黃巾之亂對於東漢末年的政局產生了深遠的影響。爲了儘快平定戰事，中央下放軍權至地方，使得黃巾之亂無法快速蔓延至全國，減緩了東漢覆亡的危機。但是卻造成了地方輕視中央，使得具有野心的將領或官員藉着在黃巾之亂中擁有的兵力割據地方，爲東漢末年軍閥混戰揭開了序幕，更爲三國分立種下遠因。在農民起義的打擊下，腐朽的東漢王朝名存實亡，並最終走向了滅亡。
黃巾起義，是我國歷史上第三次全國規模的農民革命戰爭。比起秦末、西漢末兩次起義，這是一次有周密計劃、有長期準備、有明確目標的農民起義。同時，這次起義不再利用某些統治者的旗號，而是公開提出“黃天當立”的口號，表明了農民起義有了新的發展。
黃巾農民起義戰爭的成功經驗，主要表現在：第一、它提出了明確的鬥爭目標，即消滅東漢政權，建立自己的統治，這對號召和團結人民參加起義起到了重要的作用。第二、利用宗教形式進行起義的宣傳和組織工作，麻痹了官府，積蓄了力量，爲舉行起義作好了比較充分的準備。第三、起義計劃制訂得比較周密、具體。所謂“內外俱起”、“八州併發”就反映了這一特點。
儘管後來由於叛徒的告密，使這一起義計劃的實施遇到很大的困難，但經張角果斷處置，它基本上還是得到了落實，從而給東漢王朝予沉重的打擊。第四、鬥志堅決，寧死不屈，敢於攻堅，勇於犧牲，以此向天下昭示了起義將士的鬥爭精神和高尚氣節。
黃巾農民戰爭失敗的教訓同樣是非常深刻的：一、它沒有遠大的戰略眼光，因此提不出更具體的策略方針;二、它沒有建立起後方基地和有組織的戰鬥部隊，因此部隊保障受到限制，戰鬥行動受到掣肘;三、它缺乏統一的指揮和互相的配合，各自爲戰，因此造成戰區上的孤立、分割態勢，以致爲敵佔優勢的主力軍所各個擊破;四、它不懂得在敵強我弱形勢下采取運動戰、游擊戰等機動作戰形式的重要性，因此熱衷於城池的攻守，將起義軍主力膠着於一地，同敵人打硬仗、拼消耗，直至耗盡自己戰鬥力而被擊敗。所有這些，都是起義軍在戰略上和作戰指導方面的嚴重失策，也是直接導致這場轟轟烈烈的農民革命戰爭不幸失敗的主要原因。
黃巾起義和在它影響下的各族人民起義，持續了二十多年。由於起義農民本身的弱點，起義被殘酷鎮壓，但在農民起義的打擊下，腐朽的東漢王朝已名存實亡。
