靖難之役成功之後，朱棣坐上了皇帝寶座，然後把都城從南京遷到了北京，南京作爲陪都繼續存在。
朱棣在南京保留了吏、戶、禮、兵、刑、工六部，同時繼續設置都察院、通政司、五軍都督府、翰林院、國子監等機構，官員的級別也和京師相同。
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只不過，人員編制不太齊全，六部每部只設一個尚書，兩個侍郎。南京六部行文時都要署上“南京某部”字樣，以和北京六部區別開來。
朱棣北遷都城之後，爲什麼還要在南京保留一套類似京師的中央行政機構?原因可能主要有三個：一是安撫老臣，給予待遇和官位，讓他們有職無權;
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二是更好的統治震懾南方，到明朝時，南方已經是富庶之地，每年爲朝廷貢獻了四分之三的錢糧，所以朱棣有意加強對南方的治理;
三是爲了防止北方戰事吃緊，不得以退守南京之用，預留一套中央班底，以備不時之需。
雖然南京六部的權力遠不如京師，但也有一定職權。即便不能行使中央權力，但南京六部在管轄區內仍然具有話語權。
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南京所在的南直隸地區，共統轄十五個府和三個直隸州，相當於現在江蘇、安徽兩省和上海市，在這個範圍內，南京六部可以直接行使職權。
這一地區不設布政司、按察司、都指揮司三司，原來三司行使的權力都由南京六部負責，其中南京戶部、南京兵部的權力最重。王守仁(陽明先生)就曾經擔任南京兵部尚書。
