從軍事的角度來說，聖殿騎士團訓練有素，在戰場上是一支十分強大的軍事力量，也是耶路撒冷王國最精銳的軍隊。從1129年圍攻大馬士革到1291年阿科陷落，聖殿騎士團幾乎參加了聖地所有的戰鬥。在作戰中，騎士團每一名騎士都有幾十人作爲支持力量，因此他們可以專注於自身的戰鬥目標，有人認爲他們是現代職業軍隊中精銳的特種部隊的先身。
一般在戰鬥中聖殿騎士團出動的騎士並不多，幾百人就是一支大部隊了，但與當時阿拉伯軍隊相比，其實際戰鬥能力遠遠超過這個數字本身所顯示的。在蒙吉薩戰役中，耶路撒冷國王鮑德溫四世率領500名騎兵、80名聖殿騎士配合以步兵，進攻薩拉丁的30000人的部隊，結果薩拉丁最精銳的馬穆魯克騎兵幾乎被全殲，總傷亡達到20，000人，最後只有不到十分之一的部隊逃回了埃及。要知道薩拉丁可是用兵的高手，這樣的慘敗恐怕不能用指揮能力的高低來解釋。正因爲有着這樣驍勇善戰的軍隊，在後來的哈丁戰役中，居伊、傑勒德等人才會有恃無恐地離開水源進攻薩拉丁的大軍，當然這也導致了最後的慘敗。
哈丁戰役對聖殿騎士團的歷史，對基督教的歷史乃至整個世界的歷史都有着深遠的影響，聖殿騎士團在這場戰役中也扮演了重要的角色，不過可惜是一個悲情的角色。
哈丁戰役之前，耶路撒冷王國因爲王位繼承一事發生了嚴重的分歧，以的黎波里伯國雷蒙德三世爲首的貴族派和聖殿騎士團大團長傑勒德支持的宮廷派幾乎兵戎相見，最後還是傑勒德支持的居伊上臺。這次分歧雖然因爲薩拉丁的大軍到來而和解，但已經埋下了不信任的種子。
1187年7月初，薩拉丁親自率領一支精銳部隊進攻太巴列，而把主力部隊埋伏在太巴列附近的山區，當時在太巴列的是雷蒙德的妻子。沒有多少防禦力量的太巴列很快被攻克，但雷蒙德的妻子和手下仍然佔據着一處堡壘死守，並向駐紮在安富里雅的耶路撒冷大軍求救。
雷蒙德認爲這是薩拉丁的誘敵之計，他想引誘耶路撒冷軍隊離開有水源的安富里雅，因此建議不去救援，就在安富里雅等薩拉丁的軍隊，薩拉丁出動大軍絕不可能僅僅爲了一個小小的太巴列。但聖殿騎士團大團長傑勒德將雷蒙德的意見斥爲叛徒的奸計(雷蒙德此前曾跟薩拉丁有約定，薩拉丁幫助雷蒙德奪取耶路撒冷的王位，後來由於克雷森之戰而廢除)，力主進軍太巴列。
傑勒德跟雷蒙德有舊怨，他曾是雷蒙德手下的騎士，雷蒙德許諾幫他娶一位富有的女繼承人，但最後食言，傑勒德認爲受到愚弄，改投入聖殿騎士團，一路青雲直上，最後被選爲大團長。很多人認爲傑勒德這次反對雷蒙德僅僅是出於個人的恩怨，他的這種情緒化的做法導致了最後的失敗。
被傑勒德一手扶上臺的居伊聽從了傑勒德的意見，決定率領大軍前往太巴列解圍，很多騎士雖然知道這樣做很危險，但出於忠誠仍然隨大軍一起前往太巴列。從安富里雅到太巴列要穿過一片荒蕪乾燥的高原，一路上還有撒拉遜輕騎兵的不斷騷擾，很快擔任前衛的雷蒙德的部隊和擔任中軍的居伊以及擔任後衛的聖殿騎士團部隊脫節，由於乾渴以及阿拉伯騎射手的騷擾，居伊和傑勒德的部隊都很難往前進發，這時他們到達安富里雅和太巴列正中間的馬里斯卡爾西亞。
傑勒德這時又作出了一個錯誤的選擇，他建議居伊讓主力部隊停止前進，在這兒修整並且等待後衛部隊跟上。前方的雷蒙德則送信來請求居伊無論如何也要迅速前進，在天黑前趕到有水源的地方。這次居伊又聽從了傑勒德的意見，讓主力部隊在馬里斯卡爾西亞停下來。這一停之後他們就再也走不了了，薩拉丁的主力趕了過來將他們包圍，並點燃野草，煙和灰使得耶路撒冷軍隊的乾渴更難以忍受，而周圍的薩拉丁軍隊高聲唱讚美安拉的聖歌，在心理上干擾耶路撒冷軍隊。天亮之後，居伊組織耶路撒冷軍隊衝鋒，企圖突破圍困，但由於極度的乾渴和疲勞，耶路撒冷軍隊已經沒有什麼戰鬥力可言，與其說這是場戰鬥，不如說是一隻貓在玩弄手心裏的老鼠。最後居伊以真十字架爲中心，組織了一個方陣進行抵抗。剩下的很多騎士本可以憑藉快馬重甲殺出重圍，但爲了保護真十字架，他們都死戰不退，直到最後薩拉丁下令停止屠殺爲止。耶路撒冷的軍隊幾乎全軍覆沒，基督教的聖物真十字架也被阿拉伯人奪去，最精銳的聖殿騎士團和醫院騎士團要麼戰死，要麼被薩拉丁處死，不過有趣的是薩拉丁居然放過了聖殿騎士團的大團長傑勒德。由於耶路撒冷失去了幾乎所有的軍隊，很快就被薩拉丁攻克。聖城失陷的消息傳到羅馬教廷後，教宗烏爾班三世在赴威尼斯途中聽到薩拉丁攻克耶路撒冷的消息傳來，由於極度悲痛，心臟病發作當場便去世了。
哈丁戰役對聖殿騎士團的打擊十分深遠，不僅僅是軍事意義上損兵折將——如果光是軍事上的失利他們很快就能恢復，更重要的是由於聖城失陷，他們失去了政治上最重要的立足之地。由於失去了聖地守護者的地位，他們存在的意義也要大打折扣。後來的第三次十字軍東征又帶來了英格蘭的獅心王理查一世、法國的高貴王菲利普二世，跟他們的力量比起來，聖殿騎士團只能做配角。總之，聖殿騎士團的輝煌雖然仍在持續，但他們的時代已經去日無多了。
1291年聖.讓.阿克陷落之後，聖殿騎士團和醫院騎士團一起撤到塞浦路斯，此後又回到法國。這也許是聖殿騎士團犯下的最嚴重的錯誤：它們沒有自己的土地，他們就只能受別人擺佈。相比而言，醫院騎士團和條頓騎士團就聰明的多，醫院騎士團雖然人不多，但仍在羅德島上苦苦支撐，後來又在馬耳他島建立了自己的國家。條頓騎士團也在普魯士建立了條頓騎士團國。聖殿騎士團回到法國只能用自投羅網來形容，從此他們就註定走上毀滅的道路。
當時法國的國王是“美男子”腓力四世，後來被尊稱爲“公正王(Philip IV the Fair)”，他在歷史上也是一個很有作爲的國王，打擊貴族，維護法蘭西的利益。而且這位美男子對教會顯然沒有什麼感情，連續有兩位羅馬教皇在他手下不明不白地送了命，直到他把他的親信波爾多大主教貝特朗(Bertrand de Goth)扶上教皇的寶座才罷手，這位貝特朗就是教廷歷史上的克雷芒五世。
腓力四世的行動得到了教宗克雷芒五世的支持——事實上他們倆就是同謀，教宗在1307年稍晚些時候發佈聖諭，譴責聖殿騎士團的罪惡，要求各國採取行動，徹底取締聖殿騎士團。在腓力四世和教宗的威脅下，各國雖然有不滿，但也只好服從，不過在其它國家只有很少的聖殿騎士被處死。
按照宗教裁判所的慣例，承認異端的至少可以留下一條命，不過很多聖殿騎士團成員後來相繼翻供，在教廷派來的主教面前否認了之前的供詞。騎士團成員的翻供讓腓力四世十分惱怒而且不安，對他們的審判又持續了幾個月，這些翻供的聖殿騎士團成員再也沒有承認罪行，他們中的很多人死於獄中，剩下的則上了火刑架。1310年在巴黎召開的桑城宗教會議上將否認供詞的騎士團成員譴責爲異端累犯，判處火刑。5月10日這一天有54名聖殿騎士被宗教裁判所用文火烤死。
大團長雅克·德·莫萊和其它幾名騎士團高層由於地位非同尋常，他們直到7年後，即1314年3月18日才被宣判。腓力四世本來準備將已經承認異端罪行的莫萊等人判爲無期徒刑，誰知在宣判時莫萊和諾曼底分團長儒弗魯瓦·德夏爾尼站起來否認原供詞。公審大會草草收場，莫萊和儒弗魯瓦·德夏爾尼被送上了火刑架，莫萊在死之前詛咒腓力四世和克雷芒五世，說他們在一年內都會面臨永恆的審判。事實上，這個詛咒真的應驗了，僅僅一個月後，克雷芒五世暴病而死。腓力四世比他多活了半年多，這一年的11月29日，他在打獵時身亡，據說是被一隻野豬撞死的，不過也有人對這一說法表示懷疑，因爲腓力四世是一個有着非凡勇力的騎士，據說他能將兩名大漢輕鬆地扛在肩上。
腓力四世對聖殿騎士團採取血腥行動的原因在歷史上並沒有明確的記載，歷史學家也有各種各樣的看法，一個比較公認的觀點是他覬覦聖殿騎士團的財產，正所謂“匹夫無罪，懷璧其罪”。更直接的說法是他欠騎士團一大筆錢，所以他纔會對騎士團下手。也有人認爲腓力四世和騎士團有矛盾，當初腓力四世曾想加入騎士團，但被拒絕了，因而懷恨在心。也有人爲腓力四世辯護，認爲當時聖殿騎士團企圖建立騎士團國，腓力四世爲了維護法國的統一，所以才這麼做。不過對於聖殿騎士團建國這一企圖似乎並沒有什麼有力的證據。總的來說，聖殿騎士團異端案整個事件完全可以用“莫須有”三字來概括。
1307年10月13日，那是一個星期五(這就是黑色星期五的由來)，在毫無預兆的情況下，腓力四世向法國各地的事務官發出密函，要求他們在同一時間打開，密函上的內容正是逮捕各地的聖殿騎士團成員。腓力四世的突然襲擊獲得了圓滿成功，法國幾乎所有的聖殿騎士團成員都被逮捕，僅在巴黎就有138名騎士團成員被捕，聖殿騎士團的高層包括大團長雅克·德·莫萊(Jacques de Molay)無一倖免。腓力四世給聖殿騎士團編排的罪名是“異端”，這真是很有意思，聖殿騎士團確實也不是什麼善男信女，你可以說他們貪婪，說他們殘暴，但要說異端就未免有點離奇了，從騎士團成立開始，它一直就是教皇座下最忠誠的力量，教皇前後共賜予他們上百條特權。不過腓力四世需要的不是符合邏輯的觀點，他只需要將騎士團打入萬劫不復之境。法國的宗教裁判所立即就開始對騎士團成員進行審訊。在宗教裁判所的“有效工作”下，聖殿騎士們開始招供，其中包括大團長雅克·;德·;莫萊。裁判所還讓他給所有的騎士團成員發佈一道命令，解決他們保密的義務。在莫萊的這道命令之後，騎士團成員向裁判所給出了千奇百怪的供詞，有的承認他們入會時要向十字架吐口水，有的說他們搞巫術，有的說他們崇拜異教的偶像，至於這個異教偶像是什麼樣子，各人又有各人的說法，另外還有騎士團成員之間搞同性戀——這個也許是唯一可信的罪名。據記載，僅巴黎一地就有36名騎士團成員在審訊過程中死亡，我們可以想象這些供詞究竟是在什麼樣的情況下獲得的。
