吳鞠通有感於當時醫生墨守傷寒治法不知變通，撰寫《溫病條辨》七卷，提出溫病的三焦辨證學說，對溫病學說貢獻很大，是繼葉天士、薛雪之後的溫病學派重要代表人物。吳鞠通的《溫病條辨》，是溫病學的一座里程碑，不朽的中醫著作。全書分七卷，以條文和註解相結合的方式對溫病加以闡述，首卷“原病篇”摘引《內經》有關溫病的記載，並加以註釋，說明溫病的始原。一至三卷是分述上、中、下三焦溫病的證候及調治方法。四卷是雜說，提到救逆、緊急救治和病後調治各論，以便閱讀者不致臨牀混淆。五至六卷是“解產難”和“解兒難”，分述婦科產後及兒科驚風、痘疹的論治。吳鞠通創立了溫病“三焦學說”，並結合“衛、氣、營、血”理論，創造性地提出溫病辨證論治的綱領和方法，大大地豐富祖國傳統醫學寶庫。《溫病條辨》寫成後，立即被廣爲傳抄，在醫學界引起轟動，深得當代醫家的重視和推崇。頗有醫學知識的禮部尚書汪廷珍爲之作序：“吾友鞠通吳子……述先賢之格言，攄生平之心得”寫成《溫病條辨》，這是不可多得的具有臨牀實用價值的著作。醫家張維屏在書後評介：“瑭在京治溫病，全活甚衆，於是採輯名賢著述，附以己意，閱十數載，考驗而成書，……餘觀數月，見其苦心孤詣，縷析條分，誠治溫病不可無之書也，……然貝4醫必先明傷寒，而後能明溫病，既識傷寒，又不可不識溫病，而是書於溫病，則固詳且備矣。”《珍藏醫書類目》評價《溫病條辨》“頗有條理，可爲治溫病之津樑也。”《意園談醫書筆記》讚揚“此書爲溫病所必看之書。”……由此可見，《溫病條辨》確是清代中醫溫病學的一部傑出之作。嘉慶十八年(1813)吳鞠通的這部偉大著作，在汪廷珍的支助下，得以刊刻問世，並很快傳到了日本，在國內外產生較大影響。日本中醫博士奈良賢太郎寫了一部《內科溫病條辨的研究》，淮安清代醫家李厚坤繼承吳氏學說，把《溫病條辨》改成賦文，便利閱讀背誦，以啓迪後學者。現代中醫學院把吳氏著作作爲必修課程，可見其影響之深遠。
他曾在北京檢核《四庫全書》，得見其中收載了吳又可的《溫疫論》，深感其論述宏闊有力，發前人之所未發，極有創見，又合於實情，便仔細研究，受到了很大的啓發。他對葉天士更是推崇，但認爲葉氏的理論“多南方證，又立論甚簡，但有醫案散見於雜證之中，人多忽之而不深究。”於是他在繼承了葉天士理論的基礎上參古博今，結合臨證經驗，撰寫了《溫病條辨》七卷，對溫熱病學說做了進一步的發揮。
他認爲溫病有9種，吳又可所說的溫疫是其中最具傳染性的一種，除此之外，另外還有其他八種溫病，可以從季節及疾病表現上加以區分，這是對於溫病很完整的一種分類方法。書中創立了“三焦辨證”的學說，這是繼葉天士發展了張仲景的六經辨證，創立衛氣營血辨證方法之後，在中醫理論和辨證方法上的又一創舉。“三焦辨證”法：就是將人體“橫向”地分爲上、中、下三焦。上焦以心肺爲主，中焦以脾胃爲主，下焦包括肝、腎、大小腸及膀胱。由此創立了一種新的人體臟腑歸類方法，此法十分適用於溫熱病體系的辨證和治療，診斷明確，便於施治。而且確立了三焦的正常傳變方式是由上而下的“順傳”途徑，“溫病由口鼻而入，鼻氣通於肺，口氣通於胃，肺病逆傳則爲心包，上焦病不治，則傳中焦，胃與脾也;中焦病不治，則傳下焦。始上焦，終下焦。”因而，由傳變方式也就決定了治療原則：“治上焦如羽，非輕不舉;治中焦如衡，非降不安;治下焦如漚，非重不沉。”同時，吳氏對《傷寒論》的六經辨證，同樣採取了積極採納的態度，認爲“傷寒六經由表入裏，由淺入深，須橫看;本節論三焦，由上及下，亦由淺入深，須豎看。”這些理論，雖然從立論方式和分析方法上有所不同，但實際上仍是對葉天士的衛氣營血辯證法的繼承，並對其進行了很大的發展，尤其是在對疾病變化的認識上，是可以權衡協調的，二者並無矛盾之處。同時，三焦辯證法也完善了葉天士衛氣營血說的治療法則。葉氏的《溫熱論》中沒有收載足夠的方劑，而吳鞠通的另一重大貢獻，就是在《溫病條辨》當中，爲後人留下了許多優秀的實用方劑，象銀翹散、桑菊飲、藿香正氣散、清營湯、清宮湯、犀角地黃湯等等，都是後世醫家極爲常用的方劑。臨牀上使用的方子，《溫病條辨》方佔十之八九。
