1941年4月13日，希特勒發出元首第27號指令，說明他即將在希臘的佔領政策，他最後決定在巴爾幹的佔領範圍的元首第31號指令在6月9日發出，希臘本土被德國、意大利及保加利亞瓜分，德軍佔領了很多在戰略上很重要的地區，主要是雅典、塞索洛尼基及中馬其頓及一些在愛琴海的島嶼包括大部分克裏特島，他們亦佔領弗洛里納，意大利及保加利亞均要求這裹，同一天措拉格魯請求投降，保加利亞軍入侵色雷斯，目的是控制在西色雷斯及東馬其頓的愛琴海出口，保加利亞人佔領了斯垂蒙河經薩莫色雷斯島至斯維林格勒西面的薩摩斯河的分界線，剩下的由意大利佔領，意大利軍在4月28日開始佔領在愛奧尼亞海及愛琴海的島嶼，6月2日他們佔領伯羅奔尼薩、6月8日他們佔領提薩里及在6月12日佔領阿提卡。
希臘在被佔領其間，人民面對極權統治，很多人因困苦及飢餓而死亡，佔領者也因此面對困難及付出高昂代價，這導致希臘民主軍的建立，他們對佔領者發動游擊戰及建立情報網絡。
1941年4月25日，喬治二世及其政府離開希臘本土到達克裏特島，該島在5月20日受到進攻。德國人出動傘兵進行大規模空降入侵及進攻在島上馬萊邁、瑞思諾及伊拉克利翁的3個主要機場，經過7天激烈戰鬥及頑強抵抗，盟軍指揮官認爲戰事已沒有希望及命令從斯法克亞撤退。1941年6月1日，盟軍從克里特島的撤退完成及全島被德軍佔領，在德軍第7傘兵師付出慘重的傷亡後，希特勒禁止以後進行任何空降作戰。克特·司徒登將軍稱克里特島是德軍傘兵的墳墓或這場戰役是悲慘的勝利，在5月24日晚上，喬治二世及其政府從克里特島撤退到埃及。
