菲律賓獨立戰爭是1896—1902年菲律賓人民爲推翻西班牙殖民統治和反抗美國侵略爭取民族獨立的戰爭，它是亞洲第一次資產階級民族民主革命。
8月26日，在“不戰勝毋寧死”和“菲律賓獨立萬歲”的口號聲中，人民開始舉行起義，菲律賓獨立戰爭正式爆發。期間起義軍主要使用舊式步槍、大刀、長矛、木棍和石塊作戰，且大多數人未受過正規的戰術訓練。此時，西班牙軍隊在菲只駐有1500人，其中700人駐在馬尼拉，另有菲籍輔助軍6000人，還有10艘軍艦組成的艦隊。西班牙軍隊人數雖然不多，但裝備精良，訓練有素，戰鬥力強。
菲律賓獨立戰爭可分爲兩個階段。
1896年8—12月爲第一階段。此間，菲律賓全民奮起，起義達到高潮。巴林塔瓦克、呂宋、棉蘭姥和蘇祿等地相繼爆發了武裝起義。起義中心在呂宋島。菲地主和資產階級保守派的代表艾米利奧·阿奎那多響應波尼法秀的號召，於8月31日在甲米地發動起義，打敗了西班牙軍，佔領甲米地全境。
9月，擊潰了西班牙阿吉雷指揮的軍隊。11月，起義軍在諾維萊塔和比納卡揚擊潰了總督布蘭科指揮的增援部隊。這些勝利，極大地振奮了人民的鬥志，各地起義軍加緊進攻，幾乎佔領了呂宋島全境，幷包圍了馬尼拉。
1897—1898年爲第二階段。此時，菲律賓革命遇到了暫時挫折。西班牙當局爲了加緊鎮壓菲律賓革命，於12月撤換了原總督布蘭科，任命波拉維夏爲菲律賓新總督。同時，從國內調來大批援軍，並在菲組建由當地人組成的“忠誠志願兵營”。此時，波拉維夏共有3.6萬人。他計劃以精銳部隊集中攻打起義中心甲米地，切斷甲米地與其他各省的聯繫，再各個擊破其他地區的起義。
1897年2月，西軍分兵三路向甲米地發起進攻。在敵人進攻面前，菲起義軍奮起反擊，扼制了敵猖狂進攻勢頭，斃傷敵軍1150人，但終因力量對比懸殊，被迫撤退，西軍佔領了起義軍的若干據點。4月23日，里維拉接任波拉維夏爲新的菲律賓總督。然而，正當戰爭緊張進行之時，革命隊伍內部發生了分裂。以阿奎那多爲首的地主、資產階級害怕農民革命會危及到自己的利益，爲阻止革命深入發展，於1897年5月10日殺害了波尼法秀，篡奪了革命的領導權，並取消了“卡蒂普南”，起義陣營受到嚴重削弱。5月18日，西軍佔領甲米地全省，菲律賓革命政府遷到了布拉乾的破石洞，繼續領導抗戰。起義軍名將納蒂比達在阿利亞加戰役中擊敗了西軍的進攻，在中呂宋7個省都建立了革命政權。
1897年11月2日，起義軍成立了菲律賓共和國，並宣佈了臨時憲法，阿奎那多任總統。這時，總督里維拉看到鎮壓已無希望，便向起義者誘降。阿奎那多在殖民者和買辦資產階級的威脅和利誘下，欲與敵妥協，於12月14日與殖民當局簽訂了《破石洞條約》。阿奎那多從西班牙人處得到80萬比索，同意繳械投降，自動解散政府，然後流亡香港。菲律賓獨立戰爭遇到了暫時的挫折。但是，菲律賓人民爭取民族獨立鬥爭並未停止。起義軍中不願投降的將領馬卡布洛斯等人率軍反攻，解放了菲律賓中部的廣大地區。
正當菲律賓人民同西班牙殖民者進行艱苦戰爭之際，美國發動了對西班牙的美西戰爭。這樣，美國軍隊也參加了在菲律賓對西班牙的作戰，並插手菲律賓獨立戰爭。1898年5月2日，美國海軍在馬尼拉灣殲滅西班牙艦隊。不久阿奎那多乘美國軍艦返回菲律賓。阿回國後，即號召菲律賓軍隊向西班牙殖民軍發起進攻。至5月底，菲軍攻佔了甲米地全省，全殲西軍2800人，俘獲西軍司令培尼亞將軍。6月12日(即今菲律賓國慶節)阿奎那多在甲米地發表獨立宣言，宣佈菲律賓獨立，成立了以阿爲首的中央政府。到1898年8月，除馬尼拉和南部某些地區外，菲軍幾乎解放了全部領土。這時，美軍卻阻撓菲軍收復馬尼拉，在私下裏同西班牙總督達成祕密協定，西班牙把馬尼拉“轉讓”給美國，由美海軍陸戰隊在馬尼拉登陸，並迫令菲軍撤出馬尼拉地區。儘管如此，菲軍在各地繼續向西班牙軍發動進攻。1898年9月15日，菲議會在馬拉洛斯舉行，制定了憲法。11月29日，菲律賓通過了憲法。1899年1月23日，菲律賓共和國宣告成立，阿奎那多任總統，馬比尼任內閣主席。菲律賓共和國的成立，標誌着西班牙在菲300年的殖民統治的結束。菲律賓獨立戰爭中的反西班牙戰爭，以菲人民的勝利而告終。
然而，前門驅狼，後門進虎。此時，美國又開始大舉入侵菲律賓。1899年2月4日，美軍經過充分準備後突然向馬尼拉市郊的菲軍發動進攻。2月5日，菲律賓共和國向美國宣戰，菲人民抗美戰爭(菲美戰爭)正式爆發。菲軍民英勇抵抗，用正規戰和游擊戰等多種方式打擊敵人。三年內殲滅美軍近萬人。1901年3月，在美軍的鎮壓下，菲南部各島先後被美軍佔領。1901年3月21日，在菲律賓最後的首都帕拉南失陷後，阿奎那多被俘投降，並使許多游擊區的司令鬥志瓦解而繳械。菲律賓第一共和國失敗，作爲有組織的統一領導抗美戰爭告一段落。1902年7月4日，美國駐菲總督阿瑟·麥克阿瑟宣佈：美菲戰爭結束了。但是，菲律賓人民鬥爭仍未止息。1903年至1908年菲律賓共爆發50多次大的武裝起義，出現近390個反美組織。
