘名術士坑殺，即爲所謂的”坑儒“。
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焚書坑儒的原因：
1.是秦朝建立專制主義政治體系的需要。
2.一些儒生和遊士引用儒家經典，借用古代聖賢的言論批評時政。
只是對於坑儒，史學家們仍有爭論。一般來說有三種看法：
(1)第一是歷史上並無焚書坑儒一事，這純屬後人的杜撰。持這一觀點的是民國時期興起的”疑古派“，近幾十年的出土文物，有力地支持了司馬遷《史記》的真實性，從而證明了”疑古派“觀點的不成立;
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(2)第二是的確坑了一些人，不過那只是些方士，或稱術士。秦始皇焚《詩》、《書》，醫、卜之類的文籍，不在焚燒之列。司馬遷所著的《史記》中，從未提起過”坑儒“二字。且司馬遷與漢武帝年齡相仿，按最遲計算(漢武帝崩於公元前87年)，司馬遷距離焚書坑儒發生的時間，最遠不過120多年。120年的時間跨度，是什麼概念?就相當於今天的2012年到1896年(清光緒年間)的跨度。司馬遷從十多歲起，就開始遍遊中國，二十三歲的時候，其父司馬談去世，司馬遷就已經接任其父的職務，擔任漢太史令了。如果從司馬遷20歲開始算起(-147年)，距離焚書坑儒(-212年)的時間跨度，不過65年而已。即相當於2011年往前推65年(相當於中華民國時期的1946年)。在這樣一個狹小的時間跨度之內，以司馬遷的學識和所處高層的地位，焚書坑儒這樣大的事件，不可能不清楚。
3.在關於郡縣制的辯論中，丞相李斯斥責儒者依古制實行分封制的主張不合時宜。
最主要的一本是《尚書》，因爲尚書記載上古聖王的治世理念，而秦始皇自以爲”功高三皇，德邁五帝“，所以要用自己的治世觀念代替上古聖王的治世思想，欲厚今乃焚古。其次是《詩經》，因爲詩經中多讚頌歷代君王，始皇不願有六國遺黨頌六國先王。但，最最重要的或是一本方士《道經》。這道經非現在的老子道德經。此經唯留十六字，十六字心傳。”人心惟危，道心惟微;惟精惟一，允執厥中。“(《古文尚書·大禹謨》)《荀子·解蔽篇》中也有類似的引注，稱：”《道經》曰：‘人心之危。道心之微。’危微之幾，惟明君子而後能知之。“
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以上種種原因的使秦始皇做出焚書坑儒的事情來，但是，秦始皇並不是有意要與儒家爲難。實在是當時的秦朝歷來倡導法家思想，以法家思想治國，這四百六十人被秦始皇坑殺了，是因爲秦始皇痛恨他們像盧生那樣欺騙或者散佈詆譭秦始皇的話，犯了誹謗罪，而並非懲罰他們學了儒。秦王朝並沒有專意要”坑儒“，最多是坑了政見不合者。
千百年來，關於秦始皇爲什麼要焚書坑儒，人們圍繞着秦始皇編造了一個又一個故事，真假參半，添油加醋。而歷史的真相往往是出乎我們所料的，希望有關學者可以爲我們解開更多的歷史真相。
