大禹治水的同時，還要打仗。禹時代，共進行了兩場具有決定意義的戰爭：即與共工(一部落名)和三苗的戰爭。
共工氏在大禹之前治水失敗了，他懷着嫉妒的心腸，不願看到大禹治水成功，便千方百計將洪水引向大禹所在的治水工地—空桑山(今山東曲阜)。空桑山被淹沒後，治水工程只好暫時停了下來。
當時，塗山氏擁有強大的軍事力量，在中原各方國中勢力最強。皋陶爲塗山氏首領，禹任命皋陶爲刑官，兩族結成牢固的政治聯盟，對大禹治水給予強有力支持。據《尚書舜典》記載：帝舜之時，禹爲司空，皋陶作士，伯益爲虞。禹即帝位後，皋陶、伯益迭爲首輔，塗山氏成了夏后氏最倚重的力量。爲進一步獲得妻族支持，大禹便攜同女嬌，在塗山召開了緊急軍事會議，準備與共工決一死戰。據《左傳》記載：“禹會諸侯於塗山，執玉帛者萬國”;《史記》雲：“夏之興也以塗山”。正是塗山之會確立了禹的天下共主地位。去朝見禹的人手裏都拿着玉帛，儀式十分隆重。會議開始後，當時有個叫汪芒氏方國的部落首領防風氏被共工收買，有意怠慢大禹的命令。大禹當機立斷，在會上殺了防風氏，以儆效尤。這說明，那時候的禹已經從部落聯盟首領變成名副其實的國王了。這使得與會所有方國之君深感恐懼，他們只得小心翼翼地聽從大禹的指揮。共工很快被大禹打敗，但共工的臣子相柳卻不服氣，妄圖繼續頑抗。相柳爲人貪婪，時常搶奪民衆糧食，民衆形容他長了九個腦袋，食量驚人，每次都要吃掉九座山高的食物。大禹於是又領兵繼續進攻，殺掉了相柳。共工知道不是禹的對手，便逃掉了，據說最終還是被祝融殺死。
共工的另一個幫兇河伯，一看情勢不對，態度急轉直下，來了個一百八十度大轉彎，忙從河裏跳出來，獻上了“洛書”，爭取從寬處理。
塗山大會，大禹論功行賞，對有功者賞，對作惡者懲，衆人鹹服。大禹又任命皋陶爲相，封女嬌爲后妃。把啓留在塗山氏國培養，繼續尋求妻族支持。爲紀念戰勝水患，禹用當時天下九州出產的銅鑄了九個鼎，雕鑄上奇獸異禽來代表九州，九鼎因此成爲日後國家政權象徵。大禹起自民間，具有濃烈的民本思想。他以富民爲本，時時出訪巡察，瞭解民情，查訪賢能之士。把鍾、鼓、磬、鐸分別掛於廳前，發出告示：教我以道者擊鼓，諭我以義者擊鐘，告我以事者振鐸，對我述說困難者擊磬，有告狀者搖鐸。詔命初下，天下賢士聞風而至。
不久，大禹即指揮了對三苗的最後戰爭。這是一次規模較大的武力征伐，通過這些征伐活動，夏禹的王權得到了加強。
蚩尤爲九黎部落的酋長，分爲九派，亦稱“九黎”，即後來的“三苗”，最早生活在黃河流域，與黃帝爭鋒失敗被殺。顓頊和帝嚳時代，“九黎”趁共工與顓頊、帝嚳爭奪帝位時迅速發展起來。顓頊曾多次打敗三苗;到堯、舜時代，三苗再次興起，又被打敗。
到禹繼承華夏部落聯盟首領後，三苗再度挑起事端。爲進一步擴大原始居民的生存空間，統一長江中下游地區，成爲迫在眉睫的國家戰略。因此，禹決定對三苗進行一次大規模戰爭。禹出兵前，在祖廟舉行了一次隆重的祭祀上天和祖先的宗教儀式。
禹手執玄圭說：“三苗爲亂，上天要懲罰他們。因爲他們不聽教化，多次叛亂，誅殺無辜。現在，他們那裏妖魔四起，天生怪異，夜裏出了太陽，又下了三天血雨，炎熱的夏天竟然也結了冰。種在地裏的五穀也發生了變異，祖廟中出現了青龍，狗也在市中嚎哭，人民驚恐，怨聲載道。我受上天、祖先之命前去討伐他們，希望大家同心協力，英勇奮戰，殲滅那些有罪之人。”這就是歷史上有名的《尚書禹貢》篇。
三苗見禹率軍前來征討，慌忙率衆抵抗。但禹所率軍隊訓練有素，士氣高昂，強悍無比，三苗之衆節節敗退，潰不成軍。開戰不久，其首領就被東夷部落的弓箭手射死。首領陣亡，苗軍大亂，紛紛四散逃命。三苗故土難守，大部分逃往西南地區，逐步被當地土著氏族部落融合。相傳今天聚居在湖南、廣西、廣東及雲南、四川、貴州等地的苗族，就是三苗後裔。
禹征服三苗，統一了長江流域，此後一段時期，華夏大地出現了少有的社會安定的太平盛世。
