16、17世紀明朝正是陽明學興起的時候，朝鮮卻以“四端七情論”爲中心堅持在朱子學的理路上前進。援朝戰爭中，明朝經略萬世德要求朝鮮也讓陸象山、王陽明配享文廟，但是遭到尹根碩等人的反對。這些都反映了16、17世紀中華文化圈內雖然都以程朱理學爲思想共識，但是各自的差異也開始出現。
藤原惺窩，師從僧人九峯，還俗後從事朱子學著述，被視作日本朱子學的首創者
在中華文化圈的形成過程中，除了政治認同外，文化認同是更爲重要的原因。明朝以前，朝鮮半島、日本列島都已經使用漢字很長時間，也深受儒家及漢傳佛教的影響。明朝時候，朝鮮、安南、琉球、日本又接受了新興的宋明理學，這成爲中華文化圈發展中的一個重要環節。
在諸國之中，高麗及朝鮮最能與明朝保持高度一致。明朝建立時，正值高麗末期。高麗政權雖然也以儒學理念建構國家體系，但是在思想領域及信仰層面則是佛教佔據主導。高麗末期，受到元明崇尚程朱理學的影響，高麗儒生也引入程朱理學力圖振興儒學。
安珦(晦軒)是最早在高麗提倡程朱理學的人。他曾經跟隨高麗世子留居燕京。在燕京期間，安珦抄錄了朱子著作帶回高麗，並在國子監中弘揚朱子學。安珦之後，白頤正(彝齋)赴元朝生活十年，研習程朱理學。白頤正的學說傳人有李齊賢(益齋)、朴忠佐等人。李齊賢傳弟子李谷(稼亭)、子李穡(牧齋)。李穡傳弟子鄭道傳(三峯)、李崇仁(陶隱)，鄭夢周(圃隱)也從遊於李穡。白頤正一系，成爲高麗末期程朱理學最有影響力的傳承體系。此外，還有權溥在高麗刊行朱熹《四書集註》，禹倬傳授程朱易學。
經過這些儒者的努力，李齊賢說高麗末期已經“天下同文，家家戶戶置程朱之書，人皆知性理之學，教化之道近乎成”。程朱理學已經成爲朝鮮半島上最普遍的學問。並且高麗儒生還形成了先學朱子四書學、再讀五經的儒學學習程序。
高麗儒者對程朱理學的探討從倫理規範發展到統治道義，形成經世思想。被李穡稱爲“東方理學之祖”的鄭夢周，在政治上力主高麗放棄北元、轉而與明朝結成宗藩關係。在學術上依照春秋義理提出“尊華論”。在社會建設上，他引入《朱子家禮》，建立家廟、倡導三年喪服制度。在個人人格上，他爲高麗王朝殉節，成爲朝鮮時代忠義的典型。
安珦(晦軒)，最早在高麗提倡程朱理學
在朝鮮王朝的制度建設中，鄭道傳(三峯)起了非常重要的作用。他按照周禮六官與明朝六部制度編撰《經國大典》，分爲《吏典》《戶典》《禮典》《兵典》《刑典》《工典》。在《經國大典》中貫徹了儒家的民本、德治兩個原則。
朝鮮建國後全面引入明朝制度，形成與明朝相同的政治構造與社會土壤，這成爲朝鮮接受明朝思想文化的環境。
在政府架構上，朝鮮模仿明朝六部，設六曹：吏曹、戶曹、禮曹、兵曹、刑曹、工曹。六曹之上設議政府，由領議政、左議政、右議政合議。地方設五道，後增爲八道。仿照明朝御史制度，設暗行御史，監察地方。
在立法上，刑律則執行《大明律》。
在文教、選舉領域，朝鮮如明朝一樣在中央設置成均館，在地方設置鄉學。士子入書堂習漢文，再入鄉學。應試合格者爲生員，進入設在漢城的成均館學習。參加經文科舉考試及第者，授予官職。
如同明朝文官政府、科舉制度培養出士子階層，朝鮮的官僚制度與科舉制度也培育出一個相同的士子階層。這是朝鮮在政治上有中華認同之外，文化上形成中華認同的原因所在。
在推行以儒家思想治國的過程中，朝鮮世宗起了非常重要的作用。在朝廷中，世宗設置集賢殿，對集賢殿學士賜暇讀儒經。制定國家五禮體系?(吉禮、凶禮、軍禮、賓禮、嘉禮)、士庶家禮(冠禮、婚禮、喪禮、祭禮)。編撰《三綱行實圖》，以儒家綱常倫理教化民衆。
由於朝廷崇儒，大批儒生進入官僚集團，形成政治上的既得利益階層，史學家稱之爲“勳舊派”。勳舊派的文化貢獻主要體現在遵照朝鮮王的命令推行文化政策。代表性學者是鄭麟趾(易齋)，他是理學家權近(權溥後人)的傳人。
與勳舊派相對，還有一批儒生以道統自任，被稱爲“士林派”。士林派祖述鄭夢周，構建出“鄭夢周(圃隱)—吉再(冶隱)—金叔滋?(江湖)—金宗直(畢齋)—鄭汝昌(一蠹)、金宏弼(寒暄堂)—趙光祖(靜庵)”的道統體系，並以程朱理學爲基礎提出道學的政治理想。面對朝鮮前期王位更迭及官僚政治中的違反綱常、不道義的現象，他們以程朱理學爲思想武器，勇於批判。正因如此，士林派遭受朝鮮王及勳舊派的政治迫害，從15世紀末到16世紀初，遭受多次士禍。金宏弼、趙光祖都死於士禍中，金宗直也被剖棺斬屍。
16世紀後半期是朝鮮程朱理學的真正形成期。從這一時期開始，士林派成爲政治上的主導力量。朝鮮儒生對程朱理學的理解水平大幅提升，已經可以提出自己獨到的觀點，並形成了以四端七情論爲論爭中心的嶺南學派和畿湖學派。
嶺南學派的理論基礎來自李滉(退溪)。李滉被看作是正統朱子學的維護者。他編撰了《朱子書節要》，成爲朝鮮儒生研習朱子學的基礎。他所撰寫的《宋季元明理學通錄》以朱子學爲正統對宋明儒學史進行了梳理。李滉對明朝的學術潮流十分敏感，對於剛剛興起的陽明學，他撰寫了《傳習錄論辯》對《傳習錄》逐條駁斥。對明朝哲學家羅欽順的主氣論，李滉撰寫《非理氣爲一物辨證》進行批判。因爲李滉的巨大威望，陽明學被朝鮮儒學者視爲異端而加以排斥。作爲士林領袖，李滉尊重學校，奏請朝鮮明宗下賜紹修書院匾額，倡導了朝鮮的書院講學之風。在朝鮮朝後期，書院成爲比成均館、鄉學更加重要的士林活動中心。因爲退溪的提倡，朝鮮的書院講學之風的興起，與明朝陳獻章(白沙)之後書院講學之風相比，也只是略晚而已。
▲嶺南學派的理論基礎來自李滉(退溪)
李滉自己的思想體系總結在晚年所作的《聖學十圖》中。《聖學十圖》以圖像形式表達他對天人關係、人倫規範的結構性的系統理解。這種表達形式是朝鮮理學的獨創。
李滉最有名的論說是“四端七情論”。這是1559年到1566年間，李滉在與奇大升(高峯)的論爭之中提出的。是朝鮮儒學對性理學的發展。李滉將“四端”與“七情”相對，認爲“四端理之發，七情氣之發”。李滉強調理的根源性，提出“理自到說”。李滉的理論暗含着將人心與道心對立的趨勢。
畿湖學派的理論基礎來自李洱(慄谷)。李滉去世後，成渾維護李滉的觀點，就“四端七情”問題與李洱發生論辯。李洱提出“氣發理乘一途說”，認爲“發者，氣也;所以發者，理也”，四端七情都是氣發，理蘊含於氣中。李洱認爲四端爲七情中之善者。李洱的理論把人心與道心統一起來。
作爲理學家，李洱思想的代表作是《聖學輯要》，以《大學》體系綜合儒學。對朱熹的《小學》加以註解，撰寫《小學集註》。在普及理學方面，李洱撰寫了《四書諺解》《四書小注》。與李滉一樣，李洱也重視學校建設，他撰寫了初級教育教材《擊蒙要訣》以及規範學校教育的《學校模範》。作爲士林派在政治上的核心人物，李洱還提出振綱紀、革弊端、安民生的改革要求。
由於李滉、李洱在性理學、尤其是“四端七情論”上對立，其各自門徒形成嶺南學派與畿湖學派。而按照朝鮮黨爭的分野，嶺南學派多屬於東人黨，畿湖學派多屬於西人黨。學派的分裂與政治上的黨爭又結合在一起，造成了朝鮮後期政治與社會的分裂。
16、17世紀明朝正是陽明學興起的時候，朝鮮卻以“四端七情論”爲中心堅持在朱子學的理路上前進。雖然朝鮮也有人學習陽明學，如許筠(蛟山)、張維(溪谷)等，但朝鮮理學家的主流仍然是批判陽明學。萬曆二年(1574年)，王陽明配享文廟，這象徵着官方對陽明學正統地位的承認。同年，朝鮮理學家許葑出使明朝，在國子監中猛烈地批判陽明學爲異端。援朝戰爭中，明朝經略萬世德要求朝鮮也讓陸象山、王陽明配享文廟，但是遭到尹根碩等人的反對。這些都反映了16、17世紀中華文化圈內雖然都以程朱理學爲思想共識，但是各自的差異也開始出現。
與朝鮮不同，日本的儒學傳承主要在博士家中，以漢唐註疏爲主。朱子學形成後，主要是經由禪宗中的臨濟宗傳入日本，禪僧玄惠法印、岐陽方秀、桂庵玄樹都曾宣傳、化用朱子學。而將朱子學發揚光大的則是生活在16世紀後半期的藤原惺窩。
藤原惺窩師從僧人九峯，還俗後從事朱子學著述，被日本學者看作是日本朱子學的首創者。藤原惺窩正處在日本由戰國走向統一的時代，前有織田信長、豐臣秀吉，後有德川家康。因而，藤原惺窩提倡以儒家五倫、五常作爲日本社會的倫理準則，爲統一的政治統治提供思想基礎。因而，藤原惺窩重視四書、五經，並以朱子學的理論闡述倫常綱紀。藤原惺窩簡化了朱熹對於“理”的論證，將“天道”、“性”、“理”三者視爲同一，以貫穿在他的理論體系中。
據林羅山《惺窩先生行狀》，藤原惺窩“讀聖賢性理之書，思當世無善師，而忽奮發欲入大明國，直到筑陽泛溟渤，逢風濤漂著鬼海島。先生常慕中華之風，欲見其文物，雖然其盛志不遂而歸，先生以爲聖人無常師，吾求之六經足矣”。藤原惺窩雖然最終沒有來過明朝，但是對於明朝一直都很仰慕，這是源於他所習之朱子學。
林羅山是藤原惺窩的弟子，他生活在16世紀末期與17世紀上半期，相當於萬曆、隆慶、天啓、崇禎年間。林羅山以獨尊朱子著稱於日本哲學史。他批判陸九淵夾雜老莊之學，更是排斥佛學。德川幕府建立後，林羅山是幕府統治合理性的主要論述者。林羅山援引朱子學論證幕府統治下士農工商的等級制度。雖然在思想上，林羅山獨尊來自中國的朱子學，但是在政治上他對明朝評價不高，專門仿照賈誼《過秦論》而寫有《過明論》。
17世紀，日本還有一位重要的朱子學家——山崎闇齋。與林羅山注重朱子學義理爲幕府統治作論辯不同。山崎闇齋的學術貢獻主要是在對朱子學文本的註釋與講解上，以及對朱子學的傳播上。自山崎闇齋之後，朱子學在日本大行。但是，晚年的山崎闇齋轉信神道，成爲垂加神道的創立者。正是在16、17世紀朱子學的傳播下，日本學者對中國思想的認同，轉而形成對“中國”的認同。
▲山崎闇齋是17世紀日本重要的朱子學家
與朱子學在朝鮮居於絕對統治地位不同，日本江戶時代德川幕府雖然重視朱子學，但是朱子學尚未取得獨尊地位，因此，17世紀時，陽明學也開始在日本得到傳播，其重要人物是被稱爲“近江聖人”的中江藤樹。中江藤樹對林羅山的觀點多有批駁。在中江的思想體系中，他十分注重“孝”，認爲孝是天、地、人三才的至德要道，並將孝與心法、太虛、修齊治平相聯。中江藤樹的弟子熊澤蕃山調和中江的陽明學與林羅山的朱子學，他脫離了中江藤樹以自我修養而明德的內在心性論路徑，轉向政治王道主義。17世紀的日本陽明學對江戶時代影響甚大。江戶時代後期著名的起義領袖大鹽平八郎極爲崇尚中江藤樹，稱“受其賜亦厚矣”(《儒門空虛聚語》)。
程朱理學在朝鮮、日本的傳播及其在地化，既使14—17世紀東亞讀書人有了思想的共識，形成同一個文化圈，又使朝鮮、日本的朱子學在16、17世紀呈現出地方性的發展態勢。1644年明朝的滅亡是一件劃時代的大事，基於理學思想的“華夷之辨”，出於對中國文明的認同，朝鮮自居爲“小中華”，而日本儒者也將本國視爲正統。
