腓力二世在宗教上排斥異己和增加稅收的政策激起了哈布斯堡王朝所轄的尼德蘭的不滿，終於釀成公開的起義，針對這種局面腓力二世立即派遣阿爾瓦公爵費爾南多·阿爾瓦雷斯·德·托萊多率領軍隊前往荷蘭鎮壓新教運動。1567年8月，阿爾瓦公爵奉腓力二世之命率領近2萬人到達尼德蘭。這支軍隊是參加意大利戰爭的主力，它的到來意味着西班牙軍事重心的重大轉移。8月28日，阿爾瓦公爵的部隊打到了布魯塞爾，局勢進一步惡化。瑪加麗塔政權被架空，不得不辭去總督職務。9月5日，成立了“除爆法庭”，開始對新教徒和反抗者進行殘酷鎮壓。9月8日，阿爾瓦公爵以傳達腓力二世訓令爲名召見埃格蒙特伯爵和何恩將軍，隨後將他們逮捕，6月5日，在布魯塞爾大廣場將其處死。尼德蘭地區完全處於白色恐怖之中。奧蘭治的威廉逃到德意志得到了新教徒支持，組織了僱傭軍繼續鬥爭。
第一階段
獨立與反獨立(1568年-1609年)
1568年5月23日，阿爾瓦公爵率領的皇家軍與奧蘭治的威廉所部在格羅寧根省的海利赫萊遭遇，結果傷亡慘重。海利赫萊之戰通常被視爲八十年戰爭的開始。兩個月後爆發的赫明根戰役中阿爾瓦的皇家軍取得勝利。奧蘭治的威廉的弟弟路易斯·德納紹(拿騷的路易斯)率領的1萬人被阿爾瓦公爵殲滅。
赫明根戰役失敗後，奧蘭治的威廉再次流亡德意志，重整旗鼓，準備再戰。爲了繼續反抗腓力二世的殘酷鎮壓，新教徒重新組織起來，並且尋求外來援助，最後爭取到了英國新教徒的支持。戰爭規模不斷擴大，從陸地延伸到海上。1572年，起義軍分成多條戰線同皇家軍周旋。“海上乞丐”遊擊軍佔領了布里勒、弗雷辛加和恩克赫伊曾等港口城市，封鎖了荷蘭和布拉班特省的海上貿易通道，把阿姆斯特丹之外的被荷蘭州和西蘭島從西班牙的統治下解放了出來。革命火種再度燃起。澤蘭、弗呂斯欣、烏得勒支等省接連爆發聲勢浩大的武裝起義。這時奧蘭治的威廉 領導起義軍從北部向南進發，拿騷的路易斯從南部向北挺進，形成了南北夾擊之勢。但是1572年的大屠殺事件使雨格諾教徒蒙受了嚴重打擊，不可能再給予荷蘭有力的支援。更兼軍費奇缺，因此奧蘭治的威廉的軍隊戰鬥力逐漸衰弱下來。當阿爾瓦完全平定了南部各州之後，又乘勢攻入北部。1572年12月，阿爾瓦公爵的部隊包圍了哈勒姆長達八個月之久。此後，又包圍了阿爾克馬爾。北部各州的城民甚至不惜掘開堤壩阻止西班牙軍隊進城，才未失手。此時，法國和英國支持尼德蘭起義軍，阿爾瓦公爵的軍隊處於困難境地。1573年阿爾瓦公爵仍然在尼德蘭繼續徒勞的圍困着荷蘭城鎮阿爾克馬爾和萊頓，試圖“割開每個活口的喉嚨”。同時，1573年“海上乞丐”們還在徐德海殲滅勒阿爾瓦的艦隊。爲了追究軍事作戰失敗和因扣發薪餉引起的軍隊譁變的責任，阿爾瓦被召回西班牙。
新總督雷克森斯任職的一開始就伴隨着不愉快，阿爾克馬爾的圍攻已經失敗，軍隊欠餉嚴重，在阿爾瓦麾下已多次譁變。1574年4月，曾在蒙斯城下敗退的拿騷的路易捲土重來，帶領着一支從德意志招募的部隊試圖解救萊頓，迫使巴爾德斯撤圍。但叛軍還未及到達萊頓，就被的一支西班牙部隊擊潰，拿騷的路易和胞弟亨利雙雙陣亡。不過得勝之後的西班牙軍隊再度因欠餉而譁變，安撫他們花費了一個月和50多萬杜卡特，5月底西班牙恢復了對萊頓的包圍。在奧蘭治的威廉的指揮下，荷蘭人爲了支援萊頓，不惜毀掉田地，掘開了更多的堤壩，直到萊頓城周圍的水深足以行駛平底駁船。1574年10月，荷蘭船隊突破封鎖，把補給運進了城。眼見圍困無望的西班牙人被迫撤退。圍攻萊頓城失敗是西班牙在尼德蘭事業的一個轉折點，此後他們再沒有獲得1569年和1572年那樣如此迫近全面勝利的形勢，奧蘭治親王的事業已不可能單單靠武力予以鎮壓了。
1575年9月1日，負債高達5000多萬杜卡特的西班牙再度宣佈破產，國庫終止了一切帳單的支付。破產敕令在金融中心熱那亞和安特衛普引起了一場風暴，後果是災難性的。對雷克森斯和尼德蘭來說，這就是窮途末路。在總督給他的兄弟蘇尼加的信中，他說：“這裏沒有人還有任何信用可言……我找不出哪怕一個小錢，也無法指望國王送錢到此。不出現奇蹟，整個軍事機器都將分崩離析，快得可能我都來不及告訴你。”絕望的雷克森斯沒有等來奇蹟，他於第二年的3月因病去世，西班牙軍隊再度兵變並放棄了荷蘭。
1576年唐·胡安被任命爲尼德蘭總督。1576年10月3日在安特衛普發生了西班牙軍隊殘暴的搶劫事件。因此，過去對西班牙持曖昧態度的南部10個州，以那次搶劫事件爲契機，開始傾向和支持奧蘭治的威廉。並在11月8日超越了種族、語言的隔閡，簽署了《根特協定》，廢除阿爾瓦公爵所頒佈的一切法令，恢復城市原有的自治權。各省代表發誓團結一致趕走西班牙軍隊，並賦予各省立法權，對被捕起義者實行大赦。
1577年初，唐·胡安開始同各省代表談判。於2月17日簽訂了《永久法令》，此後，腓力二世把步兵團撤到意大利。但這仍然沒有解決根本問題，唐·胡安堅持天主教必須在所有的省份恢復，荷蘭和澤蘭立即抗議並退出了談判，拒絕承認總督的權威。不僅如此，嚐到了當家作主的甜頭後的政略派也不願放棄剛剛獲得的權力，與總督處處齟齬不合，“他們害怕我，當我是狂徒;我討厭他們，當他們是無賴”，唐·胡安寫道。7月，唐·胡安召回步兵團，企圖武力鎮壓北方各省的武裝鬥爭。這一年秋，帕爾馬公爵亞歷山大·法爾內塞被派往尼德蘭鎮壓起義。亞歷山大·法爾內塞充分顯露了他的軍事天才。此時，起義軍又捲土重來。不久，南方天主教貴族被控制，向腓力二世妥協。1578年10月唐·胡安去世，腓力二世根據唐·胡安生前建議，任命亞歷山大·法爾內塞爲荷蘭總督。亞歷山大·法爾內塞巧妙地利用荷蘭南北之間的利害衝突，慎重地施展離間分化策略。他首先確保以天主教貴族爲中心的南部三不會政治上的自由。1579年又成功地在與北部分離的南部10個州成立了天主教的“阿拉斯同盟”，就是現今的比利時。因此，北部7個州便立即結成了“烏得勒支同盟”，1581年發表了脫離西班牙的獨立宣言，從而誕生了荷蘭聯邦共和國，選舉奧蘭治的威廉爲第一任執政。
腓力二世對“烏得勒支同盟”耿耿於懷，與置之死地而後快。於是，1584年7月10日派遣了一個狂熱的法蘭西天主教徒暗殺了奧蘭治的威廉。而後，其子18歲的拿騷的莫里斯繼任荷蘭執政。 [14-16] 1584年7月，亞歷山大·法爾內塞率領軍隊佔領了安貝雷斯，英國決定出兵支援，英國接來下成爲荷蘭起義者們的保護者。在一系列其他要考慮的事情中，最出名的是英國對西班牙新大陸的入侵，使得腓力二世面臨新的威脅。在海上，荷蘭和英國的私掠船中斷了西班牙通往尼德蘭的供應通路，並使戰火擴大到西非和加勒比海。儘管拿騷的莫里斯被選爲新的領袖，但三級會議想復活奧蘭治的威廉的親法政策，邀請亨利三世來治理。法國國王覺得風險太大。三級會議轉而邀請伊麗莎白。她拒絕統治權，但派來寵臣萊賽斯特伯爵和一小支軍隊。萊賽斯特違背伊麗莎白的意願，接受總督的稱號，掌握奧蘭治的威廉未曾擁有的權利。他想改革不完善的制度和弊端，整頓財政和海軍。但他和已經佔有重要地位的荷蘭省議會鬧僵。他想法壓制荷蘭與澤蘭兩省服從他的意志，失敗之後於1587年12月引退。萊賽斯特走後不久，三級會議決定不再重複邀請外國君主的經驗，從這時起，我們可以說一個獨立的共和國誕生了。正在這時，腓力二世帕爾馬公爵和他合作，從事反對英國的重大行動，並和亨利四世作鬥爭。這次戰略上的轉移挽救了共和國，同時西班牙的海軍由於無敵艦隊的慘敗而受到致命的打擊。時運終於改變。從此，共和國能確保成功。帕爾馬公爵離開舞臺的時候(他死於1592年)，拿騷的莫里斯已成長爲當時最偉大的軍事家之一，甚至有人從國外來向他求教。經過一系列的鬥爭，西班牙人從各條戰線龜縮回去，荷蘭共和國的領土開始有今日的局面。1601-1604年的奧斯坦德之圍對於荷蘭共和國是一場嚴重打擊。但塞爾託亨博斯、格拉夫、埃克呂斯三城補償了這個損失，並綽綽有餘。拿騷的莫里斯曾試圖重新統一由於西班牙的征服而陷於分裂的尼德蘭南北兩部。他率兵進入佛蘭德，但遇到軍事才能與其並肩的西班牙名將斯皮諾拉，因此遭到徹底失敗。在海上，荷蘭人接連取勝，還滲入西班牙和葡萄牙的殖民地，開始形成一個帝國。東印度公司於1602年由約翰·範·奧爾登巴內費爾特創立。1607年荷蘭艦隊襲擊了直布羅陀港，使駐泊該港的一個西班牙分艦隊遭到嚴重損失。西班牙在當年財政破產。雙方都已筋疲力竭，都急於休戰，最終在1609年達成十二年休戰協議。
休戰協定
1609年4月9日，雙方在安貝雷斯達成了協議，簽訂了《十二年休戰協定》，亦稱《安貝雷斯條約》。依據：雙方休戰12年;西班牙解除對聯合省共和國與歐洲的貿易禁運;允許荷蘭在西印度進行自由貿易;聯合省共和國保證天主教徒的宗教自由。《十二年休戰協定》意味着西班牙承認荷蘭、澤蘭、烏得勒支等北方各省的獨立。協定簽署後，周邊國家立即做出反應與聯合省共和國建交併開展貿易往來。這給聯合省一個喘息的機會。哈布斯堡王朝無疑在政治上受到沉重的打擊。在這一段和平時期中，荷蘭的海外貿易大大增多了。 [24] 但西班牙也算暫時擺脫了尼德蘭戰爭的困擾，停戰期間，西班牙國力恢復良好，並穩定其財政。她成爲下一場大型戰爭的主要角色前，積極恢復其威信。
第二階段
荷西爭霸(1621年-1648年)
參見：三十年戰爭
《十二年休戰協定》一直維繫到1621年，西法兩國就延長休戰期限再次談判，但因未達成一致又重新開戰。1625年佈雷達之圍，西班牙軍隊在圍困佈雷達6個月後佔領該城。荷蘭方面拿騷的莫里斯年邁力衰，直到他兄弟腓特烈·亨利於1625年繼承他的位置，鬥爭纔有力地開戰。戰爭初期荷蘭發動幾次圍攻，得到斯海爾託亨博斯城(1629年)、韋塞爾城和馬斯河流域一些地方。接着1634年，神聖羅馬帝國皇帝聯合西班牙軍隊在諾德林根大敗瑞典軍隊，置共和國於神聖羅馬帝國和西班牙軍隊的合擊之下。於是荷蘭與法國締結盟約;法國參戰，同時反對神聖羅馬帝國和西班牙。由共和國和法國瓜分西屬尼德蘭，但腓特烈·亨利遇到一個有才幹的勁敵費迪南皇子兼紅衣主教;荷蘭省議會對於提供必要的經費又十分吝嗇，這使他非常爲難。直到1637年，他才攻克佈雷達城，打了一個大勝仗。但由於阿姆斯特丹大膽供應食物和裝備， 援助安特衛普，使腓特烈·亨利在這座城下受挫。後來他還幾次企圖攻入安特衛普，最後一回於1646年，也都沒有成功。
荷蘭人在海上取得的戰果最爲輝煌：1628年的馬坦薩斯灣海戰，在馬坦薩斯港(古巴)俘獲一支西班牙珍寶船隊;1631年在斯拉克(聖菲利普斯蘭島和歐陸之間的航道)荷蘭艦隊對安特衛普的西班牙艦隊發起了夜間襲擊，將港內的西班牙艦隊殲滅。此後，西班牙轉攻爲守;1639年海軍上將馬頓·特羅普和孔代親王合作圍困敦刻爾克港對奧昆多海軍上將的艦隊取得壓倒性勝利。這次勝利標誌着西班牙艦隊的最後一次重要企圖遭到粉碎，也表明荷蘭作爲第一海上強國得到確認。
唐斯之戰對西班牙意味着海上希望的破滅;四年之後，羅克魯瓦戰役又使他的步兵名譽掃地，葡萄牙於1580年合併到西班牙，1640年重新分離，從這時起殖民地爭奪戰變得沒有目的了。荷蘭人掠奪的巴西和香料羣島，事實上都是葡萄牙的領地。西班牙精疲力竭，決定議和;於是荷蘭人開始擔心法國變成一個危險的鄰居。與其在南尼德蘭有個蓬勃發展的法國，還不如留個削弱了的西班牙。此外，戰爭對荷蘭執政腓特烈·亨利有利，議會派希望結束它。和談在羅克魯瓦戰役的同年開始。談判拖得很久，腓特烈·亨利趁着這段時間又搶佔了一些地方，特別是在些爾德河的南部。最後腓特烈·亨利在1647年死去，但由於他的努力，荷蘭最終實現了與西班牙締結一份給予其長久爲之奮鬥的權利的條約。一年以後的1648年1月30日和10月24日，明斯特和約和威斯特伐利亞和約的簽訂宣告八十年戰爭的結束。
影響
八十年戰爭與尼德蘭資產階級革命伴行，它既是一場資產階級革命，也是一個民族解放鬥爭。其結果創立了荷蘭資產階級共和國。用馬克思的話來說，建立了“原型”的資本主義國家。
荷蘭共和國的建立，爲資本主義經濟發展創造了條件。17世紀的荷蘭，工商業和航運業突飛猛進，其特點是商業勝過工業，國際貿易勝過國內貿易。國家政策維護商業資產階級利益，商業稅和航海稅很低。阿姆斯特丹是國內外貿易和工業生產的中心。荷蘭造船業最爲發達，佔當時世界首位。商船噸位佔歐洲的3/4.荷蘭商船遍佈世界，被稱爲“海上馬車伕”。波羅的海貿易，東方的香料貿易，大多控制在荷蘭商人手裏。經濟勢力的增強，使荷蘭有能力建立強大的商船隊和艦隊，征服世界的許多地區，打敗西班牙，成爲當時的海上貿易霸主。
