人們熟悉的明代科學成果，如李時珍的《本草綱目》，宋應星的《天工開物》，受過中等教育的中國人幾乎都略知一二。但是還有兩項重要的科學成果，即是專業人士中也少有人知道的。一是朱載堉算出了十二平均律;第二是吳有性發現了新的致病原因。遺憾的是，這兩項成果到了清代，都遭到了不同程度的扼殺。
一、明朝醫學的新曙光
李時珍《本草綱目》,是傳統本草學的延伸和完善，所以不僅現在受到重視，當時就受到許多讚揚。吳有性的《瘟疫論》，由於否定了傳統的病因學說，在清代，則受到不少指責。
我國古代的醫學理論，把致病的原因歸結爲所謂“七情六淫”。七情是喜怒哀樂愛惡欲，指內部的心理因素;六淫是風寒暑溼燥火，主要是外部的氣候因素。明朝末年，瘟疫流行。吳有性在醫療實踐中發現，瘟疫的病因，並不是氣候因素，而是一種“雜氣”。雜氣致病，與氣候的寒暖沒有關係，而且致病更加嚴重，所以他把這種氣稱爲“癘氣”或“戾氣”。這種氣，“其來無時，其著無方”“各隨其氣而爲諸病”(吳有性《瘟疫論》卷下《雜氣論》)。也就是說，這種氣，有許多種。所致的疾病，也有許多種。過去認爲麻風、中風等等是風，其實不是風;過去認爲瘡癰、腫毒等，還有痘疹，都是火，其實不是火;過去認爲霍亂、瘧痢等是暑，其實不是暑。按照傳統的風寒暑溼等辦法醫治，無一能夠奏效，因爲它們得病的原因不是氣候因素，而是一種雜氣。
爲了說明是雜氣致病，而不是所謂風寒暑溼等等致病，吳有性詳細描述了雜氣致病的特徵：
1、 雜氣不在“六淫”或五運六氣之內;
2、 無論老少強弱，碰到它就得病;
3、 雜氣致病不是先侵犯皮膚，然後由表及裏，而是從口鼻進入;
4、 侵犯的部位，內不在臟腑，外不在經絡。“去表不遠，附近於胃。乃表裏之分界，是爲半表半里”;
5、 雜氣致病，有的中之則發，有的要等機會。比如“遇飢飽勞碌，憂思氣怒，正氣被傷”才發作;
6，、雜氣所致之病不同於傷寒。傷寒發熱而惡寒，此病只熱而不惡寒。和瘧相似，但瘧不傳胃;
7、 傷寒有感冒風寒的外因，雜氣所致之病爲“時疫”，無感冒風寒的外因;
8、 雜氣所致之病會傳染;
9、 雜氣所致之病還能不治自愈，醫生往往因此冒功;
10、 雜氣雖說也是天地之氣，實則是方土之氣。它從地上升起;
11、 有某種雜氣，就有某種疾病;
12、 動物病，如牛瘟、豬瘟，也是雜氣所致。有時豬病而牛不病，可知它們感染的氣也不同;
13、 傳統的汗、下、吐三法治不好雜氣所致之病。
吳有性所論雜氣所致之病的特點，即使從今天的觀點看來，也難有更多的挑剔。尤其是他指出雜氣致病往往多於六氣，雜氣致病往往待飢飽勞碌、感冒風寒才發。這種情況說明，在六氣之後，真正的致病原因，乃是雜氣。如果能夠分清雜氣的種類，找出針對性的治療方法，將是新醫學的曙光。
然而《瘟疫論》著成兩年以後，吳有性即遭亡國之痛。他本人的命運如何?不得而知。而新的王朝，有新的需要和新的學術風氣。吳有性開闢的對瘟疫的新認識和治療瘟疫的新方向，幾乎遭到了中斷。
二、明代醫學新曙光在清朝的熄滅
清代編《四庫全書》，收入了《瘟疫論》。然而編纂者基本上不知道什麼是“雜氣”。該書的提要，仍然認爲吳“以四時不正之氣發爲瘟疫”。也就是說，仍然把吳有性發現的“雜氣”說成是傳統的“五運六氣”等氣候因素。然而吳有性的“雜氣”，恰恰與氣候因素無關，並且是四時皆可發病，因而只與地域有關。
《四庫提要》沒有介紹吳有性的“雜氣”理論，只介紹了吳對發病過程及症狀的描述。然後說道：
其謂數百瘟疫之中，乃偶有一傷寒;數百傷寒之中，乃偶有一陰證。未免矯妄過直。
從今天的觀點看來，可說數百瘟疫之中，無一是傷寒。富於考證精神的乾嘉學者，幾乎無一人願意去考察吳有性的結論，所以《四庫全書》的編者也不理解吳有性的結論。接着，《四庫提要》就搬出了古人衡量是非的標準：
然古人以瘟疫爲雜證，醫書往往附見，不立專門。又或誤解《素問》“冬傷於寒，春必病溫”之文，妄施治療。
事不師古，又妄施治療。對於一個醫生，這可以說是最嚴厲的批評了。還有，吳有性的文章也寫得不好：
其書不甚詮次，似隨筆札錄而成。
《四庫提要》常常爲許多科學著作辯護，認爲對於專門家，不必論文采的優劣。然而對於吳有性，卻是另一類對待。其對吳有性的反感，可見一斑。
一方面，《四庫全書》的編者承認，《瘟疫論》的出現，使治瘟疫者“有繩墨之可守”，可謂“有功於世”。一面又尖銳批評《瘟疫論》不合古，甚至妄施治療。這種矛盾心情，反映了當時醫學界嚴重的復古尊經傾向。這種傾向，使吳有性的瘟疫理論逐漸淹沒在傳統的七情六淫之中。一百多年後，歐洲大陸因爲巴斯德發現了細菌是致病的原因，使西方醫學的面貌發生了根本改觀。
