戰役過程
1941年4月30日，新西蘭的伯納德·弗賴伯格將軍被任命爲駐克里特島盟軍司令。
到5月時，希臘駐島守軍大約共9,000人:希臘陸軍第5步兵師的3個團，師團大部份部份已在德軍入侵希臘時轉到本土作戰;克里特島憲兵隊(擁有一個團級兵力);伊拉克利翁防衛旅，一個防衛旅級部隊—大部份負責運輸及物資供應的部隊;及第12和第20希臘步兵師的殘餘，他們撤退到島上及接受英國軍官指揮，亦有一些是軍校的軍校學生及本來在伯羅奔尼撒的希臘訓練中心招募當兵，後來被轉到克里特島以替換調往本土作戰的已受訓士兵，他們已經被重新編組入數個招募訓練旅，及基於此重新組建希臘軍隊，再加入從本土到達作戰經驗豐富的士兵。
大英帝國協助派遣軍包括原本14,000名英國守軍及另外25,000名從本土撤退到此的大英帝國協助派遣軍隊，這些撤退士兵分別從在數次撤退行動中混合而成——大體上他們是未受傷害的部隊，被指揮官混合一些其他部隊沒有指揮官的殘餘，但他們大部份欠缺重型裝備，主要組成部隊分別有新西蘭第2師，缺第6旅及師團直轄部隊;澳大利亞第6師第19步兵旅;英軍第14步兵旅，總共大約有15,000名裝備齊全的大英帝國協助派遣士兵，另外有5,000名士兵沒有裝備及一個混合(澳大利亞)炮兵連，5月4日，弗賴伯格拍發電報給中東英軍總司令阿奇博爾德·珀西瓦爾·韋維爾，要求將10,000名沒有或欠缺裝備的士兵撤走，以免爲本地平民帶來麻煩，但只有少數能在戰役開始前離開。
1941年4月25日，希特勒簽署元首第28號命令，命令入侵克里特島，由於駐守在亞歷山大港的皇家海軍控制了克里特島一帶的水域，因此任何登陸作戰的決定將會是從空中優先考慮多於從海上，以減低戰役的風險，加上德國空軍的強大，因此決定實施空降入侵。
這是實際上首次大規模空降入侵作戰，雖然在之前的入侵法國、低地國家、挪威及希臘本土時已小規模使用傘兵空降及滑翔機機降，在後者的戰例中，德軍傘兵佔領了科林斯運河上的大橋，它已被準備被皇家工程兵炸燬，德軍工兵在橋附近使用滑翔機機降，而傘兵則進攻一週長內的防守，大橋在戰鬥中被破壞，因此減緩了德軍的前進速度及令盟軍有足夠時間將18,000名士兵撤退到克里特島及將另外23,000名士兵撤退到埃及，儘管失去了大量重型裝備。
計劃是使用傘兵佔領島上重要地點，包括機場以運入供應及增援部隊，德國第11傘兵軍負責指揮德軍第7空降師(將主要由傘兵空降及使用滑翔機機降)及德軍第22空降師(在第7空降師佔領機場後機降)實施進攻，進攻日期定於5月16日，但後來被推遲到5月20日及由第5山地師代替第22師。
當時，盟軍指揮官們已經從Ultra截聽中知道即將來臨的入侵，弗賴伯格將軍被通知德軍的戰役計劃，及開始在機場附近及沿北部海岸建立防禦工事，但是，他也受到缺乏現代化裝備之苦及必須面對現實，敵軍即使配備輕武器的傘兵，如果集合起來亦能擁有強大火力，加上，雖然Ultra截聽向弗賴伯格將軍提供有關德軍的詳細情報，但破解密碼的人只是翻譯員，不是技術專業人員，不知來龍去脈的人因此誤解了情報內容，例如，德軍的信息描述了海上運輸的行動，這嚴重影響了弗賴伯格的軍事部署，因爲他估計德軍將從海上登陸，這與德軍準備在馬萊邁機場空降的原本目標大相逕庭，而且，他亦受其上司的束縛，他曾要求破壞在島上的機場，如果被德軍攻佔，亦不能被敵軍用來空運增援部隊，但這個要求被其上司否決，因爲他們考慮當戰役勝利後可利用這些機場攻擊德軍。
德國軍事情報局局長海軍元帥威廉·卡斯里納原本報告克里特島上只有5,000名英軍及沒有任何一個希臘士兵，不清楚卡斯里納被錯誤通知或嘗試破壞希特勒的計劃(卡斯里納後來被懷疑參與策劃1944年7月20日密謀案而被處以死刑)，軍事情報局亦估計克里特島居民會視德國人爲解放者而歡迎德軍，基於他們強烈歡迎共和制及不接受君主專制政體，及希望享有一些“…有利的及已在本土訂定的條款…”，而擁護共和政體的已故希臘首相埃萊夫塞里奧斯·韋尼澤洛斯也是克里特島人及島上很多人均支持他的想法，德國人低估了他們的愛國主義，事實上，希臘國王喬治二世及其隨從是在希臘及大英國協的士兵幫助下經克里特島逃離希臘，克里特島平民，他們如果在之前成爲戰俘的，如今被德軍釋放。
德國第12軍團的情報比較不樂觀，但亦相信英國軍隊比之前已經削弱，及低估了從希臘本土撤退到來的希臘士兵數量，戰區指揮官亞歷山大·羅爾上將則認爲2個師團的兵力已足夠攻佔全島，但仍決定增調在雅典的第6山地師作爲預備隊，但後來事實證明這是明智的預防措施。
島上有三個機場。伊臘克林機場，能起降各型飛機;馬拉馬機場，只能起降戰鬥機;雷西姆農機場，還未能完工。但這些機場，卻對德軍空降登陸作戰起了重要作用。
德國空降兵創始人——第11航空軍軍長庫特·斯圖登特中將向第4航空隊司令亞歷山大·勒爾建議，在克里特島實施一次真正大規模空降作戰行動，以證明空降部隊的戰略價值。在戈林首肯後，施圖登特和空軍參謀長漢斯·耶順內克4月21日向希特勒當面彙報。
聽取施圖登特報告時，凱特爾提出先由空降部隊攻佔馬耳他島。希特勒認爲，“儘管馬耳他這個英國基地比克里特島更重要、更危險，但是應該看到，控制了克里特島，就會威脅英國在地中海區域和中東的陣腳，保護羅馬尼亞的普洛耶什蒂石油基地免受英國襲擊，還可以把該島作爲進入中東各國的前進基地。所以，我們目前更需要以克里特島的輝煌勝利來結束巴爾幹戰爭”。雖然希特勒同意克里特島空降作戰，但擔心會影響即將開始的“巴巴羅薩”行動，要求“陸軍總司令部和空軍總司令部應將必需的載重汽車提供給國防軍運輸勤務主任支配。不可因進行這種運輸而延誤了‘巴巴羅薩’行動的準備工作。”4月25日，希特勒下達了代號爲“水星”的第289號作戰指令，規定以空降部隊爲主佔領克里特島。其中原因有三：一、克里特島與在歐洲大陸和附近島嶼上的德空軍基地相距很近，德空軍具有絕對優勢，而英軍在埃及、馬耳他和馬特魯的空軍基地距該島甚遠，一時又無法調撥和部署大量空軍兵力;二，德軍儘快結束巴爾幹戰事，以便騰出手實施追在眉睫而又已經被推遲的“巴巴羅薩”計劃;三，除潛艇外，德海軍在地中海沒有任何兵力，在塔蘭託和馬塔潘角遭英國海軍兩次打擊的意大利海軍，無力爲海上登陸部隊護航。
亞歷山大·勒爾同施圖登特在作戰計劃上發生分歧。勒爾堅持首先全力以赴，以絕對優勢兵力奪取克里特島西部，爾後以此爲基地奪佔整個島嶼。施圖登特則主張在島上約7個地點同時空降，以期在對方猝不及防的情況下佔領島上所有要地，進而奪取整個島嶼。最後，基於空降兵力不足、空軍有限等因素的考慮，戈林進行折衷——進攻部隊首先奪佔4個最關鍵地點，保證佔領全島。整個戰役大致分爲四階段，即奪取制空權，佔領登陸場，集結兵力，殲滅島上防守部隊。爲保證得到空軍的全面支援，最初的空降突擊分兩個波次實施。首先，第一波突擊西部的馬利姆和蘇達港地域;然後，待運載第一波部隊的飛機飛返後，第二波突擊雷西姆農和伊臘克林地域。這兩個波次將得到傘兵部隊的加強和機降部隊的支援，繼而得到海上登陸部隊的支援，直到佔領全島。德軍投入的兵力計有第4航空隊所屬第8、第11航空軍(轟炸機433架、殲擊機233架、運輸機500架、偵察機50架、運輸滑翔機72架以及隸屬於第11航空軍的第7空降師)、1個獨立空降團，第5山地師以及登陸部隊約7000人和各種艦船約70艘。其作戰部署：第7空降師(轄傘兵第1、第2、第3團)和空降兵獨立團組成空降突擊集羣;第5山地師爲預備隊，準備實施機降或登陸增援，第8航空軍負責空中掩護和火力支援;海軍東南艦隊負責海上支援。空中突擊機羣分爲3個集羣，分別在4個地點空降：西部集羣由空降獨立團組成，空降突擊馬利姆地域;中央集羣由第7空降師第2團(欠第2營)、第3團組成，突擊蘇達港和雷西姆農地域;東部集羣由第7空降師的第1團以及第2團主力組成，負責奪佔伊臘克林機場地域。按計劃，德軍將得到在克里特島東南岸登陸的意軍支援。
英軍於1940年10月28日，曾向克里特島派駐了6000人的部隊。加上後來從希臘陸續撤退的希軍、英軍，共計1個師、1個旅、2個團、11個營又5個連，總數約4.4萬人，其中希臘軍約1.4萬，英聯邦軍隊約3萬。新西蘭師師長弗賴伯格少將被任命爲克里特島守軍司令，統一指揮島上部隊。
5月6日，英國情報機關掌握德軍的空降作戰細節和可能的攻擊日期，立即通報守軍。弗賴伯格認爲，德軍主力從海上登陸，空降突擊只不過是奪取機場和港口。因此，蘇達灣和馬拉馬機場作爲重點防禦，以其爲核心構成支撐點式防禦體系，將全島劃分爲四個獨立防區：馬拉馬防區、蘇達灣防區、雷西姆農防區和伊臘克林防區。馬拉馬防區和蘇達灣防區分別佈置新西蘭軍1個旅和英軍1個營爲預備隊。僅有的6輛坦克，分別配屬在3個機場。3個輕型高射炮連和2個重型高射炮連擔負對空防禦。英軍對支撐點進行僞裝，設置了假陣地和假目標，並最大限度利用複雜地形部署火力。補給是英軍防禦準備中的最大困難，港口每天卸載的物資從最初的700噸，一直下降到僅100噸。弗賴伯格根據德軍入侵荷蘭在公路、海灘等開闊地帶進行機降的戰例，認爲德軍對機場的依賴性不強，而英軍還將使用機場，所以沒有破壞機場。
1941年5月16日，英軍擊落一架德軍偵察機。被俘飛行員供稱，攻擊在未來四十八小時裏開始。1941年5月17日，英軍全面進入最高戒備狀態。1941年5月18、19日，德軍空襲頻繁、猛烈。英軍偵察機也發現德軍在希臘南部機場集結了大量空降部隊和飛機，由於英軍在該地區航空兵太過薄弱，幾次轟炸，效果並不顯著。
5月20日凌晨2時，德軍空降引導小組在克里特島着陸，接應後續部隊空降。凌晨4時30分，德軍第一攻擊波起飛。凌晨5時，德第8航空軍向馬拉馬、伊臘克林機場和幹尼亞市區進行了猛烈的航空火力準備。
7時許，邁恩德爾上校指揮的由滑翔突擊團(轄四個營)組成的西部戰鬥羣飛臨馬拉馬機場。第1營着陸後，主力從西面向機場發起攻擊，另一部分攻擊連接該島東西海岸唯一的塔威拉尼蒂斯河大橋。7時30分，德軍奪下大橋。第3營恰巧着陸在新西蘭軍第22、23營的預設陣地，全營所有軍官和2/3的士兵陣亡，完全喪失戰鬥力。第2、4營在機場附近傘降，着陸後無法集合成建制單位，情況被動。西部戰鬥羣的指揮官邁恩德爾上校在着陸時身負重傷。由於第3營喪失戰鬥力，只得改變計劃，先攻擊機場附近的制高點107高地，然後奪取機場。德軍傘兵損失很大，卻毫無進展。
第一批空降部隊還有在幹尼亞附近的加拉圖斯地區着陸的中部戰鬥羣的傘兵第3團，由第7空降師師長薩斯曼少將親自率領。起飛20分鐘後，薩斯曼和師部乘坐的滑翔機失事，薩斯曼和師部成員全部喪生。傘兵第3團着陸散佈過大，而且降落中遭到密集火力射擊，損失頗大。其中，第3營降落在新西蘭軍第4旅的防區，幾乎被全殲。第1、2營在英軍打擊下被迫就地構築工事，轉入防禦。德軍因通信中斷，施圖登特不知第一攻擊波嚴重受挫，仍按原計劃組織第二攻擊波，向雷西姆農和伊臘克林實施空降攻擊。運送第一攻擊
波的運輸機陸續返回出發機場，由於降落秩序大亂，幾架墜毀的飛機堵塞了跑道，更影響了後續飛機的着陸，在降落中損失的飛機甚至大大多於戰鬥損失。中午，斯圖登特才知道馬拉馬機場還在英軍手中，不久又收到幹尼亞地區空降部隊的報告，中部戰鬥羣因傷亡慘重而停止進攻。斯圖登特馬上組織第二攻擊波增援。德軍第二攻擊波組織混亂，直到16時，大部分飛機還在機場。零零落落地到達克裏特島上空後，空投斷斷續續達3個多小時。由於起飛時間延誤而沒有得到戰鬥機的空中掩護，損失更爲慘重。中部戰鬥羣空降雷西姆農，原計劃傘兵第2團的第1、第3營分別在機場的東西兩側着陸，對機場向心攻擊。因傘兵着陸散佈過大，第1營只有1個連在預定降落地點着陸，團長斯利姆上校和團部及直屬的兩個連降落在澳大利亞軍陣地，死傷過半。直至黃昏，該團也沒有奪取機場。
東部戰鬥羣由布勞爾上校指揮，傘兵第1團和第2團第2營組成，共4個營，奪取伊臘克林市區和機場，布勞爾計劃各使用1個營攻擊市區和機場，另2個營分別在東西兩翼進行側翼掩護。但起飛時間延誤，而且還有600人因飛機損失而滯留出發機場。空降持續兩個多小時，着陸分散，建制混亂。布勞爾着陸後，看情況不好，於是集中攻擊機場，但直至天黑，毫無進展。
在雅典的斯圖登特意識到戰局不利，三個機場無一得手，已着陸部隊缺乏統一指揮，傷亡慘重，極有可能全軍覆沒。當時，德軍一直在攻擊馬拉馬機場及其南部制高點107高地。防守機場的新西蘭軍第22營，轄4個步兵連，兵力平均配置在機場和107高地。營部設在107高地。激戰中，機場與高地兩處守軍失去聯繫。下午，高地守軍撤向山頂，在得不到增援的情況下，指揮官喪失繼續堅守的信心，在得到批准後撤離。
此時，德軍西部戰鬥羣也非常困難，不得已停止進攻。午夜，不足600人的德軍竭盡全力最後一擊，從西、南兩翼偷襲，沒料到摸上高地，英軍已撤離。天亮後，德軍居高臨下一舉攻佔馬拉馬機場。107高地的得失直接影響馬拉馬機場的得失，馬拉馬機場的得失又決定了克里特島之戰的勝負。
21日清晨，施圖登特將滯留機場的600名傘兵空降馬拉馬機場。16時，第5山地師乘飛機陸續到達，至日落時分，第5山地師已有一個團機降着陸，德軍實力明顯增強，戰局開始向有利於德軍的方向轉變。英軍通信系統在德軍猛烈空襲下遭到嚴重破壞，弗賴伯格沒及時獲悉馬拉馬機場失守，錯失奪回機場良機。當他得知馬拉馬的情況後，命令連夜實施反擊。可惜命令沒及時傳達，22日天亮英軍才發起反擊。在機場附近公路上遭到德軍航空兵猛烈攻擊，反擊未能奏效。
在雷西姆農和伊臘克林，德軍依然沒有轉機，甚至連在雷西姆農指揮作戰的傘兵第2團團長斯利姆上校戰鬥中被俘。23日天亮後，德空軍迫使英海軍撤回亞歷山大港。德軍隨即從海上向克里特島運送重裝備和部隊，島上的戰局進一步有利於德軍。24日，德軍完全佔領馬拉馬地區，並開始向幹尼亞發起進攻。第5山地師師長林格爾少將抵達島上，接過了西部戰鬥羣的指揮權。當天，西部戰鬥羣與中部戰鬥羣會師。25日，林格爾指揮第5山地師的一個團和滑翔突擊團、第3傘兵團的餘部全力進攻幹尼亞。
26日，德軍突破幹尼亞防線。27日，德軍攻佔幹尼亞市區。28日，德軍佔領蘇達灣。同時，意軍一個加強團在克里特島東岸登陸。29日，德軍佔領雷西姆農，並與伊臘克林附近的空降部隊會合。1941年6月2日，德軍完全佔領克里特島。
德國人在克里特島使用了一些新武器：40式75毫米輕型迫擊炮(實際上是無後座力炮)，重320磅(145kg)，它的重量只是德國正式的75毫米戰防炮的十分之一，亦只有同系列火炮的三分之二，它可向3英里(5公里)外的目標發射13磅(6kg)炮彈，加上傘兵使用的MP40衝鋒槍及裝有手動槍機的Kar98k步槍。
德國人利用降落傘的顏色來分配不同需配備的步槍、彈藥、集體使用的武器及其它物資，投放重型裝備如40式無後座力炮時則使用降落傘揹帶。
士兵會穿着特別軍服，以給予低飛的軍機提供空中支援及空投物資。
與其它國家的空降部隊的個人武器是用帶捆綁在傘兵身上不同，而德軍的空降程序是傘兵個人武器是用空降罐投放的;這是主要的分別，當武器從飛機被投下來以阻止傘兵被狙擊手射擊前，傘兵在降落後很短時間內只有靠身上的武器如刀或避開射擊，這樣設計亦出現其他問題：標準的德軍降落傘只有一個單獨的扣板連繫傘兵及降落傘，因此傘兵不能攜帶多一些武器及可能在降落時對傘兵做成危害，而只有百分之二十五的傘兵配備衝鋒槍也是很大缺點，很多輕機槍都是放在投放筒內。
希臘軍隊士兵配備了6.5毫米曼利夏-舍瑙厄爾M1903步槍或奧地利製造的8毫米李恩菲爾德M1895狙擊步槍，後者是第一次世界大戰時代的產物，大約1,000名希臘士兵使用年代久遠的FusilGrasmleM1874狙擊步槍，守軍已將他們最好的武器投入了之前的本土防衛戰中，他們有12支將廢棄的聖艾蒂安M1907輕機槍及40支其它各或輕機槍，很多希臘士兵以配備了少於30發的子彈及不能從英軍方面獲得補給，因爲英軍的子彈口徑跟他們不一樣，這嚴重影響了他們在戰役中的位置;他們將彈藥不足的軍火庫設在島的東部，因爲他們估計德軍不會進攻這裏，裝備不足的希臘人只能靠精神感召;歷史學家克里茆託弗·巴克利描述他們的戰鬥是充滿勇氣及不屈不撓的。
英國士兵使用其標準李-恩菲爾德步槍、布倫輕機槍及維克斯式中型機槍，盟軍在克里特島沒有足夠的通用運輸車或貨車，各快速反應部隊提供額外的機動力及火力在空降前對付傘兵的進攻。
盟軍共有85門各式各樣的火炮，大部份從意大利軍處虜獲的，而且沒有瞄準器。
高射炮防禦包括一門裝配有自動發射的20毫米輕型高射炮，部署在兩個機場之間，炮管已被小心封存，用橄欖樹林掩護，士兵被命令在德國空軍戰鬥機及俯衝轟炸機出現時不能發射以免暴露位置。
盟軍的裝甲力量包括9輛屬於第7皇家坦克團B裝甲營的馬蒂爾達IIA型步兵坦克及16輛屬於第4女皇私人輕騎兵隊C裝甲營的馬克6型輕型坦克，一般來說當時大部份英軍坦克裝配了2磅炮(40毫米)，只可發射穿甲彈，對攻擊步兵效用不大(在這樣小口徑火炮中使用高爆炸彈實用性不大)。
