他叛離前燕後的第二年，前燕國滅，當苻堅“徙暐(慕容暐)及其王公已下並鮮卑四萬餘戶於長安”後，慕容垂“收集諸子，對之悲慟”(《晉書》)，慕容垂內心更爲強烈的衝突，看到家族落魄、處境悽慘，慕容垂悲從中來。然而令他最爲傷心的，應該還是慕容家族建立的帝國的垮塌，那裏凝聚着整個家族的心血，是他依依不捨的情結所在。於是，慕容垂開始思考復國的事情。
慕容垂一向得到苻堅的信任，又多次機會慕容垂能夠殺掉苻堅，但是慕容垂並沒有下手，又盡心侍奉，給苻堅造成一個錯覺。慕容垂是個可信之人，慕容垂靠着自己的威望悄悄發展勢力，而慕容垂的壯大又引起了苻堅的懷疑。淝水之戰，苻堅的大敗，已經突顯出前秦帝國正在走向滅亡的地步，趁此機會，慕容垂站到了與苻堅對立的方位。
並於386年取得了這場博弈的勝利。太元十一年(386年)正月，慕容垂自立爲帝，改元建興，史稱後燕。建立了後燕的慕容垂卻未能取得天下，這又是爲何?究其原因，主要有這幾點。
慕容垂這個人是個民族主義者，和符堅不同，決定了他最終成就遠遜於大秦天王，苻堅想要一統天下，對於各個民族採取兼容幷包的態度，這是跟慕容垂有很大的區別的，慕容垂崇尚民族主義，甚至都不把同是鮮卑的拓跋放在眼裏，在維持家族的榮譽和民族血液的純正上，他的態度是比較強硬的，因而他始終比苻堅缺少謀取天下的包容之心。
也是因爲第一個原因，導致慕容垂注定不能完全接納漢族幕僚幫自己治國。這就導致了雖然他是個雄才大略的將軍打的了天下，但是確沒法做好一個制度治好一個國家。後燕的勢力和威望全來自於他個人的人格魅力，一旦他死了，這個燕國就基本沒戲了，事實上也的確如此。
慕容垂成不了周公，因爲他沒辦法讓天下歸心，也就沒辦法完成他的帝業。
後燕建國後，與北魏連年征戰，參合陂一役，後燕大軍幾乎全軍覆沒，由此也元氣大傷。慕容垂再次徵魏，走到參合陂時，見到古戰場積骸如山，“慚憤歐血，因而寢疾”(《晉書》)，在退兵途中死去。一代燕王愴然死去，其後整個燕國也隨着他的逝去而逐漸淡出人們的視線。
