個人榮譽
印巴分治後，出任巴基斯坦自治領首任總督。1947年8月11日巴基斯坦制憲議會選舉真納爲主席，並授予他卡“伊德伊阿扎姆”(偉大領袖)的稱號。巴基斯坦立國後，真納提出“團結、信仰和紀律”的口號，並領導建立了國家銀行和最高法院。
個人影響
真納和印度領袖討論未來印度憲法的問題：巴基斯坦的大多數穆斯林希望有一個分離的選舉，而大多數印度教人則希望共同選舉。真納本人反對單獨的選舉，最後他提出了一個折衷方案並希望以此滿足雙方的要求，這就是著名的“真納先生十四點”。
十四點
1、未來的憲法應該是一個聯邦憲法，各省應該有一定的權利。
2、所有的省應該有相同的自主權。
3、國家所有的被選舉的機構應該設立適當的、有效地體現各省的少數人羣的選舉方法。這個選舉方法不應該使得多數人羣變爲少數或者變爲同樣多。
4、在中央立法機構中至少1/3的席位是穆斯林。
5、地方選舉依然象今天一樣進行分離選舉，但這不排除將來任何時候放棄分離選舉，進行統一選舉的可能性。
6、任何行政區劃的改變不應該影響到旁遮普、孟加拉和西北邊省的穆斯林多數。
7、任何人羣獲得完全的宗教自由。
8、假如在任何立法過程中任何一個人羣的3/4反對一個立法的話這個法律無法通過，來防止對這個人羣的利益的損害。假如有其它類似的、更可行的手段來保證這個目的的話則使用該更好的手段。
9、信德省不受孟買管理。
10、在西北邊省和俾路支進行與其它省份同樣的改革。
11、在國家機構和其它地方自主機構中穆斯林應該與其他印度人一樣獲得同等的待遇。這一條應該在憲法中註明。
12、憲法應該規定國家和地方機關對穆斯林文化、對穆斯林教育、語言、宗教、個人權利和福利機構的幫助的保證。
13、任何政府，不論是中央的還是省的，要保證有1/3的穆斯林部長參加。
14、只有在印度聯邦的邦同意的情況下中央立法機關可以改變憲法。
當時的報紙稱這14點是穆斯林不可削減的最小要求了。但是國民大會黨推翻了真納的這14點，真納被完全孤立，即使穆斯林也認爲他出賣了他們。
真納後代
真納的後代都不是巴基斯坦公民或住在巴基斯坦。他唯一的女兒在巴基斯坦建立後留在印度，後來移居紐約，他的外孫是一個在印度出生的英國公民，他本來信基督教，後來改爲瑣羅亞斯德教，是一位著名的孟買工業家。
世俗主義
真納本人持一個世俗主義的看法，他認爲世俗的國家政治應該與個人信仰分開。在他在巴基斯坦立法會議的第一次演講中他展望巴基斯坦成爲一個世俗的共和國，而不是一個伊斯蘭神權國家。當有人問他他屬於什葉派還是屬於遜尼派時他回答說。假如先知穆罕默德是什葉派的，那麼他就是什葉派的，假如先知穆罕默德是遜尼派的，那麼他就是遜尼派的，假如穆罕默德兩派都不是，那麼他也兩派都不是。
分裂後真納試圖保護印度教徒。他任命了一個印度教徒爲巴基斯坦的第一位司法部長，巴基斯坦的第一部國歌也是一位印度教詩人寫的。
在今天的印度也有真納的崇拜者。比如印度前總理和民族主義領導人阿塔爾·比哈里·瓦傑帕伊稱真納是一個尊敬的國家領導人和高貴的穆斯林領導人，他不爲分裂時期的動亂和後來巴基斯坦內伊斯蘭原教旨主義的崛起而負責。許多歷史學家和記者承認真納與他居住很久的孟買之間的感情、他對印度教徒的保護和他試圖維持自由民主的做法。
新研究
尤其是在當時所有文件解除保密後的新的研究認爲真納並不是分裂的真正原因，真正原因是因爲甘地和尼赫魯不肯給予少數人羣地區自主權。這些研究認爲真納至終爲一個統一的、世俗的和爲少數人羣提供了一個“鐵甲艦式的保護”的印度而奮鬥。
