明嘉靖四十二年(1563)四月平海衛奏捷之後，戚繼光又率部先後在連江馬鼻嶺和寧海肖石嶺殲滅倭寇各一部，福建倭寇暫告平息。爲加強福建水陸防務，以爲長治久安之策，譚綸與戚繼光議定御倭方案，上報朝廷，採取了一系列防務措施：
一、 陸上防禦：戚繼光將6400人的軍隊分爲8營，按北、中、南3路設防，3路部隊各統兵2營，分駐福寧、福清和漳州、泉州，自率2營兵力作爲機動，還派兵一部防衛省城福州。
二、海上防禦：恢復以前廢棄的烽火門、南日山、浯嶼、銅山、小埕等沿海水寨，將修好的92艘兵船分配各寨，並增撥器械、火藥和糧餉。倭寇不甘心失敗，又於十月間聚合2.7萬餘人大舉入侵，計劃先以1.5萬人劫掠仙遊，來春再犯省城福州。
十月上旬，倭寇艦船先後入犯臺山、福寧三沙和閭間澳、萬安連盤澳、平海衛後潘澳等地。戚繼光令各水寨、各路把總奮力抗擊,取得了多次勝利，但未能從根本上阻止倭寇對福建的進犯。爲加強對抗倭的軍事領導，十一月，明廷任命戚繼光爲總兵官，領導福建全省並浙江金、溫二府，負責水陸軍務。十一月初一，倭寇乘船16艘進犯興化府青山巡檢司石城澳，然後繼續南下。三日，倭又乘船5艘於連江東岱澳登陸南竄。六日，倭寇1萬餘人分屯仙遊四門外城，包圍仙遊。當時，仙遊城內駐兵200人左右，另有民兵250人，即使將戚部在閩兵力集中起來，也僅爲倭寇兵力之半。根據這一形勢，戚繼光決定先取守勢，確保仙遊，待明軍兵力集中後，再主動進攻倭寇。
