馬尼拉大屠殺，也稱馬尼拉大慘案。1941年12月，美軍撤出馬尼拉後，宣佈馬尼拉爲不設防城市，日軍兵不血刃的侵佔了馬尼拉。1945年1月，美軍從萊特灣出航，在林加延登陸呂宋島，同時，美軍第11空降師登陸納蘇格布，直指馬尼拉。攻入城內的美軍和日軍展開了激烈的巷戰。日軍撤退過程中，對馬尼拉進行了瘋狂的破壞的屠殺，大約有四分之三的建築被毀，125000多菲律賓人們遭到殺戮。
1941年12月8日，日本偷襲珍珠港之後，僅10個小時的時間，日軍便對處於美國控制之下的菲律賓發起了猛攻。一個月之後，日本成功佔領了馬尼拉，大約有7萬人淪爲日軍戰俘。日軍將這些戰俘押解到100多公里之外的戰俘營，全程境況慘烈，史稱“巴丹死亡行軍”。整個行軍過程中僅在出發的時候給戰俘吃了一個飯糰，此後一路上不許戰俘喝水進食，凡是企圖找水和食物者，即被日軍以刺刀或開槍處決。
一路上因飢渴而死或者遭到日軍處死的戰俘超過1萬人，其中絕大多數是菲律賓人。抵達戰俘營之後的兩個月內，又有2.6萬名戰俘被日軍虐待致死。
1945年2月，捲土重來的麥克阿瑟率美軍直逼馬尼拉城下。日本第14方面軍司令山下奉文大將下令馬尼拉爲不設防城市，但海軍部隊拒絕服從。在美軍強攻馬尼拉期間發生了持續達一個月之久的屠殺事件，直到2月23日，美國軍隊重新奪回馬尼拉。
戰後據統計，馬尼拉圍城期間，死亡的菲律賓人總數達10萬人以上，平均每天有3000人遇害。考慮到美軍攻城期間也動用了大量重武器，10萬人中有一部分死於美日兩軍的交火。
但大部分菲律賓人肯定是死於日軍有組織的大屠殺。美軍繳獲了一份這樣的日軍命令：“殺死菲律賓人時，儘量集中在一個地方，採用節省彈藥和人力的方式進行，屍體的處理很麻煩，應把屍體塞進預定燒掉或炸燬的房屋裏，或扔進河裏。”
戰後遠東軍事法庭裁定，日軍曾在聖保羅大學一次殺害994名菲律賓兒童。1945年2月4日至2月10日日軍在巴石河南岸肆意姦淫屠殺，燒燬了教堂和圖書館，將避難所的3000名難民燒死，2月5日勒令城中男女分開排列街上，將男子用機關槍射殺，來不及殺害的無辜百姓則用手榴彈爆炸，屍橫遍地。
此役日軍戰死者約12,000人、美軍戰死者約1,020人，戰傷5,565人。平民百姓死傷約10萬人至15萬人之間，約爲當時馬尼拉人口數的百分之十。
戰後成爲菲律賓總統的艾爾皮迪歐·季裏諾，妻子與五個兒女中的三個都在屠殺中遇害。日後在韓戰期間，菲律賓政府對日本提出80億美金的戰爭賠償，遭到日本拒絕後，時任總統的季裏諾立刻在一天之內將14名日本戰犯處決。
這是一支近代史上最暴虐、最野蠻、最反人類的軍隊，這是一個被宗教狂熱式的天皇崇拜武裝起來的披着文明外衣，卻活在前現代的民族。我們詛咒這支軍隊，我們也同樣警惕產生這樣一支軍隊的民族和文明土壤，因爲屠殺是他們的常態。
然而近幾年來日軍曾經公佈在馬尼拉大屠殺中曾經對戰俘有過解剖的行爲，然而這樣一則重磅消息卻並沒有在菲律賓引起任何的風波，於是很多人紛紛認爲馬尼拉大屠殺被遺忘了，那麼馬尼拉大屠殺被遺忘的原因是什麼呢?
馬尼拉大屠殺被遺忘是有特定的政治和經濟原因的，早在很多年以前菲律賓就參加到東南亞條約組織中去，並且和日本同時站到了一條戰線上，同時都屬於西方的國家陣營。
在美國的有意引導之下，日本和菲律賓之間也簽訂了賠償等條約。同時日本還將一名早期移民到菲律賓的日本人進行了讚揚，這位日本人曾經在屠殺事件中挽救了許多人，於是日本便將她包裝爲兩國友好的見證。這是人們遺忘馬尼拉大屠殺的政治方面的原因。
