腓特烈二世與羅馬教皇瘋狂爭鬥的結局，政教雙方兩敗俱傷。他說明皇帝和教皇的世界主義野心都不過是一場夢幻，只是皇權崩潰在先，教權淪落稍後而已。腓特烈二世強大王權的喪失，及其統一意大利偉大嘗試的失敗，是中世紀意大利政治史上的最大悲劇。
1194年12月26日，腓特烈二世誕生在意大利中部神聖羅馬帝國領地——安科納邊區的小城傑西。他的祖父，就是那個著名的好大喜功、紅須飄然的神聖羅馬皇帝腓特烈一世(綽號“紅鬍子”);他的父親，爲皇帝亨利六世;他的母親，乃是西西里王國的諾曼公主康斯坦絲。身懷六甲的康斯坦絲爲了向世人昭示他的兒子無可爭辯的皇位繼承權，別出心裁地在傑西的大街上設置一個帳幔。她在衆目睽睽之下進入帳幔，當衆生下了小腓特烈。
就在小腓特烈出生的前一天，即1194年聖誕節，他的父親德皇亨利六世，正在巴勒摩舉行盛大的加冕儀式。此前，亨利六世已用武力擊敗了諾曼貴族的反抗，奪取了西西里王位，成功地將霍亨斯陶芬王朝的統治權，從德意志和倫巴底擴展到了南部意大利和西西里，對中部意大利的教皇國構成了南北夾擊態勢，從而使紅鬍子腓特烈的遺願得到了實現。
然而，1197年，年富力強的亨利六世正組織大軍準備十字軍東征時，不幸身患瘧疾而突然去世。德意志諸侯立即結爲兩大集團爭奪王冠：亨利六世之弟士瓦本公爵菲利普，在法王支持下宣佈繼承王位;韋爾夫家族的布倫瑞克公爵奧托，在英王支持下也宣佈稱王。次年六月，雙方大動干戈，德意志爆發“爭位”內戰。
正當神聖羅馬帝國皇權發生危機的時候，1198年，中世紀“最強大的教皇”英諾森三世(Innocentius III, 1198-1216在位)登上了教皇寶座。建立和維護羅馬教皇的神權統治，遏止霍亨斯陶芬王朝的重振，力圖“永遠保持着西西里與帝國之間的分離狀態”(H·赫德、D·P·韋利《意大利簡史》上冊p95，商務印書館，1975年)，乃是英諾森三世畢生事業的主旨。就在這一年，爲了避免德意志內戰可能造成的危險，年僅三歲的腓特烈在母親康斯坦絲帶領下，匆匆南逃西西里，繼承了西西里王位，並向教皇英諾森三世尋求庇護。英諾森三世乘機對處於弱勢的孤兒寡母進行要挾，充當了腓特烈二世的監護人和西西里王國的攝政。不久，康斯坦斯去世，腓特烈二世遂淪爲羅馬教皇卵翼下的孤兒。
在孩提時代，腓特烈便成了羅馬教皇等“一些無恥政治家們手中的玩偶”(波特金主編《外交史》第一卷(上)p205，三聯書店，1979年)。英諾森三世將這個帝王苗裔，視爲“奇貨可居”，隨時準備將他作爲向德意志諸侯討價還價的籌碼。在德意志爭奪王位的內戰中，英諾森三世無視小腓特烈的皇位繼承權，但卻將皇位繼承權作爲支配德意志爭位雙方的誘餌，成爲坐收漁利之翁。爭位雙方也不惜大肆出賣帝國利益，競相向英諾森三世獻媚討好，企圖換取教皇的青睞和支持。英諾森三世利用雙方的許諾，乘機奪取了斯波萊託、安科納和羅馬尼等意大利中部的帝國領地，迅速擴展了教皇國的版圖，北部遠達菲拉拉和波河下游，南抵那不勒斯邊境，並派遣教區長接管了這些地區帝國長官的權力。於是，教皇國得以恢復，並最終達到全盛。它像一條寬廣的壕塹橫亙在亞平寧半島的中部，既成爲腓特烈二世未來事業難以逾越的屏障，也成爲中世紀意大利政治統一的災難。
青少年時代的腓特烈在西西里度過，曾以學識淵博的學者欽奇奧·薩維利爲師。他熟讀希臘人、阿拉伯人和猶太人的許多名著，在西西里這個東西方文化光怪陸離的交匯點，受到了別具一格的混合教育。其結果，使他得能從理性的角度去看待一切，逐步滋生了對基督教會和羅馬教廷的種種逆反心理，成爲著名的“具有自由思想”的宗教懷疑論者。他甚至公然宣稱：“世界被三個騙子手迷惑了，這就是基督耶穌、摩西和穆罕默德”(O·B·特拉赫坦貝爾《西歐中世紀哲學史綱》p110，中國對外翻譯出版公司，1985年)。十四世紀初葉，但丁在其《神曲》中，也以“不信靈魂存在的邪教徒”的名義，將腓特烈二世置於第六層地獄裏受苦。可見，腓特烈二世作爲宗教懷疑論者，並非後人的杜撰和虛構。與此同時，青少年時代的腓特烈，又以附庸身份經常出入教皇宮廷，因而他對教皇英諾森三世施展權術、縱橫捭闔，支配德意志和歐洲政治的種種陰謀瞭如指掌，並耳濡目染，受到薰陶，政治成熟頗早。這樣，腓特烈二世逐步具備了中世紀政治家所慣有的的基本素質，從而爲其後來政治上的崛起創造了必備前提。
在德意志爭位戰爭進行了十年之後，政局出現了有利於腓特烈二世的轉機。1208年，爭位一方的菲利普被殺，韋爾夫家族的奧托獲勝。爲了贏得教皇的加冕，奧托再次向英諾森三世許諾，承認教皇業已奪取的帝國領地爲教皇國版圖。英諾森三世大喜過望，於1209年10月在羅馬爲之正式加冕，稱奧托四世。不料，奧托剛剛帶上皇冠，立即翻轉臉來，宣佈皇帝對中部意大利帝國領地擁有所有權，並率軍攻打南部意大利，企圖奪取教皇的“糧倉”——腓特烈二世的西西里王國，因而觸怒了英諾森三世。1210年，教皇對皇帝進行“絕罰”，英諾森開除了奧托的教籍。然而，奧托四世擁有強大武裝，絕非教皇的一紙破門令所能敵。英諾森三世急需一個世俗君主組織武力與奧托抗衡。這樣，年已十七歲的腓特烈二世時來運轉，於1211年在教皇鼓動下，被德意志諸侯推選爲德意志國王。次年三月，腓特烈二世率軍北上德意志，第一次踏上故國領土，號令諸侯，與奧托展開了決戰。
1212年，腓特烈二世正式加冕稱德意志國王，並在教皇支持下與法王腓力二世結盟，對抗受英王支持的奧托四世，從而將德意志的爭位戰爭，與英、法兩國的歷史性矛盾糾結在一起。在1214年7月27日著名的布汶戰役中，腓特烈二世主要依靠法王的武力，一舉消滅了奧托四世及其韋爾夫派諸侯的軍隊，成功地剷除了他的帝位障礙。
1215年，腓特烈二世向羅馬教皇作出放棄西西里王位，立即進行十字軍東征的空頭許諾之後，終於被教皇英諾森三世扶上了神聖羅馬皇帝的寶座。第二年，英諾森三世駕崩。這樣，他爲其後繼者們既留下一個最爲顯赫的教廷，也留下一個最危險的敵人。不管怎麼說，霍亨斯陶芬家族的一顆新星，經過十餘年的戰火洗禮，幾度明滅，最後又在德意志和意大利的地平線上冉冉升起。
