斐遜擔任駐法大使期間，美國的馬塞諸塞州爆發了謝司起義(Shay’s Rebellion,1786-1787)。
參加過革命戰爭的軍人謝司率領1200人攻擊了當地聯邦軍的火藥庫，但被擊退。起義的原因是小農無法負擔沉重土地稅和高額的訴訟費，面臨失去財產、因無法償還債務而入獄的危險。傑斐遜得知此事，寫信給大陸會議議員、未來的總統詹姆斯·麥迪遜，主張對起義者實行寬大處理。在信中他討論了三種社會形式。第一種是無政府社會，如印第安人的社會。第二種是有政府社會，其中每一個公民都有使自己的意願發揮影響的渠道。英國社會在較小程度上是如此;美國在更大程度上是如此。第三種是專制政府，是狼羣治理羊羣的政府。這種形式無疑是邪惡的、不可取的。第一種社會形式是否最好，不能肯定，但對於人口衆多的社會來說，是不適宜的。第二種形式具有很多優勢。它使社會中的大多數成員能夠享受自由和幸福。但它也有弊病，其中最大者是易於發生騷動。
但與專制政府的統治下受到的壓迫相比較，這一弊病則微不足道了。傑斐遜說，如果要他選擇，他寧可要動盪的自由，而不要安定的奴役。甚至這一弊病也會產生良好的後果。它可以預防政府的腐化變質，培養公衆對政治的關注。傑斐遜認爲，偶爾發生一些小規模的動亂，是一件好事，在政治生活中是必要的，正如暴風雨在自然界中是必要的一樣。民衆起義本身表明他們的權利受到了侵蝕;鎮壓起義，會使他們的權利受到進一步的侵蝕。動亂是使政府保持健康的一劑良藥。正直的政府官員應對起義者寬大處理，不要採取高壓政策。這封信充分表現出一個傑出政治家的高瞻遠矚和寬廣的胸懷。
由於傑斐遜等人的影響，謝司起義的參加者後來都被赦免。謝司本人先被判處死刑，但一年後也被赦免。
傑斐遜對奴隸制口誅筆伐，自己卻擁有奴隸。雖然當時廢除奴隸制時機尚未成熟，但釋放自家的奴隸似乎並非難事。即使像他那樣的偉人，也難以擺脫歷史的侷限。
