1368年正月初四，朱元璋在南京登基稱帝，建國號“大明”，自此明朝正式登上了中國的歷史舞臺。明朝最初的京師選在南京，但早在朱元璋在位時期，他就曾有遷都的想法，因爲南京離北方邊境太遠，無論是戰略進攻還是戰略防禦都難以做到及時有效。
1391年，朱元璋派太子朱標前往關中考察，打算將國都遷至長安。可是遷都的想法還沒具體計劃出來，朱標就病逝了。晚年痛失愛子讓朱元璋變得意志消沉，此後他便不再提遷都之事了。
1398年，朱元璋去世。他將皇位傳給了朱標之子朱允炆，史稱建文帝。然而沒等建文帝把皇位坐熱，北平的燕王朱棣(朱元璋四子)就以“清君側，靖國難”名義起兵造反了。經過三年時間的“靖難之役”，朱棣打敗建文帝，成功奪取了皇位，成爲明朝歷史上的第三任皇帝，史稱永樂皇帝。
對朱元璋來說，南京雖不是個理想的國都，但還可以接受。可對朱棣來說，南京作爲國都那就是怎麼看怎麼彆扭了，原因大致有三個方面。
一、朱棣的勢力根基在北平而不是在南京。雖然他用武力強行鎮壓了一切反對聲音，可卻無法爭取到江南士子的人心。因此與其留在南京與這些貌合神離的南方士大夫們鬥智鬥勇，還不如直接把首都搬到自己的老家北平，回到主場總是對自己有利的。
二、北平戰略地位非常突出，是連接東北與關內的咽喉要地。定都北平並屯駐大量軍隊在北平周圍，既可以防止北方蒙古勢力的偷襲，也可以將兵權牢牢掌控在自己手中，這一點對用武力奪取到天下的朱棣而言尤爲重要。
三、北平作爲朱棣的“龍興之地”，從封建迷信的角度來說，也更有利於朱棣一脈的發展。
永樂元年(1403年)，“思鄉心切”的朱棣下令將北平更名爲“順天府”(北京)，在名義上與“應天府”(南京)並駕齊驅。三年後，朱棣下詔以南京皇宮爲藍本，興建北京皇宮(紫禁城)並擴建北京城。經過長達十四年的修建，紫禁城終於完工。永樂十八年(1420年)十一月，朱棣正式宣佈遷都北京，改南京爲留都。自此，醞釀了十八年的遷都大計終於在朱棣晚年時大功告成了。
永樂二十二年(1424年)，朱棣在北征蒙古回師途中去世，皇太子朱高熾奉遺詔即皇帝位，史稱洪熙皇帝。
洪熙帝朱高熾是明朝歷史上在位時間倒數第二短的皇帝，在位時間只有短短八個多月。可是在這麼短的時間裏，他卻幹出了許多對明朝後來發展影響非常深遠的事情，爲他的繼任者鋪平了通往盛世的道路。因此無論從哪個角度來說，朱高熾都是一個當之無愧的好皇帝。
洪熙元年(1425年)4月，朱高熾突然作出了一個在當時滿朝文武眼中都非常震驚的決定：遷都回南京。要知道，他的父親朱棣爲建造北京可以說是傾盡國力，如今僅僅過了不到五年，朱高熾就打算搬回南京，這對父子究竟在搞什麼呢?當然，在古代皇帝的決定肯定是不容置疑的。朱高熾一聲令下，全體朝臣自然就要開始準備動遷工作了。兩個星期後，朱高熾派太子朱瞻基前往南京祭典朱元璋的皇陵，並留在南京負責朝廷回遷事宜。
朱高熾爲什麼打算搬回南京呢?其實他的理由很簡單：南京的開銷遠低於北京。古往今來，京師都是大量人口的彙集地，每天光糧食消耗量就非常驚人。北京雖然戰略位置極佳，但它遠離經濟中心，大部分資源供給都要通過漕運從南方輸送過來。古代交通不便，運輸成本極高，定都北京自然就會造成大量沿途消耗。而南京位於南方經濟中心，緊鄰江南各產糧區，運輸成本較輕，每年可節省出大筆錢糧。此外，朱高熾對向北方地區開疆拓土並不感興趣，他只希望讓自己的子民們能過上衣食無憂的生活，所以定都北京的戰略意義就沒那麼突出了。
可是，正當回遷計劃有條不紊地展開時，朱高熾卻於洪熙元年(1425年)5月29日突然駕崩，終年47歲。在臨終前，朱高熾還在遺詔中再三表達了還都南京的心意：“南北供億之勞，軍民俱困。四方仰鹹南京，斯也吾之素心。”然而，他的繼任者宣德皇帝朱瞻基在性格方面卻更接近於他的祖父朱棣，朱瞻基顯然認爲北京比南京更適合作爲國都，因此朱高熾的遺願最終沒有得到實現，自此以後北京便一直是大明王朝的國都，直至明朝滅亡。
