當初，鉅鹿人張角自稱爲“大賢良師”，信奉並傳播黃老道，收養徒弟。用跪拜悔過的方式和符水咒語來治病。害病的人很多被治好了，因此老百姓相信並崇拜他。張角就趁機派遣八個徒弟到各地去，用善良的宗教教義來教化天下的人，輾轉各地進行欺騙蠱惑。僅十多年間，他吸收的衆徒就有幾十萬，跨國連郡，在青、徐、幽、冀、荊、楊、袞、豫等八個州的人，沒有不響應他的。於是張角設立了三十六“方”。首領就稱爲“方”，相當於將軍的名號。大“方”有一萬多人，小“方”也有六、七千人，各“方”都設了首領。他又造謠說：“蒼天已死，黃天當立，歲在甲子，天下大吉”。用白土書寫在京城官署大門上和州郡官府門上的，都是“甲子”字樣。
中平元年，大方馬元義等先聚集荊州、揚州幾萬人的隊伍，約定在鄴城聚衆發難。元義多次來往京師，用中常侍封諝、徐奉等爲內應，約定在三月五日在京師內外同時起事。還沒等發動起義，張角徒弟濟南人唐周就向朝廷寫信告發馬元義準備起義的祕密。因此朝廷逮捕了馬元義，在洛陽將他車裂了。靈帝把唐周的告密信下達給三公、司隸校尉，派鉤盾令周斌帶領三府的下屬官員，查辦宮廷內部以及
百姓中信奉張角太平道的人，誅殺了一千多人。並在冀州地區追查太平道，追拿張角等人。張角等人知道事情已經敗露，於是不分晝夜地迅速傳告各“方”，同時提前起事。大家都系黃巾作爲標記，當時人稱他們爲“黃巾軍”，也叫他們作“蛾賊”。他們殺人來祭祀天地。張角稱“天公將軍”，張角的弟弟張寶稱“地公將軍”，張寶的弟弟張樑稱“人公將軍”。他們到處焚燒官府，搶劫村莊城鎮。州郡被攻破，長官大多逃跑。十來天時間，天下如回聲一樣應和他們，連京師也震盪不安。
起義初期，黃巾軍的主力分散在鉅鹿、潁川、南陽等地，他們各自爲戰，攻城奪邑，焚燒官府，取得了很大勝利。與此同時，各地還出現了許多獨立的農民武裝。但黃巾軍各自爲戰，缺乏戰鬥經驗，以致東漢王朝能集中兵力各個擊破 。潁川、陳國、汝南、東郡和南陽的黃巾軍相繼失敗。冀州黃巾軍在張角病死後，由張樑統率固守廣宗。當年十月，皇甫嵩率官軍偷襲黃巾軍營 ，張樑陣亡 。3萬多黃巾軍慘遭殺害，5萬多人投河而死 ，張角被剖棺戮屍。張寶也隨即於下曲陽兵敗陣亡，10餘萬黃巾軍被殺害。之後，黃巾餘部和各地的農民武裝，仍然堅持鬥爭。青州黃巾一度發展到擁衆百萬 。後來因作戰失利，被迫接受曹操的收編。曹操平定冀州時 ，張燕領導的黑山軍也投降。
在它影響下的各族人民起義，持續了二十多年。黃巾起義對於東漢末年的政局產生了深遠的影響。爲了儘快平定戰事，中央下放軍權至地方，使得黃巾起義的浪潮無法快速蔓延至全國，減緩了東漢覆亡的危機。但是卻造成了地方輕視中央，使得具有野心的將領或官員藉着在鎮壓黃巾起義的過程中擁有兵力割據地方，爲東漢末年軍閥混戰揭開了序幕，更爲三國分立種下遠因。在農民起義的打擊下，腐朽的東漢王朝名存實亡，並最終走向了滅亡。
