程朱理學是宋明理學的一個流派，是宋代以後“新儒學”的代表性成果，自南宋以後，在政權力量的支持下逐漸成爲中國思想領域的執牛耳者，以後元明各代地位日隆，其學術系統和闡發要義也隨着時間沉澱而愈發繁複。但是明清鼎革之際，清初統治者並不是順其自然地繼承了這一統治思想，程朱理學在清初地位的確立經歷了歷史性的曲折與變化。
清初統治者入關後，強制推行“剃髮令”、“逃人法”等激化民族矛盾與階級矛盾的政策，各地反清運動風起雲涌。爲了緩和矛盾、控制局勢，清初統治者希望藉助漢族傳統學術思想來鞏固統治。在范文程等人的建議下，清廷祭祀孔子，爲孔子後裔承襲“衍聖公”頭銜。順治三年(1646年)清政府恢復科舉，科舉考試依舊從“四書五經”中抽取題目，考試問題沿用八股文。
康熙皇帝本身有着極高的漢學修養，精通滿漢文化，他對於推動程朱理學成爲統治思想做出了很大努力。康熙帝曾說朱熹的作品是“天地之正氣、宇宙之大道”。他還將朱熹提拔到孔廟第十一位配享哲人，給予尊隆地位。康熙命學者李光地刪節修改《性理大全》成《性理精義》，又主持編輯了《朱子大全》頒佈天下。康熙在位後期，程朱理學被尊爲正統。
