聖伊格納西奧教堂坐落在菲律賓首都馬尼拉的歷史城牆中心-內特魯羅斯的邊界內。這座教堂是由老建築師費利克斯·羅卡斯設計的，於1899年完工。它的故事在許多動盪時期交織在一起。
耶穌協會及其成員耶穌會，決定在兩個不同的城市建立兩個教堂。這兩座教堂都是獻給耶穌協會的創始人、西班牙牧師羅約拉的聖伊格納丟(St.Ignatius)的。他被稱爲社會的“父親將軍”，但也被稱爲“黑人教皇”。
第一座教堂矗立在馬尼拉市大學所在的地方。第二座教堂矗立在馬尼拉羅馬天主教大主教教區的賓館旁邊，靠近帕拉西奧·阿爾佐比斯帕爾(PalacioArzobispal)，這是馬尼拉大主教目前使用的官邸。
從1587年到1879年，第一座教堂的所在地已經在這個地區建造了三座教堂，歷時292年。第一座教堂在1587年奠定了它的基礎，由建築師Gianantonio Camtili設計，他也是耶穌協會的成員。
教堂建設的資金由唐·加布裏埃爾·德·裏貝拉(DonGabriel De Ribera)捐贈，他是西班牙前上訴法院的一名法官，名爲“皇家有聲教堂”(Royal Auencias and Chancillerías)。
除了瓦屋頂外，教堂完全是用木材建造的。三年後，它開始建設，第二個教堂在現場開始，這一次使用石頭。第一座教堂花了45年才建成，而第二座教堂只用了六年就完工了;它的建造始於1590年，1596年完工。
這座石頭教堂是獻給耶穌的祖母聖安妮的。教堂建成僅僅四年後，菲律賓就遭受了毀滅性的地震，教堂遭到嚴重破壞。
1626年，第三座教堂被建在這座教堂上：兩座教堂中的一座是獻給洛約拉的聖伊格納修斯的。建築工程於1632年竣工。
隨着歲月的流逝，菲律賓耶穌會士的人口逐漸減少，到1768年，教會開始惡化。1852年9月6日，菲律賓再次發生強烈地震，嚴重破壞了教堂。只有鐘樓和部分的內殿是站着的。
有一段時間，教堂的遺址被用作軍事大院。美利堅合衆國第31步兵團的總部設在現場。
1879年，耶穌會士被授權使用上一座17世紀教堂的舊石頭建造一座新教堂。老費利克斯·羅克斯被要求建造這些設計。內部和雕像是伊莎貝拉·坦平科的作品。教堂的內部大部分是木製的。
講壇和祭壇都是奧古斯丁·賽茲和坦平哥工作室的作品。當時，薩伊茲曾任馬尼拉藝術學院院長，並在市議會。
1889年，教堂終於建成並繁榮起來，直到1945年馬尼拉戰役爆發。在戰鬥中，大約10萬平民喪生，教堂連續四天被燒燬，最後被徹底摧毀。
事情解決後，馬尼拉市獲得了教堂的所在地。自那以後，該房產被用於許多不同的用途，包括一個倉庫的位置，甚至一個籃球場。
最近，教堂進行了大規模的翻修，目前的計劃是將教堂改建爲博物館。
