1690年，準噶爾汗噶爾丹在烏蘭布通之戰被清軍暴揍，損失大半主力，戰敗後逃往科布多(今蒙古吉爾格朗圖)。俗話說：樹倒猢猻散。噶爾丹還沒倒，但是已露頹相，以往那些被他征服的哈薩克、青海等部都投入清軍陣營。噶爾丹的勢力遭到嚴重的削弱，暫時安靜了一段時間。
烏蘭布通之戰後，康熙爲鞏固蒙古地區的統治，防止噶爾丹捲土重來，於第二年親臨多倫諾爾(今內蒙古錫林格勒盟多倫)召集蒙古、內蒙古王公貴族會盟，喀爾喀蒙古歸附，堅定地站到了清朝一邊。
噶爾丹可以說也是位和康熙棋逢對手的雄主，在其繼位以後，對內平叛，對外東征西討，戰無不勝，哈薩克、喀爾喀等都被他搞定，鼎盛時期控制的領地約七百萬平方公里。這樣的人物，必然不會那麼容易就服輸。
1695年冬，噶爾丹率3萬人馬沿克魯倫河而下至河源處屯聚，在巴彥烏蘭(今蒙古溫都爾汗以西、達爾汗以北)到處搶奪劫掠。
康熙當然也不會放過噶爾丹這個心腹大患，1696年二月，康熙御駕親征噶爾丹。大軍兵分三路，康熙自領中路約3萬人，主要是駐守京師的八旗營和火器營，從獨石口(今河北赤城北)北出。
西路軍分別由撫遠大將軍費揚古和振武將軍孫思克統領，約4萬人，從歸化(今內蒙古呼和浩特)和寧夏(今寧夏銀川)北上，在翁金(今蒙古海爾汗杜蘭西)會合。
東路軍約萬人，由黑龍江將軍薩布素統領，兵力主要來自盛京、黑龍江、寧古塔、科爾沁。大軍翻過大興安嶺，沿克魯倫河向西進發。
三軍約定日期在土喇(今蒙古烏蘭巴托西南)會師，然後合擊噶爾丹，但是西路軍的孫思克部雖然距離看起來更近一些，但是路是最不好走的，不是高山(陰山山脈、阿爾泰山脈)就是沙漠戈壁(烏蘭布和沙漠、庫布齊沙漠、中央戈壁等)，要麼翻山越嶺，要麼穿越大沙漠，而且還得應對極端的氣候條件，其難度可想而知。
孫思克部果然在穿越大漠的時候，遇到惡劣天氣，行軍緩慢。在翁金等待多日的費揚古等孫思克趕到，立刻改變計劃，從孫軍中挑出四千精銳會同其部急行軍，並報於康熙。爲協調各部，康熙放慢中路行軍速度。
分進合擊之策雖然威力大，但是各部之間的協調配合要求極高，尤其是在信息傳遞效率很低的古代，稍有不慎可能全盤計劃都會落空，更有甚者可能會被各個擊破。就像明朝和後金之間的薩爾滸戰役，明朝使用的也是分進合擊之策，因爲協調不到位、信息不暢，雖然總體兵力佔優勢，結果卻反被努爾哈赤各個擊破，大敗而歸。
康熙率領的中路軍走了差不多3個月，於5月初到達克魯倫河，噶爾丹猝不及防，遙望清軍勢大，遂撒開丫子逃命。在清軍的追擊下，噶爾丹倉皇逃竄，被趕來的西路軍費揚古誘至昭莫多。
昭莫多在如今蒙古國首都烏蘭巴托以南約45公里的宗莫德市， “昭莫多”在蒙古語裏是大樹林的意思，資料中這麼描述的 “其北大山，千仞壁立，山下平川廣數裏，林木斷續，有河流其間，曲折環繞，其南山差低於北，漸陁而下，有小山橫焉，戰地也。”這裏的山就是平均海拔約爲2000米的肯特山， 昭莫多東邊是丘陵，西邊有河流。
肯特山脈位於蒙古國首都烏蘭巴托東側，蒙古民族的誕生地，蒙古人的祖先就生活在額爾古納河一帶，後來誕生的橫掃歐亞的成吉思汗，年少時被仇家追殺，就是得到肯特山的庇護才活下來。可以說肯特山是成吉思汗心目中的聖山，統一蒙古高原後的成吉思汗多次回肯特山祭拜。肯特山因此也被稱爲“金色聖山”。傳說成吉思汗死後，就葬在肯特山。
清軍在山頭居高臨下，噶爾丹相當勇猛，騎兵下馬，率軍猛攻。雙方激戰半日，打得難解難分不分勝負。清軍出奇兵攻噶爾丹側翼和後部輜重，配合正面主力。噶爾丹軍大亂，遂潰敗。噶爾丹只帶十數騎逃脫，但是他的妻子阿奴死在亂軍之中。
昭莫多之戰，噶爾丹大敗。噶爾丹後來又派人偷襲翁吉(今蒙古阿爾拜赫雷東南)清軍糧草基地，又被清軍打爆，徹底失去了和康熙對壘的資本。
趁其病要其命。1697年，康熙又親臨寧夏，指揮清軍征討噶爾丹。噶爾丹的侄子策妄阿拉布坦被清廷策反，一代梟雄噶爾丹無奈之下喝藥自盡，其部降清。至此，讓康熙寢食難安的準噶爾叛亂，終於被平定。
昭莫多之戰，噶爾丹之所以失敗除了兵力上的劣勢外，還有兩個更重要的原因：
一、警惕性不足，存在僥倖心理，對清軍的情報工作不到位，竟然對康熙御駕親征毫不知情，認爲清軍不會遠涉大漠來攻打他，結果被打了個措手不及。
二、戰場指揮出現失誤。敵強我弱，敵進我退，開始的時候知道打不過就逃，其實是對的。但是後來竟然中了清軍的誘敵之術，而且還捨棄騎兵，下馬步戰，仰攻高地，有點不可思議，按說噶爾丹身經百戰，不至於犯下如此錯誤，他卻偏偏就犯了。
噶爾丹的平定，使得漠北的喀爾喀蒙古重新回到清朝的控制之下，維護了祖國的統一和領土的完整。
