馬耳他騎士團與馬耳他共和國在今天是兩個沒有關係的政治實體。然而從名字上我們就能知道，二者在歷史上有關係。
馬耳他騎士團的全名是“耶路撒冷、羅得島及馬耳他聖約翰主權軍事醫院騎士團”，簡稱“醫院騎士團”或“馬耳他騎士團”。這麼長的名字本身就是騎士團歷史的濃縮。
馬耳他騎士團的國旗和國徽
馬耳他騎士團的前身是著名的醫院騎士團，它成立於 1099 年第一次十字軍東征之後。當時法國貴族在耶路撒冷的施洗者聖約翰教堂附近的醫院裏成立，主要目的是照料傷患和朝聖者，並保護醫院設施，故而這個騎士團被稱爲“耶路撒冷聖約翰醫院騎士團”。
隨着朝聖者的奉獻，騎士團發展迅速。1113 年，教廷承認他們是獨立的修會，並賜予他們一系列的經濟、政治特權，如無需繳納十一稅，無需接受任何政權的領導，只受教皇節制。
1120 年，法國人雷蒙·杜·皮伊繼承首領位置，在他的帶領下醫院騎士團逐漸從保護朝聖者的醫生、慈善修士轉變爲騎士和職業軍人。同時，作爲修會僧侶，醫院騎士團遠比普通十字軍士兵更安貧樂道、紀律嚴明、吃苦耐勞，戰鬥力更強。
很快騎士團就成爲耶路撒冷王國的重要軍事力量，甚至能夠影響王國的政局。這一時期醫院騎士團與聖殿騎士團、條頓騎士團並稱三大騎士團，在耶路撒冷王國擁有 7 座大要塞，140 多座其它建築。
遊戲中的三大騎士團
國王鮑德溫四世去世後，大團長羅傑·德·穆蘭反對居伊繼任，可惜沒有成功。在 1187 年哈丁戰役中，醫院騎士團也派出主力隨同居伊參戰，由於指揮上的失誤，包括醫院騎士團及聖殿騎士團在內的基督教軍隊幾乎全軍覆沒，大團長穆蘭戰死。
《天國王朝》劇照，該電影反映了醫院騎士團與聖殿騎士團的矛盾以及耶路撒冷王國內部混亂的政局，但與實際歷史有較大出入
隨後騎士團一直堅持到 1291 年才放棄巴勒斯坦並前往塞浦路斯。他們獲得了塞浦路斯國王賜予的科洛西城堡及附近的甘蔗種植園和糖廠。
1309 年騎士團從拜占庭帝國手中奪取了羅德島及周圍島嶼。此後騎士團的名稱又加入羅德島。在這裏，騎士團用海軍阻止了穆斯林向東地中海地區的擴張。當 1453 年君士坦丁堡落入土耳其人的手裏時，羅得島是整個東地中海地區唯一的基督教力量。
騎士團在羅得島的抵抗一直持續到 1522 年。當年，奧斯曼蘇丹蘇萊曼一世指揮 20 萬軍隊乘坐着 400 艘戰艦來到羅得島，而島上的騎士團只有 7000 名士兵，騎士團獨立堅守了六個月，土耳其軍隊至少有五萬人在戰鬥中喪生。最後騎士團與土耳其人達成協議，騎士團撤出羅得島，返回歐洲。
今天羅德島上的城堡
隨後騎士團來到馬耳他島駐防，但他們並沒有享受到安寧。1565 年，蘇萊曼一世再次圍攻馬耳他，在大團長瓦萊特指揮下，騎士團粉碎了蘇萊曼的進攻，與後來的維也納戰役一樣，阻止了奧斯曼帝國從地中海向歐洲擴張，此後騎士團被稱爲“歐洲之盾”，保護南歐的安全和貿易。
1798 年 6 月 11 日，出任法國埃及方面軍司令的拿破崙在進軍埃及的途中取道馬耳他。在強勢的攻擊下醫院騎士團投降，拿破崙佔領馬耳他島。島上的修道院和教堂被法軍洗劫，騎士團成員便四散開來，多數去往了俄國。俄國沙皇保羅一世承諾給予抵達俄國的騎士團成員庇護，騎士團則選舉保羅一世爲新的騎士團大團長。
保羅一世和拿破崙一世
離開了馬耳他島之後，騎士團就此失去了領土，但仍作爲一個組織存在，1802 年，騎士團對馬耳他島的主權通過《亞眠條約》(Treaty of Amiens)得到英法等國承認，但從未被允許回到島上。1834 年，醫院騎士團在羅馬重建總部，終於再次穩定下來。這時騎士團的軍事使命已經完結，此後主要從事慈善事業。
自此，“馬耳他”只留在了騎士團的名稱中，而騎士團與馬耳他島已經沒有實際關係。
沒有了騎士團的馬耳他島，在被拿破崙佔領後，於 1800 年又被英國佔領，1814 年正式成爲大英帝國的殖民地。1964 年 9 月 21 日，馬耳他獨立，並加入英聯邦，成爲一個主權國家。
馬耳他共和國國旗國徽
中文世界經常傳聞馬耳他騎士團世界上領土最小的國家，因爲它只有羅馬的馬耳他宮一棟大廈。
這實際上是對馬耳他騎士團的國際法地位不清楚造成的。
馬耳他騎士團確實有一定主權行爲：簽發護照、發放車牌、發行郵票和自己的硬幣。但是騎士團自己並沒有自己的主權領土。位於意大利羅馬的馬耳他宮和市郊的迪阿文丁山別墅兩棟建築所在地塊都屬於意大利領土，意大利只是給予這兩棟建築外交待遇和一定的治外法權。此外騎士團擁有的六個修道院和馬耳他聖安吉洛城堡也屬於用樣的狀況。
馬耳他宮內景
當然，在建築內意大利允許騎士團行使主權，故意大利與騎士團並無主權重疊。1991 年 6 月 24 日，教皇約翰二十二世批准騎士團的憲法憲章，其中包含最正式的重申主權。第一條申明“騎士團是一個由教廷正式宣佈的法律實體，它有國際法主體的資格”。但聯合國對騎士團的認定仍持保留態度，不把它歸類爲“非會員國家”或“政府間組織”，只是作爲一個“收到邀請作爲觀察員參與的其他實體”。
