今天人們普遍認爲聖殿騎士團的毀滅是千古奇冤，但腓力四世的指控是否完全空穴來風無中生有呢?也不盡然。聖殿騎士團長期紮根於聖地，在多年與穆斯林的交往中，難免受到後者一些風俗習慣的影響。由於同穆斯林作戰時常有被俘的危險，爲了應對敵人的侮辱甚至刑訊逼供，他們還發展出了一套特殊的入會儀式及“訓練方法”。在歐洲民衆看來，難免離經叛道，甚至有異端的嫌疑。此外騎士團嚴格意義上來說，屬於天主教會下屬的修士會，入會時需發絕財、絕色、絕意“三願”(或稱“安貧”、“禁慾”、“聽命”)，然而日後騎士團的所作所爲，很難說遵守了上述誓言。200餘年中，一直有關於他們的負面傳聞在歐洲流轉。
當阿卡陷落，十字軍國家覆滅之後，這種指責更甚。但雅克·德·莫萊對此的“危機公關”卻犯下了大錯。他沒有謀求通過內部的祕密整頓來消弭這些罪愆，反而在面見教皇時，將百年來騎士團施行的宗教密儀和盤托出，並希望教皇來出面推動騎士團的改革。家醜外揚後的結果是，克雷芒五世大爲震驚，並提出讓法國政府介入調查。而雅克·德·莫萊對危險一無所知，竟未表示反對。
這樣，就等於他親手引狼入室，將騎士團送進了屠場。雖然腓力四世手下出臺的認罪書漏洞百出，而且不乏刑訊逼供的結果，但某些內容，如新團員入會時互相親吻，掌摑、踐踏十字架，甚至對耶穌像吐唾沫，可能是的確存在的。其中原因，如前所說，可能最初是爲了“模擬”被穆斯林俘獲後可能遭遇的折磨，並作爲對新騎士的考驗。但在中世紀那個獵殺女巫的時代，這些“罪狀”一經公開，也足以致命。其實醫院騎士團的團規和入會儀式很大程度上也參考了聖殿騎士團，但他們並沒有自行揭露這些密儀，並在聖殿騎士團事發後大幅修改和簡化了自己的傳統儀式，不給敵人任何口實。因此，騎士團被揭露的“罪行”固然有法王誇大歪曲的結果，但自身的不謹慎也是重要原因。
其次，聖殿騎士團的覆滅是教廷與法王博弈並互相妥協的結果。在克雷芒五世之前，教皇卜尼法斯八世(1235-1303)曾希望勵精圖治，重振宗座的權威，於1296年頒佈《教俗敕諭》，規定不經教皇允許對教會徵稅者將一律處以絕罰。此舉激起了亟需擴大財源的法王腓力四世的強烈不滿，雙方的關係變得劍拔弩張。1301年腓力逮捕了教宗派往法國的使節，作爲迴應，卜尼法斯八世在第二年頒佈《神聖一體敕諭》，宣稱教宗權力高於世俗王權。在外交談判破裂之後，法王發兵於阿納尼俘虜了教皇。法國要求宗座立刻退位，而卜尼法斯寧死不從，法軍將領夏拉·科隆納冒天下之大不韙，竟掌摑了教皇，此後更是將他囚禁三天，多次拷打，恣意侮辱——最終卜尼法斯在1303年10月11日傷重不治(一說含恨自盡)。腓力四世用暴力罷黜了一任教皇，不到兩年後便推舉出一位法籍教皇即位，即克雷芒五世。克雷芒五世不可能忘記卜尼法斯八世的前車之鑑，因此無法對法王持強硬立場。
從1307年聖殿騎士團遭到逮捕，至1314年大團長被送上火刑柱，間隔了整整7年。教皇也不止一次試圖拯救聖殿騎士團，但法王因爲債務問題寸步不讓。但腓力四世不敢過分緊逼，也不想讓卜尼法斯八世的悲劇重演。因爲在北面有英格蘭和佛蘭德，南面是阿拉貢和西西里，都對法國虎視眈眈。雙方反覆談判的結果，便是各讓一步：教廷解散聖殿騎士團，免除法王的全部債務;法王保證醫院騎士團的安全，並將聖殿騎士團在法國的地產轉交於它。
聖殿騎士團的覆滅某種程度上算是教皇棄卒保車的結果。其實教廷對聖殿騎士也作出了內部調查，結果卻認爲他們雖然德行有虧，但未犯下嚴重的異端罪。然而這份報告被克雷芒五世按下不發。2001年，在梵蒂岡的祕密資料“希農羊皮紙”的一份拷貝中人們發現(2007年，梵蒂岡正式予以公開出版)，騎士團其實是被裁定爲“可能悖德，未至異端”。且教宗克雷芒五世早在1308年就豁免了德·莫萊的“罪行”(文件定稿於1308年8月17日至20日)。但這份豁免，德·莫萊沒有見到，他不知道，從內心深處，教宗克雷芒五世早已經豁免了他們，但即使這樣，教皇受制於法王腓力四世也不敢在生前公佈，他明知騎士團員的冤屈，但卻坐視了他們的受刑和殉難，其中原因正是爲了與法國之間的幕後交易。
由於聖殿騎士團的名聲不佳，由於法國官方宣傳機器的有意抹黑，他們的遭遇在法國民間並未得到太多同情。但歐洲其他國家的有識之士早就看出了其中的異樣。大詩人但丁就曾在《神曲》中將腓力四世比作釘死耶穌的彼拉多：
“我看到那新的彼拉多是多麼殘酷無情，
他並不滿足於這些罪行，而是未奉旨令，
便把貪婪的風帆揚進‘聖殿’之中。”
不過在唏噓之餘，應該看到，聖殿騎士團的厄運，對比稍後醫院騎士團、條頓騎士團的興旺，不是歷史偶然的結果。總而言之，禍根在百年前就已經種下，聖殿騎士團糟糕的戰略眼光，拙劣的危機公關和14世紀初特殊的國際形勢共同造成了這一場悲劇。
