禪學
明代的佛教以禪宗最盛，但是宗風卻極端的衰微。對於晚明禪宗密室傳帕、冬瓜印子的宗風，真可、德清等人就感到相當的不恥。有鑑於宗風的衰敗頹廢，有志之士發憤振興，提出禪淨雙修、禪教一致的口號。佛門僧侶幾乎都兼修各宗各派之學，就連禪門也不例外，禪淨法門不二、經教不廢等觀點也出現在禪僧的語錄中。諸宗融合成爲明末佛教的特色之一。這不僅使得禪學有了復興的跡象，同時也帶動了整個佛教復興的浪潮。對於這股風潮的推動，明末的四大師功不可沒。四大師一致認爲沒有經教做爲背景，便無法獲得真正的禪悟。他們從實踐到理論，都有促進佛教融合復興的傾向，指引出禪宗入清以後的發展方向。以真可而言，他一生視復興佛門、振興曹溪法運爲己任。有鑑於叢林空講自心佛性，徒以冬瓜印子相爲印可的劣陋。身爲禪者，真可不僅力振禪門風氣，同時強調“文字般若”的重要，特別揭示經教在禪修中的功能。而他對於唯識學的重視，也激起晚明研究唯識學的風潮。
明末思想界中，普遍存在三教同源的思想，佛門的高僧多兼通外學。明末四大師都與儒學有着密切的關係：蓮池袾宏原是個儒生，憨山德清年少時“習舉子業”，蕅益智旭也有援佛入儒的著作。同樣，紫柏真可也主張三教同源，在他的文集《長鬆如退》序言中就自稱出入於儒釋道之間。
紫柏真可主張儒、道、佛一致，不執守佛教的一宗一派，融會性、相、宗義，貫通宗、教。德清大師曾稱讚紫柏：“予以師之見地，足可遠追臨濟，上接大慧之風。”紫柏主張佛、道、儒一致，他融和佛教的五戒與儒家的五常，提出：“不殺曰仁，不盜曰義，不婬曰禮，不妄語曰信，不飲酒曰智。”並寫有五首偈頌，對照佛、儒二家五種人倫道德。
紫柏對佛教各宗派思想主張調和態度，“不以宗壓教，不以性廢相，不以賢首廢天台”。同時認爲文字經教是禪僧得悟的先決條件，不通文字般若便不能契會實相般若。其《石門文字禪序》道：“夫自晉宋齊樑學道者，爭以金屑翳眼。而初祖東來，應病投劑，直指人心，不立文字，後之承虛接響，不識藥忌者，遂一切峻其垣，而築文字於禪之外，由是分疆列界，剖判虛空，學禪者不務精義，學文字者不務了心。夫義不精，則心了而不光大;義精而不了心，則文字終不入神。”可見紫柏深入文字般若與實相般若，並能貫通融會，交相應用。又紫柏所訂“禮佛儀式”，除發願禮拜十方三世一切諸佛外，還教示禮拜西天東土歷代傳宗判教並翻傳祕密章句諸祖，此亦調和各宗的具體表現。
開悟
一日，聞一僧誦秀才張拙的開悟偈，至“斷除妄想重增病，趨向真如亦是邪”，內心大疑，四處書此二語於壁上，苦思不得其解。一日齋時，忽然大悟：“使我在臨濟、德山座下，一掌便醒，安用如何若何?”自是氣宇超絕諸方。不久，參雲谷禪師，叩華嚴宗旨。後至匡山，深究相宗奧義。
萬曆元年(西元1573)，紫柏轉至北京法通寺，親近華嚴宗匠遍融和尚，又從禪門耆宿嘯巖、暹理等禪師參學。兩年後，至嵩山少林寺參謁大千常潤法師。不久，南徙至浙江嘉興，密藏道開法師欽仰紫柏的風範，特來訪謁，紫柏留他爲侍者。
嘉興楞嚴寺原爲宋代名僧子璇著經疏處，然已荒廢甚久，紫柏遂發願重修，太宰陸五臺願爲護法，道開任幹事，陸五臺之弟雲臺施建禪堂，五楹既成，禮請紫柏作聯，紫柏刺血書之：“若不究心，坐禪徒增業苦;如能護念，罵佛猶益真修。”
紫柏真可禪師悟道因緣白話解說
徑山紫柏達觀真可禪師，俗姓沈，江蘇吳江灘缺人。真可禪師少時性格雄猛，卓爾不羣，坐若熊蹲，行如象步。十七歲時，欲立功名，辭親仗劍遠遊。一日，行至蘇州閶門，忽遇大雨，不能前進。當時，虎丘僧明覺禪師在蘇州辦事，偶然見到他，壯其偉岸，知是法器，遂以傘蔽之，並邀請真可禪師同歸虎丘雲巖寺，共進晚餐。那天晚上，真可禪師聽見寺僧唱誦八十八佛名，心大開悅，即將腰間所纏十餘金，贈給明覺禪師，並請求出家。明覺禪師遂予落髮。
受具足戒後，真可禪師曾在嘉興東塔寺，碰到一位僧人在抄寫《華嚴經》，心生恭敬，便跪在一旁觀看，嘆道：“吾輩能此，足矣!”於是，他便來到武塘景德寺，掩關三年。出關後，真可禪師便回到吳門，辭別明覺禪師，決志策杖遊方。
一日，真可禪師無意間聽到一位僧人唱誦張拙秀才的悟道偈，至“斷除妄想徒增病，趨向真如即是邪”這兩句時，忽然生起大的疑情。從此以後，真可禪師每至一處，都要把這兩句話寫在牆上，時時提撕，以至廢寢忘食，頭面俱腫。後來，終於有一天用齋的時候，真可禪師豁然大悟。他感慨道：“使我在臨濟德山座下，一掌便醒，安用如何若何!”
真可禪師悟道後，即遍歷禪席，居無定所。他曾經到過廬山，一度深究法相精義，後又朝五臺山，不久又遊京師，參禮燕京大千佛寺真圓遍融禪師。遍融禪師是一代華嚴宗匠。
初到大千佛寺，遍融禪師便問：“從何來?”
真可禪師道：“江南來。”
遍融禪師又問：“來此作麼?”
真可禪師道：“習講。”
遍融禪師道：“習講作麼?”
真可禪師道：“貫通經旨，代佛揚化。”
遍融禪師道：“你須清淨說法。”
真可禪師道：“只今不染一塵。”
遍融禪師便令真可禪師脫掉外衣，施給旁僧。
真可禪師遂依旨奉行。
遍融禪師於是回頭看着真可禪師，說道：“脫了一層還一層。”
真可禪師一聽，便微笑點頭，於是決定留在遍融禪師座下學習經教。
此外，真可禪師還參禮過禪門大德笑巖、暹理等禪師。九年後，真可禪師又重新回到虎丘，並於松江閉關百日。
明神宗萬曆三年(1575)，真可禪師前往嵩山少林寺，參禮大千常潤禪師，請求印可。剛到少林寺，正趕上常潤禪師上堂說法，爲大衆講解禪宗公案。真可禪師以爲常潤禪師以口耳爲心印，以帕子爲真傳，遂感嘆道：“西來意固如是耶?”於是決定不入參請，旋即回到南方。
在嘉興，真可禪師看到古楞嚴寺久已荒廢，被當地的大戶人家佔用，變爲園亭，心生感慨，曾作詩詠道：“明月一輪簾外冷，夜深曾照坐禪人”。於是他四處活動，發心修復。在五臺居士的護持下，古楞嚴寺很快修復一新。真可禪師後應五臺居士之弟雲臺居士的邀請，撰聯雲：“若不究心，坐禪徒增業苦;如能護念，罵佛猶益真修。”
真可禪師曾經感嘆法道陵遲，綱宗墮地，自誓要以荷擔大法爲己任。他認爲，以往所刻大藏經，卷帙浩大，不便於普及，於是四處奔走央告，寡資招賢，雕刻方冊大藏經，以便流通。真可禪師在世時，此藏尚未完成。後人秉其遺願，繼續雕刻，至清初才完成，是爲《徑山藏》。
真可禪師與憨清禪師交往甚爲密切。二人曾商定共修明代《傳燈錄》。後因憨山大師被告以私建寺院之罪，被捕入獄，此事終成泡影。萬曆二十八年(1600)，南康知府吳寶秀因拒絕執行朝廷徵收礦務稅的命令，被彈劾逮捕，其夫人哀憤自縊而死。這兩件事對真可禪師的刺激甚大。他曾經感慨道：“憨山不歸，則我出世一大負;礦務不止，則我救世一大負;《傳燈》未續，則我慧命一大負。若釋此三負，當不復走王舍城矣。”
此語後被傳到宦官的耳朵裏，他們欲置真可禪師於死地。萬曆三十一年，真可禪師因“妖書”事件，遭誣陷被捕入獄，幾經拷問，始終不屈。後來雖查無實據，但是執政者仍不放過他，將他定爲死罪。真可禪師聽說過，遂說偈雲：
“一笑由來別有因，那知大塊不容塵。
從茲收拾娘生足，鐵橛花開不待春。”
又云：“世法若此，久住何爲!”
於是，真可禪師便索湯沐浴，囑咐侍者性田道：“吾去矣，幸謝江南諸護法!”
性田侍者聞言，痛哭不已。真可禪師呵斥道：“爾侍餘二十年，仍作此去就耶?!”
當時，有位姓吳的讀書人亦在場。吳生向真可禪師請問大法。真可禪師遂作偈雲：
“事來方見英雄骨，達老吳生豈夙緣。
我自西歸君自北，多生晤語更冷然。”
說完，便端坐而化。
御史曹學程聽說真可禪師已坐化，急忙前來探視。他撫摸着真可禪師的手說：“師去得好。”
真可禪師又張開眼睛，向曹御史一笑而別。一時獄中香氣不絕，六天之後，真可禪師顏色如生。春秋六十一歲。
