巴納德管理學的方法論，是以職工和組織的區別和聯繫爲基礎的。他認爲，每一個職工都是一個單獨的個人，都以各種不同的方式來學習和了解周圍的事物，但他們並不真正瞭解自己，他們的行動往往受到自己沒有意識到的個人的需要和情感的影響。很多時候，他們的行爲往往是主觀的、非邏輯的，和組織對他們的要求有區別的。
巴納德用組織的“效力”和個人的“效率”將組織中個人目標與組織目標聯繫起來，解決了這兩者的不一致。
他認爲，個人參加組織進行協作，是爲了實現那些他們單獨做時實現不了的目標。如果協作是成功的，達到了組織的目標，這個協作系統就是有效力的。但效率則不同，它是指組織成員個人目標的滿足程度。由於協作是每個人爲了滿足個人的目標而產生的，如果他們的個人動機得不到滿足，他們就會停止貢獻力量或退出該組織，因爲從他們的觀點看來，這樣的組織是無效率的。在很多方面，巴納德對組織中管理職能的觀點遠遠超越了他所處的時代。
巴納德關於組織、正式組織、非正式組織以及經理人員職能等觀點仍然被廣泛地採納和應用。雖然巴納德的著作比較深奧、抽象和晦澀，但是他對管理學發展的貢獻處處閃耀着無法掩蓋的光芒。很難想像，沒有巴納德的理論，管理文化的發展會是什麼樣子。
組織是一個協作的系統
巴納德獨創性地提出了組織的概念，認爲組織是一個有意識地對人的活動或力量進行協調的體系，其中最關鍵的因素是經理人員。在此基礎上，巴納德又闡述了正式組織的定義、正式組織的基本要素以及正式組織與非正式組織的關係。
巴納德認爲正式組織是有意識地協調兩個以上的人的活動的一個體系。他認爲這個定義適用於各種形式的組織，從公司的各個部門或子系統直到由許多系統組成的整個社會。不管哪一級的系統，全都包含着三種普遍的要素：協作的意願、共同的目標和信息溝通。
協作的意願任何一個組織都是由許多具有社會心理需求的個人組成的，如果組織中的個人都不願意相互協作，那麼組織的目標就無法完成。
好的組織是一個協作系統。組織成員有協作的意願意味着個人要剋制自己，交出自己的控制權、個人行爲和非個人化等。沒有這種意願，就不可能將不同組織成員的行爲有機地結合起來，協調一致地活動。例如，作爲工廠的一名工人，就必須按時上班，嚴格按照工廠機器操作運轉的規律進行，遵守工廠的各項制度，使個人行爲變得非個人化。大多數時候，不同成員的協作意願是不同的，同一個人不同時候的協作意願的強度也是不同的，個人並不能自發地產生協作意願。
那麼，爲什麼很多組織還能正常運轉呢?
那是因爲個人認爲通過自己的努力和犧牲，能使組織的目標得到實現，從而會有利於個人目標的實現。如果個人認爲自己所做的努力和犧牲不會有利於個人目標的實現，他就可能不願意做出努力和犧牲。
因此，巴納德提出了一個著名的關係式：
誘因≥貢獻
所謂誘因是指組織給成員個人的報酬，這種報酬可以是物質的，也可以是精神的。所謂貢獻是指個人爲組織目標的實現而做出的貢獻和犧牲。由於誘因和犧牲的尺度通常是由個人主觀決定的，不是由客觀決定的。因此，組織滿足這些誘因也是有點困難的。有的人看重金錢，有的人則看中地位，有的人側重於自我目標的實現，對於不同的人，組織要給於不同的激勵。
共同的目標可以說協作的意願如果沒有共同的目標是發展不起來的。如果組織成員不瞭解組織要求他們做什麼，做成功以後他們會得到什麼樣的回報，就不可能誘導出協作的意願來。
對組織成員個人來說，組織的目標不一定是一種“個人”目的，但必須使他們看到這種共同目標對整個組織所具有的意義。組織動機和個人動機是不同的，而個人之所以爲組織做出貢獻，並不是因爲組織動機就是他們的個人動機，而是因爲他們感到，通過組織目標的實現，有助於實現他們的個人目標，並獲得相應的滿足。
巴納德認爲只有當組織給個人的報酬大於或等於個人爲組織做出的貢獻時，個人纔可能願意爲組織目標的實現做出個人的努力和貢獻。
在管理中把組織目標與個人目標結合起來的思想，被認爲是管理思想發展史上具有里程碑意義的思想。巴納德強調個人目標與組織共同目標之間相互協調的問題，並指出管理人員必須能夠協調個人目標與組織目標之間的矛盾。
巴納德強調指出，組織目標是整個組織存在的靈魂，也是組織奮鬥的方向。但是組織的共同目標不是一成不變的，它應當隨着組織規模的變化、人員的變化、外界環境的變化和發展而隨時調整。組織目標制定的好壞對組織目標能否實現的作用也非常大。
巴納德認爲在制定組織目標時，應具備綜合性、總體性、清晰性、可分性和層次性等特點。確定組織目標時應遵循靈活性與一致性結合的原則，要有一定的可能性，同時也要有一定的挑戰性。
信息溝通作爲第三要素，它使前兩個要素得以動態地結合。個人協作意願和組織共同目標只有通過信息溝通才能聯繫和統一起來，內部信息交流是實現組織目標的基礎。
巴納德規定了信息溝通的一些“原則”：
信息交流的渠道要爲組織成員明確瞭解。組織的每一個成員都有一個明確的、正式的信息交流渠道，即每一個成員必須向某個人作報告或從屬於某人。信息交流的渠道必須儘可能地直接和簡捷。
信息交流和信息傳遞有正式和非正式、書面與口頭等不同的方式。很多情況下，信息往往要經過若干環節才能到達最終需要者手中，在這個傳遞的過程中，不管是有意還是無意，都可能會產生信息的失真和誤導。管理者必須採用各種手段糾正信息失真，譬如讓信息表達的清楚明瞭、縮短信息傳遞路線、採用先進的科學技術等等。巴納德也非常重視非正式組織的作用。非正式組織即爲不屬於正式組織的一部分，並且不與管轄它的有關的人員相互作用。非正式組織沒有正式的結構，成員之間的聯繫非常鬆散，常常不能自覺地意識到共同的目的，而是通過同工作有關的接觸或者是共同的興趣愛好產生的，並因而確立了一定的習慣和規範。非正式組織常常爲正式組織創造條件，反之亦然。企業的管理者如果也能是非正式組織的領導者，那麼這個管理是非常成功的。
巴納德發現，非正式組織起着三種作用：
1)信息交流。
2)通過對協作意願的調節，維持正式組織內部的團結。
3)維護個人品德和自尊。
這些職能是普遍存在的，能使正式組織更有效率，並提高正式組織的效力，使非正式組織成爲正式組織的不可缺少的部分。
