隋朝備戰
隋文帝加緊滅陳準備。繼續推行均田制和租調力役制，在中央建立三省六部制，在地方推行州、縣制，改革府兵制等措施，以利於發展社會經濟，加強中央集權，提高軍隊戰鬥力。又經過幾年勵精圖治，國力、軍力顯著增強。開皇五年十月，文帝以清河公楊素爲倌州總管，經略長江上游。同時在三年內，動員數十萬人修繕朔方(治巖綠，今內蒙古烏審旗南白城子)、靈武(治回樂，今寧夏靈武西南)一帶長城，並於朔方以東緣邊險要，築城數十，以加強北部邊防，保障南進時後方無憂。
隋文帝經過數年準備後，終於營造出南滅陳國的契機。公元587年(開皇七年)，廢西樑後主蕭琮，佔領江陵，西樑亡。同年十一月，隋文帝與宰臣謀議伐陳之策。尚書左僕射高熲提出：“在江南收穫季節，以少數兵力，聲言進襲，迫陳集兵守禦，以誤其農時;彼既聚兵，我便解甲，如此多次，使陳軍習以爲常，麻痹懈怠，然後舉兵渡江，登陸攻擊，派人潛入陳境，反覆縱火，焚其儲備物資，使其財力俱盡。”
虢州刺史崔仲方提出：“在武昌(今湖北鄂州)以東沿江各要地部署精兵，祕密準備渡江，在益(治今成都)、信(治今四川奉節東)、襄(治今湖北襄樊)、荊(治今湖北江陵)等地速造戰船，準備水戰;陳如以精兵赴援上游，下游諸將即可乘虛渡江，如陳擁兵自衛，上游諸軍則可順江東下，直取建康(今南京)。”
楊素、賀若弼等也爭獻平陳之策。隋文帝均予以採納。攻陳前，隋令介州刺史李衍在襄州道、楊素於巴東郡(治今四川奉節東)建造“五牙”(裝有拍竿的大型戰艦)、“黃龍”等戰船，加強水師[6] 。故意在江中漂下造船廢料，以威懾陳人。賀若弼賣掉老馬，大量購買陳船，藏匿起來，又買破舊船隻五六十艘，泊於小河，使陳軍以爲隋軍沒有戰船。多次將換防士兵集於廣陵，大張旗幟，營幕遍野，還使士卒沿江射獵，人馬喧噪，以迷惑陳軍，使之不加戒備。
公元588年(開皇八年)三月，隋文帝下詔，列舉陳後主罪行又送璽書暴其罪惡二十條，並將詔書在江南散發三十萬份，以爭取人心。
十月設置淮南行省於壽春，以晉王楊廣爲尚書令統籌各路兵馬，以高熲爲元帥長史決斷行軍謀略，率八十總管、五十一萬八千名士兵南犯 。楊廣並與秦王楊俊、楊素爲行軍元帥，同時由長江上、中、下游分八路南征南朝陳。
這八路分爲中上游與下游兩部，行軍元帥楊俊統帥中上游三路，他率水陸軍由襄陽進屯漢口，以阻擋中游陳軍支援下游南朝陳首都建康。行軍元帥楊素率舟師出永安(今四川奉節)東下，在荊州刺史劉仁恩出江陵與楊素會和，最後抵達漢口與楊俊軍會和。楊素與劉仁恩軍負責驅趕長江中游一帶的陳軍到漢口圍殲。
行軍元帥楊廣統帥下游五路，他率領韓擒虎、賀若弼專攻建康，命王世積與燕榮爲左右翼協攻江西、三吳。楊廣率軍出六合，廬州總管韓擒虎出廬江(今安徽合肥)，吳州總管賀若弼出廣陵(今江蘇揚州)，這三路集中圍攻建康。蘄州刺史王世積率舟師出蘄春(今湖北蘄春北)攻九江掩護楊廣主力軍。青州總管燕榮率舟師出東海(今江蘇連雲港)沿海迂迴南下入太湖，以奇襲吳縣(今江蘇蘇州)，深入三吳以支援楊廣主力軍。隋廷在進軍之前，扣留陳使，斷絕往來，以保守軍事機密。並且派出大批間諜潛入陳境，進行破壞、擾亂活動。
隋軍南征
陳後主荒淫驕侈，政治腐敗，既不懂軍事，又不納部將建議，自恃“長江天塹”，疏於防務。爲了元會(即春節)之慶，竟命鎮守緣江重鎮江州(治今江西九江)、南徐州(治今江蘇鎮江)的兩個兒子率戰船回建康，致使江防更爲薄弱。十二月，長江上游隋軍首先發起進攻。
公元588年(開皇八年)十二月，楊俊督水陸軍十餘萬出襄陽(今屬湖北)，進屯漢口(今湖北漢水入長江之口)。陳命散騎常侍周羅喉都督巴峽緣江軍事，與郢州刺史荀法尚部數萬，據守江夏，同楊俊軍相峙月餘。
同月，隋行軍總管周法尚率舟師三萬，進至樊口(今湖北鄂州西)，擊破抗拒的陳軍。楊素率水軍出巴東，沿三峽東進，荊州刺史劉仁恩部由江陵西上，兩軍配合，水陸兼用，襲佔狼尾灘(今湖北宜昌西北)，擊敗陳守將戚昕 ;陳南康內史呂忠肅死守歧亭(今湖北宜昌西北西陵峽口)，以三條鐵鎖橫江阻斷隋軍東出三峽。楊素、劉仁恩率水陸聯軍強攻，直到公元589年(開皇九年)正月擊破陳軍，佔領西陵峽口。
陳荊州刺史陳慧紀屯公安(今湖北公安西北)，見大勢已去，便率軍三萬、樓船千餘艘，順江東走，企圖入援建康，卻與周羅睺被楊俊軍阻於漢口以西，陳軍最後無法救援建康[12] 。楊素繼以主力沿江東下，與楊俊軍會師漢口，另派一部南下湘州(治今湖南長沙)，擊擒陳岳陽王陳叔慎，至此長江中游已非陳國所有。
飛渡長江
當隋軍陸續佔領長江上游的消息傳到建康時，均被朝廷掌管機密的施文慶、沈客卿扣壓，使得建康城毫無防備[13] 。隋軍進至長江北岸時，施文慶又以元會(春節)將至，拒絕出兵加強京口(今江蘇鎮江)、採石(今安徽馬鞍山市西南)，等地軍備。
公元589年(開皇九年)正月初一，長江下游隋軍乘陳歡度元會之際，分路渡江。賀若弼軍出廣陵南渡，韓擒虎軍出廬江由橫江口(今安徽和縣東南)夜渡，襲佔採石(今安徽馬鞍山市西南)，晉王楊廣軍出六合(今屬江蘇)進屯桃葉山(今六合東南)。初四，陳叔寶察覺事態不利，下詔親帥陳軍拒敵。命驃騎將軍蕭摩訶、護軍將軍樊毅、中領軍魯廣達併爲都督;又派南豫州刺史樊猛率水軍堅守白下(今南京城北金川門外)，抵禦六合方面隋軍;以散騎常侍皋文奏率部鎮守南豫州(治姑熟，今安徽當塗)。隋軍突破長江防線後積極推進，初六，賀若弼軍攻佔京口(今江蘇鎮江)，俘南徐州刺史黃恪。所俘六千餘人，均優待釋放。隨後賀若弼以一部進屯曲阿(今江蘇丹陽)，以防三吳(今江蘇太湖以東、以南和浙江紹興等)陳軍增援，自率主力西進;韓擒虎軍於初七攻佔姑熟，沿江東進，皋文奏軍敗退建康。
隋軍渡長江後積極推進，賀若弼於京口派一部隋軍於曲阿 (今江蘇丹陽)阻擋三吳地區(今江蘇太湖以東、以南和浙江紹興等)的陳軍北援，主力持續向建康前進;韓擒虎擊敗陳軍，佔領姑孰(今安徽當塗)後，沿江直下，皋文奏敗退建康。正月初七日，賀若弼進屯鐘山(今南京紫金山)以南的白土崗;韓擒虎和由南陵(今安徽銅陵附近)渡江的杜彥軍在新林(今南京西南)會合;宇文述軍於白下擊敗陳軍後，進佔石頭城(在今南京城西清涼山)[14] 。隋軍佔領建康外圍城市，完整包圍南朝陳的首都。爲配合隋軍主力進攻，王世積軍也成功由蘄春攻佔蘄口(今蘄春西南)，大敗陳將紀填，逼近江西鄱陽湖 。燕榮水師也由山東沿海南下，佔領三吳地區。
攻破建康
建康地勢虎踞龍盤，向稱險要，在建康附近的陳軍仍然有十萬。然而陳後主不採納部將建議，乘隋軍包圍之際切割敵軍。他放棄鐘山、石頭等險地，將主力固守建康城內外，白白的讓隋軍包圍建康城 。賀若弼至京口時，蕭摩訶請求出戰，陳後主不準。而後蕭摩訶得知陳後主竟和他的妻子私通，就也擁兵不前，唯獨讓魯廣達、田瑞奮勇作戰。15日，陳鎮東大將軍任忠率軍自吳興(今浙江湖州南)入援建康，陳後主也只讓他駐守朱雀門(建康城南門宣陽門南2.5裏)。
589年1月20日，陳後主在「兵久不決，令人腹煩」的情況下，對賀若弼軍發動白土岡之戰。他倉促的派魯廣達、任忠、樊毅、孔範與蕭摩訶率軍出戰，於白土岡南北列長蛇陣20裏，首尾進退互不相知。賀若弼軍初戰不利，然後集中攻破薄弱的孔範軍。陳軍全線潰退，賀若弼從北掖門攻入臺城(建康宮城)。韓擒虎軍佔領秦淮河南岸石子岡(今江蘇南京雨花臺)後，陳將任忠請降，開北岸朱雀門迎韓擒虎入城 。當時陳後主身邊大臣只有尚書左僕射袁憲一人。袁憲建議如同梁武帝見侯景故事，莊嚴的向隋軍投降。但是陳後主畏懼而不從，與愛妃張麗華、孔貴人躲到井裏面。最後被韓擒虎俘虜，陳滅亡 。當夜，賀若弼軍也從北掖門入城。
降伏嶺南
建康被隋軍攻下後，南朝陳尚領有長江中游、三吳與嶺南地區。589年1月22日，楊廣進入建康，命令陳後主發令招降各地陳軍投降。堅守江夏的周羅睺、陳慧紀與守備長江中游諸城的守將陸續投降，三吳地區的吳州(今江蘇吳縣)、會稽(今浙江紹興市)二城堅守拒降，嶺南守將徐璒阻擋隋使韋洸於南康前，不願意歸附隋朝。於是楊廣率軍南下三吳、嶺南等地，各地陳軍或受陳後主號令投降、或抵抗隋軍而被消滅。
嶺南地區早在南朝梁侯景之亂時，就受冼夫人控制。冼夫人率兵擊破樑高州刺史李遷仕後掌控嶺南，並與都督陳霸先合作。陳霸先後來創建陳朝，即南朝陳。冼夫人平定多次叛亂，保境安民，被當地俚漢人尊爲“聖母”。楊廣得知此事後，命令陳後主致書冼夫人，使其歸隋。爲了證明是真的，還將冼夫人曾經獻給陳帝的扶南犀杖及陳後主的兵符給她確認。冼夫人見到信及物件後，確定陳朝已亡，便派孫子馮魂迎隋使韋洸到嶺南。各地至此才聞風歸附，從此全部歸隋朝管轄 。
至此，隋文帝完成了大一統，成功結束紛亂近400年的魏晉南北朝時期。
