第一次十字軍遠征結束後，四個十字軍國家建立起來了。(這四個國家分別爲耶路撒冷王國、安條克公國、的黎波里伯國、埃德薩伯國。主要集中在現在的土耳其東南部以及敘利亞地區。)當時穆斯林的崛起威脅着這四個十字軍國家。於是，羅馬教皇組織起了幾個僧侶騎士團，這就是歷史上著名的三大騎士團，即醫院騎士團、聖殿騎士團和條頓騎士團。
醫院騎士團全稱是"耶路撒冷、羅得島及馬耳他聖約翰主權軍事醫院騎士團"，又被稱爲馬耳他騎士團，成立於1099年，最初是由法國貴族在耶路撒冷的施洗者聖約翰教堂附近的醫院裏成立，目的是照料傷患和朝聖者。他們的口號是"守衛信仰，幫助苦難。最初的標誌是黑底白色的八角十字，到13世紀中期開始則普遍使用紅底白色的八角十字，這種八角十字也因騎士團之名被稱爲"馬耳他十字"。
14世紀初，在奧斯曼土耳其帝國的進逼之下，騎士團不得不於1310年移到地中海東部的羅得島。1530年，神聖羅馬帝國皇帝查理五世同意把馬耳他島及其附近的戈佐島交給善堂騎士團管轄。於是，騎士團就在馬耳他島上建立了自己的國家，正式稱爲"馬耳他騎士國"。
土耳其人對騎士團的捲土重來顯然很不安，1565年，土耳其人派出大軍進攻馬耳他。:騎士團苦苦支撐，絕大多數城市都被摧毀，騎士團成員有一半戰死。就在騎士團眼看要支撐不住時，從西班牙來了一支援軍，戰場局勢頓時扭轉，土耳其軍隊倉惶撤退，損失達到3萬餘人。這次大勝使馬耳他騎士團國獲得了一段時間的和平局面。1571年，土耳其人自以爲海軍發展得差不多了，再次起兵，企圖消滅騎士團。但他們還沒到馬耳他，在海上就遇上了西班牙的無敵艦隊，土耳其艦隊幾乎全被擊沉或俘虜。此後馬耳他騎士團國進入鼎盛時期，騎士團國的戰船在地中海橫行無阻。
騎士團在馬耳他島的統治一直持續到18世紀，1798年，拿破崙迫使善堂騎士團投降，佔領了馬耳他島，島上騎士團的教堂和修道院被法軍洗劫一空。騎士團的大部分成員前往俄羅斯。在那裏，俄羅斯沙皇保羅一世給予他們以庇護，而騎士團則選舉保羅一世爲新的騎士團大團長。離開了馬耳他島之後，騎士團失去了領土，但作爲一個組織仍然存在。1834年騎士團在羅馬重建總部，終於再次穩定下來。騎士團的軍事使命已經完結，此後主要從事慈善事業。如今，馬耳他騎士團仍然是聯合國的觀察員組織，它的總部設在羅馬，享有外交權力，但是馬耳他大廈主權依舊屬於意大利，而不是馬耳他騎士團。
