希臘和土耳其之間的糾葛由來已久。11世紀時，塞爾柱突厥人進攻希臘所屬的拜占庭帝國，希臘人和突厥人開始交惡。14-15世紀，奧斯曼土耳其帝國與拜占庭帝國的衝突達到高潮。1453年，拜占庭帝國首都伊斯坦布爾被奧斯曼土耳其攻佔，拜占庭帝國滅亡。希臘大部分領土被突厥人統治。
希臘人具有悠久的古代文明，而突厥人是落後的遊牧民族。因此，突厥人統治時期被希臘人視作黑暗時代。希臘人的反抗也從未停止。在奧斯曼帝國與威尼斯人、俄羅斯人作戰時，希臘人總是暗中支持突厥人的對手。
1821年，希臘獨立戰爭爆發。希臘人的獨立訴求得到英國、法國、俄國的支持。1827年，希臘人在在納瓦里諾(Navarino)海戰中取得決定性勝利。1830年，土耳其接受英法俄簽署的《倫敦議定書》，承認希臘獨立。
(1830年，首任奧斯曼駐希臘大使赴任)
彼時，衆多希臘語地區如塞浦路斯等仍被奧斯曼土耳其統治。而希臘人的理想是恢復拜占庭帝國的疆域。因此，在後來的克里米亞戰爭、俄土戰爭、歷次巴爾幹戰爭及第一次世界大戰中，希臘都站在奧斯曼帝國的對立面。
第一次世界大戰時，希臘參戰目標是獲得伊斯坦布爾、伊茲密爾等地。英法則承諾將希臘族爲主體的塞浦路斯歸還希臘。1918年奧斯曼帝國崩潰，希臘軍隊佔領了伊茲密爾等地，但是很快被土耳其共和國軍隊驅逐出去。
1930年，希臘和土耳其簽署協議，希臘放棄對土耳其的領土訴求。1934年，希臘和土耳其與南斯拉夫、羅馬尼亞等簽署《巴爾幹協定》，承諾相互提供援助，並以和平方式解決爭端。1941年，希臘遭遇災荒，土耳其是第一個提供援助的國家。
二戰結束後，希臘和土耳其均成爲美國盟國。1952年，兩國同時加入北約。1954年，希臘、土耳其和南斯拉夫簽署新的《巴爾幹協議》，相互支持共同防禦蘇聯。但是好景不長，從20世紀50年代起，希土關係就因爲塞浦路斯問題顯著惡化。
當時，塞浦路斯的希臘人強烈要求和希臘合併，這引發塞浦路斯土耳其族的不滿。兩國針對對方族裔的攻擊開始出現，雙邊關係惡化。最終，希臘停止了和土耳其的所有合作，《巴爾幹協定》也名存實亡。1960年，英國允許塞浦路斯獨立，希臘和土耳其均在島上駐軍，保護各自族裔居民。同年，塞浦路斯共和國成立，希土兩族組成聯合政府。但是1963年，兩族發生武裝衝突，聯合政府崩潰。1974年，土族的北塞浦路斯宣佈獨立建國，由此造成塞浦路斯的南北分立局面。時至今日，塞浦路斯問題一直是希臘和土耳其關係的“痛點”。
