1516年查理五世即位後，開始管轄尼德蘭，即今日荷蘭、比利時、盧森堡和法國東北部地區。尼德蘭地理位置優越，土地肥沃，早在14世紀就已經出現資本主義萌芽，進入16世紀經濟發展迅速，商業貿易發達。但是，尼德蘭歷史淵源、文化、宗教信仰、法律和傳統習慣差異很大，經濟發展水平不盡相同。這些地區的人民對查理五世統治抱有很大的不滿情緒。在歐洲出現宗教改革運動後，馬丁·路德、卡爾文等教派學說傳入尼德蘭，從而掀起了以貴族和廣大平民爲主要力量的反對查理五世封建專制的浪潮。
1531年，施馬爾卡爾登聯盟成立，反抗查理五世獨裁統治。施馬爾卡爾登聯盟由1萬步兵和2千騎士組成，1532年同法蘭西結盟，1538年同丹麥結盟。施馬爾卡爾登聯盟雖然未向查理五世爲代表的哈布斯堡王朝公開宣戰，但全力支持馬丁·路德的宗教革命，他們沒收教會所霸佔的領地和財產，驅逐主教和天主教諸侯。1544年，查理五世與法蘭西休戰，雙方結盟，並得到了教皇保羅三世的支持，集結軍隊，開始鎮壓尼德蘭革命。施馬爾卡爾登聯盟內部糾紛給查理五世的反擊提供了良機。1547年4月24日，查理五世的軍隊在米爾貝格之戰中打敗了施馬爾卡爾登聯盟的軍隊。但是，施馬爾卡爾登聯盟並不甘心失敗，繼續擴充力量同哈布斯堡王朝軍進行作戰。
爲鞏固其在尼德蘭的統治，查理五世設立財政院和樞密院，並派遣總督協助他管理尼德蘭事務，使尼德蘭失去了過去所擁有的高度自治權。他還設立宗教法院，統一尼德蘭人民的宗教信仰，控制和迫害異教徒。1550年，查理五世頒佈敕令，藏匿和幫助異端的人與異端同罪。人們把這項敕令成爲“血腥敕令”。查理五世還加重在尼德蘭的稅收，勒索民財，西班牙每年國庫總收入的一半來自尼德蘭。查理五世竭力推行擴張政策，爲了支撐龐大的軍費，政府增加尼德蘭的徵稅，進一步加劇了社會矛盾。當時，查理五世對外擴張有恃無恐，連教皇也感到不安，在某種程度上開始同情和支持施馬爾卡爾登聯盟的鬥爭。
1552年，查理五世的軍隊被打敗，1555年查理五世通過施馬爾卡爾登聯盟締結了《奧格斯堡和約》，承認尼德蘭諸侯有權決定自己的宗教信仰，凡在1552年前被新教所沒收和佔有的土地和財產仍歸屬他們所有。但是根據查理五世的敕令，主教和僧侶改宗新教不再享有舊職和薪俸。《奧格斯堡和約》簽署後，許多尼德蘭諸侯改宗新教。尼德蘭人民的宗教革命取得了局部勝利，但哈布斯堡王朝並未放棄對異教的迫害。
查理五世在1555年對擊潰新教諸侯的最後努力失敗後，就開始淡出朝政。鑑於其領土太過廣大分散，他將國土分由弟弟斐迪南與兒子腓力繼承。其中他把自己的個人帝國——西班牙和低地國家給了兒子腓力二世。
自1566年，腓力二世面臨的主要問題是尼德蘭問題。這是一個宗教、思想意識和民族矛盾交織在一起的複雜問題，也是查理五世遺留下來的一個棘手問題。1559年，腓力二世離開荷蘭來西班牙前，把政權交給了查理五世的私生女、帕爾馬公爵瑪加麗塔，爲此還專門設立了一個以格拉維拉紅衣主教爲首的委員會輔政。瑪加麗塔總督在格拉維拉紅衣主教的縱容下利用宗教法庭繼續鎮壓新教改革，迫害新教徒。各地新教徒組織發起武裝鬥爭，與瑪加麗塔政權對抗。以奧蘭治親王奧蘭治的威廉和埃格蒙特伯爵爲代表的貴族階級支持加爾文新教派的宗教改革主張，對格拉維拉紅衣主教不信任，要求腓力二世給予他們更多的參政權。腓力二世被迫將格拉維拉紅衣主教調離，但也拒絕了尼德蘭貴族所提出的信仰自由等要求。當時尼德蘭的教義改革已經取得很大進展，腓力二世不想對新教徒所提出的新教自由要求作出任何讓步。爲了消除加爾文教派和馬丁·路德教義的影響，他下令在荷蘭建立了17個小基督教區，取代原有的三個教區，並使用武力強行維持耶穌活動。1565年4月5日，奧蘭治的威廉和埃格蒙特伯爵向瑪加麗塔總督遞交了請願書，要求廢除“血腥敕令”，取消宗教法庭，允許信教自由。瑪加麗塔總督被迫做出讓步，但腓力二世態度十分強硬，拒絕新教領袖的要求，並給這些新教徒一個“叫花子”綽號。
在這種情況下，信教徒們採取了暴力行動。1566年8月中旬，人民大衆在激烈派的領導下，發起了著名的“破壞神像”運動。其領導者是手工業者、平民和農民。運動發展迅速，到10月起義浪潮幾乎席捲大半個尼德蘭，17個省中波及到12個省，參加者達幾萬人。“乞丐萬歲”的口號響遍各地，聲勢之大，前所未有。全尼德蘭被搗毀的教堂和修道院達5,500座，這就揭開了尼德蘭革命的序幕。
