作爲傳奇的三大騎士團之一，公元1099年，第一次十字軍東征剛剛結束，爲了照料負傷的戰士和朝聖者，由法國貴族傑拉德和幾個小夥伴在聖若翰洗者教堂附近的醫院裏成立，這就是醫院騎士團(也有翻譯叫善堂騎士團)的雛形。
爲上帝而戰的醫院騎士團騎士
跟聖殿騎士團一樣，醫院騎士團初期非常弱小，只有在宗教的支持後才能壯大，所以在1133年，由教廷給予其宗教上的支持，並直屬於教皇，而不需聽從其他世俗權力，因爲這一段時間內有2個教皇輪流坐莊(本篤九世和希爾維斯特三世)，所以具體是哪個教皇承認的宗教地位，已經無從考證了。
以鎖甲和麪盔爲主要護具的醫院騎士
騎士團以黑底白十字爲自己的勳章，樣子類似於聖殿騎士團的徽章，只是顏色上有差別而已。
黑底白十字三角勳章
公元1120年開始，面對穆斯林帶來對歐洲朝聖者的安全問題，騎士團改變了原來的救死扶傷的宗旨，轉而變成一個專門進行軍事戰鬥的組織。至1187年的哈丁戰役爲止，騎士團總共在耶路撒冷國家內建立了140餘座軍事建築和要塞，可以說幾十年間醫院騎士團發展的非常壯大了。
但是就如他的兄弟聖殿騎士團一樣，1187年的哈丁戰役，由於指揮失誤，醫院騎士團的絕大多數精銳都戰死在這場戰都中，包括大團長羅傑·德·穆蘭。
疑似羅傑·德·穆蘭大團長的肖像畫
哈丁戰役之後，耶路撒冷王國已無力對抗強大的薩拉丁，同年，該城陷落，自1099年第一次十字軍東征到1187年的薩拉丁重新奪回耶路撒冷，這不到100年的時間裏，這座穆斯林和基督教一致認爲的聖城再次易主。
隨着耶路撒冷的丟失，1291年，醫院騎士團放棄巴勒斯坦只能被迫轉移到了塞浦路斯島，公元1309年，騎士團從拜占庭帝國手中奪得了羅德島，自此這裏就成爲了天主教阻止穆斯林前進的最後一道屏障了，因爲他們的敵人已經不再是薩拉丁，而是比埃及阿尤布王朝更加強大，拜占庭帝國的毀滅者-奧斯曼土耳其人。
擁有火器的奧斯曼土耳其新軍的戰鬥力非常強大
1453年，隨着拜占庭首都君士坦丁堡落入奧斯曼土耳其帝國手中(同時也開啓了歐洲的大航海時代)，羅德島更成了對抗穆斯林的孤獨的防禦要塞。
1480年奧斯曼土耳其蘇丹穆罕默德二世派出10萬大軍對羅德島進行瘋狂猛攻，再維持了3個月的拉鋸戰後，土耳其軍隊傷亡慘重，最後只能以失敗告終。(有興趣的讀者可以去找一本叫羅德島大圍攻的書籍)
1522年奧斯曼土耳其蘇丹蘇萊曼一世再次攻擊羅德島，而這次的兵力達到了驚人的20萬(個人感覺有水份)，騎士團竟然以7000多名士兵的微弱力量堅守了6個月之久，這不可謂中世紀戰爭的奇蹟，這場戰鬥中奧斯曼至少死傷有4到5萬名士兵，而騎士團也僅剩幾百人。倖存下來的騎士團成員與土耳其蘇丹達成了協議，允許他們撤退回歐洲。
戰爭後的建築物
騎士團轉移至歐洲後，在歐洲經歷了7年居無定所的遷移，在1530年，奉教皇克雷芒七世和神聖羅馬帝國皇帝查理五世的命令，他們最終也是最後一次轉移到了西西里國的馬其他島，而每年也象徵性的給西西里國王1馬其他鷹幣作爲租金，在島上醫院騎士團改名爲馬其他騎士團國。
但是好景不長，1565年，蘇萊曼一世又一次派出了大軍進攻了馬其他島，這次戰鬥跟羅德島戰役一樣，醫院騎士團苦苦支撐，損失過半，但是在最後關頭，一支西班牙艦隊來到此地，一舉扭轉了戰局，有點諷刺的是，西班牙艦隊的興起跟君士坦丁堡陷落帶來的大航海時代不無關係。
經過幾年的修養，蘇萊曼一世認爲自己的艦隊已經足夠遠征羅德島了，所以在1571年，奧斯曼土耳其又帶來了大批艦隊前來圍剿騎士團，但是戲劇性的一幕又上演了，他們還沒進入馬其他島範圍就碰上了以西班牙無敵艦隊爲主的聯盟艦隊，在勒班陀海域土耳其艦隊幾乎全軍覆沒，自此奧斯曼土耳其再無力對馬其他島進行戰鬥了。
可以說如果沒有醫院騎士團在羅德島和馬其他島上的戰鬥中擋住了奧斯曼土耳其人，那麼歐洲極有可能被奧斯曼土耳其造成上下包圍的態勢，所以說醫院騎士團是歐洲的救世主，一點都不爲過。
強大的西班牙無敵艦隊
聯盟艦隊擊敗土耳其艦隊
1798年，拿破崙的軍隊來到馬其他島，並用強大的軍力迫使醫院騎士團投降，自此，作爲軍事組織的醫院騎士團完成了他的歷史使命，很有意思的是，部分騎士團成員去到了俄羅斯，並且獲得了俄國沙皇的支持，騎士團則立俄國沙皇保羅一世爲他們的新一任團長，一個基督教的團體立一個東正教的皇帝爲團長，這實在是一種諷刺。
拿破崙讓全歐洲知道戰爭是什麼
1834年，騎士團在羅馬重建總部，但也只是做一些慈善類的工作，而且騎士團只是租借了一幢大樓做爲總部，但是實際沒有任何領土，醫院騎士團的傳奇事蹟已經結束，但是他的影響還將永遠持續下去。
