慕容農是後燕開國皇帝慕容垂之子，他與慕容隆一樣，是慕容垂的愛姬所生。史書上最早關於慕容農的記載是在東晉太和四年(369年)，當時東晉大司馬桓溫率軍進攻前燕，其父慕容垂力挽狂瀾，擊退晉軍。
慕容農是後燕開國皇帝慕容垂之子，他與慕容隆一樣，是慕容垂的愛姬所生。史書上最早關於慕容農的記載是在東晉太和四年(369年)，當時東晉大司馬桓溫率軍進攻前燕，其父慕容垂力挽狂瀾，擊退晉軍。由於慕容垂與慕容儁和可足渾氏關係不好，慕容儁死後，慕容暐即位，大權掌握在太傅慕容評的手中。此時慕容垂大敗桓溫，威名大振，慕容評對慕容垂更是忌恨。太后可足渾氏遂與慕容評相謀，欲殺慕容垂。慕容垂知道後，拒絕了一些人提出謀反的建議，而是採取出逃避禍的方式，於十一月以打獵爲由，微服出鄴，準備回故都龍城。到邯鄲時，卻出了意外，幼子慕容麟向來不爲慕容垂所寵愛，便嚮慕容評告狀，慕容垂左右也多有離去。慕容垂遂率夫人段氏(後段後)，子慕容令、慕容寶、慕容農、慕容隆，慕容恪之子慕容楷，舅蘭建，郎中令高弼等一起投奔前秦。
前秦王苻堅素聞慕容垂之名，待其甚厚。慕容垂便在前秦居住下來，幾年中，王猛、苻融等大臣多次勸苻堅誅殺慕容垂等人，但都被符堅阻止了。至到寧康二年(375年)七月，王猛病逝，慕容氏才得以解脫。
時前秦四處征戰，所向皆捷，但鼎盛的後面，卻潛伏着社會危機。王猛死後不久，前秦的社會危機逐漸暴露出來了。太元二年(377年)，慕容農便暗中對慕容垂說："自王猛之死，秦之法制，日以頹靡，今又重之以奢侈，殃將至矣，圖讖之言，行當有驗。大王宜結納英傑以承天意，時不可失也!"慕容垂此時已有此意，爲防外泄，便笑着說："天下事非爾所及"(《資治通鑑·卷第一百四》)
太元八年(383年)，苻堅在淝水之戰之戰中慘敗，時諸軍皆潰，惟慕容垂所率三萬人獨全，苻堅率千餘騎兵隨慕容垂而歸。慕容垂的親信都勸慕容垂乘機殺死苻堅，但慕容垂念苻堅往日待己的恩惠，沒有同意，相反地把軍隊悉數交給了苻堅。苻堅沿途收集逃散的士卒，到洛陽時，已有十餘萬衆，"百官、儀物、軍容粗備"(《資治通鑑·卷第一百五》)，元氣略有些恢復。
此時，慕容農獻計於慕容垂說："尊不迫人於險，其義聲足以感動天地。農聞祕記曰：'燕復興當在河陽。'夫取果於未熟與自落，不過晚旬日之間，然其難易美惡，相去遠矣"(《資治通鑑·卷第一百五》)慕容垂納其言，用計離開苻堅回鄴城，準備復國。
鎮守鄴城的是苻堅之子長樂公苻丕，苻丕聞慕容垂北來，懷疑其欲叛秦，便讓他住在鄴西。時洛陽附近的丁零人翟斌起兵叛秦，準備攻豫州牧、平原公苻暉於洛陽，翟斌部中有大批的前燕人，苻堅乘機派慕容垂前去平叛。爲防其反叛，只給了2000老兵，又派廣武將軍苻飛龍率1000氐族精騎隨行，並暗中告訴苻飛龍："卿王室肺腑，年秩雖卑，其實帥也。垂爲三軍之統，卿爲謀垂之主，用兵制勝之權，防微杜貳之略，委之於卿，卿其勉之("《晉書·慕容垂載記》)
慕容垂把慕容農和慕容楷、慕容紹留在鄴城，帶慕容寶、慕容隆等前去平叛。不久，慕容垂設計殺死苻飛龍，起兵叛秦，並將起兵之事告之於慕容農等，讓其起兵相應。時天色已晚，慕容農與慕容楷留宿鄴城，慕容紹先出城至蒲池，盜苻丕駿馬數百匹，等候慕容農與慕容楷。月末，二人率數十騎微服出鄴城與慕容紹會合，奔往列人(今河北邯鄲市東)。
直到太元九年(384年)正月，苻丕大會賓客，請慕容農等人，但久等不至，始覺有變。便四處派人查找，三天後，才知慕容農已在列人起兵了，大怒不已。
慕容農到列人後，到烏桓人魯利的家中。魯利爲其準備了食物，但慕容農卻笑而不食。魯利對妻子說："惡奴，郎貴人，家貧無以饌之，奈何?"其妻說："郎有雄才大志，今無故而至，必將有異，非爲飲食來也。君亟出，遠望以備非常。"魯利納其言。這時慕容農對魯利說："吾欲集兵列人以圖興復，卿能從我乎?"魯利說："死生唯郎是從。"慕容農又去造訪烏桓人張驤，對他說："家王已舉大事，翟斌等鹹相推奉，遠近響應，故來相告耳。"張驤說："得舊主而奉之，敢不盡死"(《資治通鑑·卷第一百五》)
於是慕容農將列人居民改編爲士兵，斬桑榆樹做成武器，扯襜衣當做旗幟，又招集了畢聰、卜勝、張延、李白、郭超、劉大等數千人。慕容農以張驤爲輔國將軍、劉大爲安遠將軍、魯利爲建威將軍。慕容農率軍攻破館陶，繳獲大量軍資器械，派蘭汗、段贊、趙秋、慕輿悕等奪馬數千匹。此時，慕容農的軍隊兵強馬壯，步騎雲集，衆至數萬。張驤等人共推慕容農爲使持節、都督河北諸軍事、驃騎大將軍，監統諸將，隨才部署，上下肅然。慕容農認爲慕容垂未至，不敢擅自封賞將士。趙秋便對他說："軍無賞，士不往。今之來者，皆欲建一時之功，規萬世之利，宜承製封拜，以廣中興之基"(《資治通鑑·卷第一百五》)慕容農納其言，於是前來投奔的人絡繹不絕。慕容垂知道後，對慕容農的做法很讚賞。此後，慕容農又西招庫傉人官偉於上黨，東引乞特人歸於東阿，北召光烈將軍平睿、汝陽太守平幼兄弟於燕國，衆爲皆應之。慕容農又派蘭汗等攻克頓丘。慕容農所部"號令整肅，軍無私掠，士女喜悅"(《資治通鑑·卷第一百五》)。
苻丕知道慕容農起兵後，便派石越率步騎萬餘人前來攻打。慕容農說："越有智勇之名，今不南拒大軍而來此，是畏王而陵我也;必不設備，可以計取之"(《資治通鑑·卷第一百五》)。衆人請求修築列人，以做好防禦。慕容農又說："善用兵者，結士以心，不以異物。今起義兵，唯敵是求，當以山河爲城池，何列人之足治也"(《資治通鑑·卷第一百五》)。不久，石越至列人西，慕容農派趙秋及參軍綦毋滕攻破石越的先頭部隊。參軍趙謙對慕容農說："越甲仗雖精，人心危駭，易破也，宜急擊之。"慕容農說："彼甲在外，我甲在心，晝戰，則士卒見其外貌而憚之，不如待暮擊之，可以必克"(《資治通鑑·卷第一百五》)。遂命令部隊嚴陣以待，不得妄動。石越設圍自守，慕容農笑着對諸將說："越兵精士衆，不乘其初至之銳以擊我，方更立柵，吾知其無能爲也"(《資治通鑑·卷第一百五》)。待到天黑，慕容農率軍在城西列陣，牙門劉木請戰，慕容農笑着說："凡人見美食，誰不欲之，何得獨請!然汝猛銳可嘉，當以先鋒惠汝"(《資治通鑑·卷第一百五》)。劉木遂率400名壯士突破敵陣，大軍隨後衝擊，秦兵大敗，石越被斬，前秦上下人心浮動。
不久，慕容垂到達鄴城附近，改前秦建元爲燕元年。以前岷山公庫傉官偉爲左長史，肖尚書段崇爲右長史，滎陽鄭豁等爲從事中郎，並立慕容寶爲太子。慕容農也率軍與慕容垂會合，慕容垂仍以慕容農爲驃騎大將軍，與其共攻鄴城。
七月，翟斌恃功驕縱，索求無厭。時鄴城久功不下，翟斌漸有叛心。世子慕容寶請求將其殺掉，慕容垂說："河南之盟，不可負也。若其爲難，罪由於斌。今事未有形而殺之，人必謂我忌憚其功能;吾方收攬豪傑以隆大業，不可示人以狹，失天下之望也。藉彼有謀，吾以智防之，無能爲也。"慕容農和范陽王慕容德、陳留王慕容紹都說："翟斌兄弟恃功而驕，必爲國患。"慕容垂說："驕則速敗，焉能爲患?彼有大功，當聽其自斃耳"(《資治通鑑·卷第一百五》)。對其禮遇更重。
翟斌還想當尚書令，慕容垂說："翟王之功，宜居上輔;但臺既未建，此官不可遽置耳"(《資治通鑑·卷第一百五》)。翟斌大怒，遂反，暗中與鄴城內苻丕聯絡，又派丁零兵決堤放水，解除鄴城被淹的危險。事泄，慕容垂殺翟斌兄弟，餘者皆免。翟斌侄翟真乘夜逃往邯鄲(今屬河北)。太原王慕容楷和陳留王慕容紹對慕容垂說："丁零非有大志，但寵過爲亂耳。今急之則屯聚爲寇，緩之則自散。散而擊之，無不克矣"慕容垂從之。
八月，翟真率部從邯鄲逃走。慕容垂派慕容農和太原王慕容楷率騎兵追擊。追至下邑，慕容楷見敵陣不整，欲出戰，慕容農認爲："士卒飢倦，且視賊營不見丁壯，殆有他伏"(《資治通鑑·卷第一百五》)。慕容楷不納，下令攻擊，燕軍果然大敗。翟真繼續北進，直趨中山(今河北定州)。
時前秦鄴城守軍長期被圍，糧草漸盡。慕容垂認爲："苻丕窮寇，必守死不降。丁零叛擾，乃我腹心之患。吾欲遷師新城，開其逸路，進以謝秦主疇昔之恩，退以嚴擊真之備"(《晉書·慕容垂載記》)。燕軍遂解圍退至新興城，另派慕容農到清河、平原一帶徵收租賦。慕容農"明立約束，均適有無，軍令嚴整，無所侵暴"(《資治通鑑·卷第一百五》)，所以得到大批軍用物資。
翟真擊敗後燕軍，駐於承營(今河北定州附近)，與前秦公孫希、宋敞等人互相呼應。前秦長樂公苻丕派光祚率軍數百趕赴中山(今河北定州)，與翟真會合;又派陽平太守邵興率騎兵數千往冀州郡縣活動，招集舊部，準備與光祚在襄國會合。當時，後燕兵馬疲弊，秦軍又漸漸恢復了元氣，冀州郡縣都在觀望成敗，趙郡人趙粟等起兵響應邵興。慕容垂派冠軍大將軍慕容隆及龍驤將軍張崇率軍擊邵興，同時命令慕容農自清河出發，前來會合。慕容隆與邵興在襄國交戰，邵興大敗，邵興逃至廣阿，路遇慕容農，被慕容農俘獲。光祚聽到邵興戰敗被俘的消息，急速撤回鄴城(今河北臨漳西南)。不久，趙粟等起事部衆均被鎮壓下去，冀州郡、縣復入於後燕。
十一月，慕容農自信都西擊翟真從兄翟遼，破其軍於魯口。翟遼退屯無極，慕容農屯藁城以逼之。十二月，慕容農又與慕容麟合兵攻打翟遼，大破之，翟遼單騎逃往翟真處。
太元十年(385年)二月，慕容農率軍與慕容麟會於中山，共攻翟真。二人先率數千騎兵至敵營，觀察形勢，被翟真發現，率軍而出。諸將欲退，慕容農認爲："丁零非不勁勇，而翟真懦弱，今簡精銳，望真所在而衝之，真走，衆必散矣，乃邀門而蹙之，可盡殺也"(《資治通鑑·卷第一百六》)遂派驍騎將軍慕容國率百餘騎衝擊敵陣，翟真果然敗走，其士兵爭相入城門，結果自相殘踏，死者過半，燕軍遂攻下其外城。
三月，慕容垂攻鄴城不下，將北去冀州，命令撫軍大將軍慕容麟屯駐信都(今河北冀縣)，樂浪王慕容溫屯中山(今河北定州)，召慕容農回鄴城。附近各部以爲燕軍不振，頗懷去就。
慕容農至高邑後，派從事中郎眭邃到附近巡視，可到了期限卻未回營，長史張攀對慕容農說："邃目下參佐，敢欺罔不還，請回軍計之"(《資治通鑑·卷第一百六》)。慕容農不應，假傳燕王之令，以眭邃爲高陽太守，參佐家住在趙北的，也都遣歸。共補太守三人，長史二十餘人。然後對張攀說："君所見殊誤，當今豈可自相魚肉!俟吾北還，邃等自當迎於道左，君但觀之"(《資治通鑑·卷第一百六》)
晉將劉牢之攻打黎陽，慕容垂留慕容農繼續攻鄴城，親自率軍去解圍。苻丕聞之便想乘機夜襲燕營，結果被慕容農擊敗。同時，慕容垂也擊退了劉牢之的進攻，率軍回鄴城。
四月，燕、秦兩軍已相持經年，幽、冀兩州發生饑荒，燕軍多有餓死者，慕容垂遂下令禁止農民養蠶，好以桑椹爲軍糧。慕容垂準備北上中山，讓慕容農先行，先前被假授官職的眭邃等人都前來迎候，上下和好如初，衆人乃佩服慕容農的智略。
七月，後燕建節將軍餘巖反叛，從武邑(今屬河北)赴幽州(治薊，今北京西南)。慕容垂遣使令幽州刺史平規堅守，不與餘巖交戰。平規不納，戰敗。餘巖入薊，掠千餘戶而去，佔據令支(今河北遷安西)。
太元十一年(386年)正月，慕容垂自立爲帝，建都中山，改元建興，史稱後燕。四月，慕容垂封慕容農爲遼西王。
太元十四年(389年)正月，慕容農已在遼東鎮守了近五年，將遼東治理的井井有條。但慕容農不滿足於此，還想上陣殺敵立攻，便上表說："臣頃因徵即鎮，所統將士安逸積年，青、徐、荊、雍遺寇尚繁，願時代還，展竭微效，生無餘力，沒無遺恨，臣之志也"(《資治通鑑·卷第一百六》)。慕容垂遂召慕容農爲侍中、司隸校尉。並以屢立戰功的高陽王慕容隆爲都督幽、平二州諸軍事、徵北大將軍、幽州牧，代替慕容農。慕容隆到遼東後，採取蕭歸曹隨的辦法進行治理，廣施仁政，遼東太平依舊。
十月，燕樂浪悼王慕容溫爲冀州刺史，翟遼派丁零人故堤嚮慕容溫詐降，刺殺慕容溫，並其長史司馬驅率守兵二百戶投奔西燕。慕容農知道後，於襄國大敗其軍，除故堤外，全部被俘。
太元十六年(391年)十月，翟遼卒，子翟釗代領其衆，並率軍攻打鄴城，慕容農將擊擊退。
太元十七年(392年)三月，慕容垂率師討伐翟釗。六月，進至黎陽(今河南浚縣東北)，兩軍對峙。翟釗列營於黃河南岸，諸將懼翟釗兵精，認爲不宜渡河，慕容垂笑道："堅子何能爲，吾今爲鯽等殺之"(《晉書·慕容垂載記》)。慕容垂觀察翟軍防範嚴密，遂徒營於黎陽西40裏處，製作百餘隻牛皮船，僞作引渡。翟釗聞訊急率兵往拒。慕容垂即暗遣將自黎陽津夜渡，於南岸設營。翟釗得悉，急還攻燕軍營壘。慕容垂命慕容鎮等堅守不戰。翟釗軍此時非常疲憊，攻營不克，準備率軍而回。慕容鎮引兵出戰。此時，屯黎陽西的慕容農也渡河而至，與慕容鎮等夾擊翟釗軍，大破之。翟釗回到滑臺，帶妻子、部衆逃往白鹿山，憑險自守，燕軍屢攻不下。慕容農見此情景，便說："釗無糧，不能久居山中"(《資治通鑑·卷第一百八》)便率部而還，只留下一些騎兵在此等候。不久，翟釗果然下山尋糧，伏兵四起，盡獲其衆，翟釗隻身逃奔長子(今山西境)，投奔西燕，後因謀反，被西燕慕容永所殺。
十二月，慕容垂回到中山，以慕容農爲都督兗、豫、荊、徐、雍五州諸軍事，鎮守鄴城。
太元十九年(394年)二月，慕容垂增調司、冀、青、兗四州兵分三路大舉進攻，自率大軍出沙亭與西燕作戰，其中慕容農率軍出壺關。西燕主慕容永發兵5萬以抵拒後燕軍，將糧草聚於臺壁(今山西黎城西南)。西燕臺壁守衛孤立，慕容永見慕容垂率軍駐紮鄴西南一個多月未有行動，遂懷疑後燕軍將從祕密道路進攻，便召集各路軍隊駐屯軹關(今河南濟源西北)，扼守太行口，惟留臺壁一軍。西燕臺壁守衛孤立，慕容垂乘機率大軍出滏口，進入天井關(在今山西晉城縣南太行山上)。
五月，後燕軍進至臺壁，慕容農擊敗了小逸豆歸的進攻，並斬右將軍勒馬駒，擒鎮東將軍王次多，幷包圍臺壁。慕容永親率駐太行軍5萬回師阻擊，慕容垂派驍騎將軍慕容國在澗下埋伏騎兵千人，值兩軍交戰時，慕容垂假裝敗退，慕容永追數裏，中埋伏。後燕軍立刻從四面進攻，大破西燕5萬援軍，斬8000餘人，慕容永敗回長子(今山西長子西南)。晉陽守將聞兵敗，棄城逃走，後燕軍輕取晉陽。
六月，後燕軍包圍長子。八月，西燕太尉大逸豆歸部將伐勤等人開城門投降，後燕軍入長子，殺慕容永和公卿大將刁雲、大逸豆歸等30多人，西燕所統轄8郡7萬餘戶和大量物資爲後燕所有。西燕滅亡。
七月，慕容農率部數萬人至幷州。時幷州素乏儲存，而且該年霜降甚早，百姓無糧，燕軍來後，又派諸部護軍分監諸胡，因此"民夷俱怨，潛召魏軍"(《資治通鑑·卷第一百八》)。
八月，拓跋珪率步騎40餘萬大舉攻燕。九月，軍至陽曲，乘西山，臨晉陽(幷州治所，今太原西南)，遣騎環城大噪而去。慕容農出戰，大敗，奔還晉陽，司馬慕輿嵩閉門不讓慕容農進城。慕容農帶妻子和部衆數千人東走，魏中領將軍長孫肥追之，於潞川俘獲慕容農妻子，燕軍全軍覆沒。慕容農也身受重傷，隻身逃歸中山。
魏出軍都之步騎亦攻克漁陽(今北京市密雲西)。拓跋珪取幷州後，繼續率軍東進，直指後燕國都中山。燕王慕容寶修城貯糧堅守中山，派慕容農出兵安喜(今河北定州東南)，作爲警戒。一切軍務，皆委於趙王慕容麟。十月，拓跋珪派冠軍將軍於慄磾、寧朔將軍公孫蘭率步騎2萬，暗從晉陽開韓信舊道，趨井陘關(今河北井陘西北)。拓跋珪首先攻取常山(今河北正定南)。常山以東各郡縣守宰或逃或降，只有中山、鄴(今河北臨漳西南)、信都(今河北冀縣)三城爲燕軍所守。十一月，拓跋珪命東平公拓跋儀率5萬騎兵攻鄴，冠軍將軍王建、左將軍李慄攻信都;自率大軍攻中山，不克，拓跋圭認爲中山城固，急攻傷士，久圍則費糧，遂率軍南向。十二月，北魏別部大人沒根率新兵數十人降燕，請兵襲魏;其侄酰提在幷州任監軍，亦率所部回國作亂。
隆安元年(397年)二月，燕主慕容寶聞魏有內亂，不從魏主請和，調集步卒12萬、騎兵3.7萬屯柏肆(今河北藁城北15公里)，在滹沱水北築軍營，向魏軍挑戰。拓跋珪率軍到柏肆，在滹沱河南筑營。慕容寶派勇士萬餘人爲先鋒夜渡滹沱河，襲擊魏營，親率大軍在魏營之北佈陣，作爲後援。燕軍夜到魏營，憑藉風勢放起大火猛攻魏營，魏軍大亂。但拓跋珪很快召集軍隊，在營外多設火把，縱騎兵衝擊，大敗燕軍，俘斬萬餘。慕容寶率軍渡河退回。次日拓跋珪整軍渡河，與燕軍相持。慕容寶見燕軍士氣被奪，率軍向中山敗退。拓跋珪追擊，多次打敗燕之殿後軍隊。慕容寶害怕被魏軍追上，令士卒拋仗棄甲，繼而置大軍於不顧，僅率2萬騎逃回中山，時值大風雪，凍死者無數。所棄將士及文武大臣，降魏或被俘者甚衆。拓跋珪在柏肆戰勝燕軍，旋遣兵回國平定內亂，隨即再次進攻中山。
三月，城中將士都想出戰，慕容隆也勸慕容寶出戰，但多次都被慕容麟阻撓。不久，燕發生內亂，慕容麟謀殺慕容寶未成，出奔西山。城中震駭，慕容寶不知慕容麟逃到何處，認爲清河王慕容會的軍隊在附近，怕慕容麟奪其軍權然後佔據龍城(今遼寧朝陽)，便召慕容農和慕容隆，準備放棄中山，逃往龍城。
時慕容農部將谷會歸對慕容農說："城中之人，皆涉圭、參合所殺者父兄子弟，泣血踊躍，欲與魏戰，而爲衛軍所抑。今聞主上當北遷，皆曰：'得慕容氏一人奉而立之，以與魏戰，死無所恨。'大王幸而留此，以副衆望，擊退魏軍，撫寧畿甸，奉迎大駕，亦不失爲忠臣也。"慕容農想殺谷會歸，卻又不忍，對其說："必如此以望生，不如就死"(《資治通鑑·卷第一百九》)。
慕容寶等至薊城(今北京城西南)，一路上傷亡衆多，只剩下慕容隆所率的數百騎做爲護衛，清河王慕容會率二萬騎兵出城迎接。慕容寶見慕容會臉上怏怏有恨色，便暗中告訴了慕容農和慕容隆。二人都說："會年少，專任方面，習驕所致，豈有它也!臣等當以禮責之"((資治通鑑·卷第一百九》)。慕容寶雖同意，但仍將慕容會的軍隊交給慕容隆，慕容隆不同意，慕容寶便將慕容會的軍隊分一部分給慕容隆和慕容農。並派西河公庫傉官驥率兵3000幫助慕容詳守中山。
不久，慕容寶將薊城中府庫全部運往龍城，北魏軍追擊後燕軍，慕容會回軍相戰，慕容隆和慕容農也率軍擊之，大敗魏軍，追百餘里，斬數千人。
慕容會打敗魏軍後，居功自傲，慕容隆因此多次訓責慕容會。慕容會心中不滿，慕容會害怕到龍城後，大權被名望素高於己的慕容農與慕容隆奪去，又知道自己沒有希望當太子，便生叛反之念。時有人勸慕容寶殺慕容會，被侍御史仇尼歸聽到，告訴了慕容會，並鼓動其謀反。慕容會心存猶豫，沒有同意。
此時，慕容寶對慕容農和慕容隆說："觀道通志趣，必反無疑，宜早除之。"二人勸道："今寇敵內侮，中土紛紜，社稷之危，有如累卵。會鎮撫舊都，遠赴國難，其威名之重，足以震動四鄰。逆狀未彰而遽殺之，豈徒傷父子恩，亦恐大損威望。"慕容寶對說："會逆志已成，卿等慈恕，不忍早殺，恐一旦爲變，必先害諸父，然後及吾，至時勿悔自負也"(《資治通鑑·卷第一百九》)二人力諫，慕容寶才做罷。慕容會知道後，更加害怕。
不久，慕容寶大赦，凡參與者都免罪，復舊職。論功行賞，拜將軍、封侯者數百人。當時慕容農骨破見腦，多虧慕容寶親自爲其裹傷，慕容農才得以不死。慕容寶便以慕容農爲左僕射，不久又拜司空、領尚書令。並追贈高陽王慕容隆爲司徒。八月，又以慕容農爲都督中外諸軍事、大司馬、錄尚書事。
隆安二年(398年)正月，北魏王拓跋珪自中山(今河北定州)北還。不久，燕將啓倫還至龍城，言中山已陷，慕容寶命罷兵。慕容農對慕容寶說："今遷都尚新，未可南征，宜因成師襲庫莫奚，取其牛馬以充軍資，更審虛實，俟明年而議之"(《資治通鑑·卷第一百一十》)。慕容寶納其言。不久，慕容寶北渡澆洛水。時南燕王慕容德派侍郎李延詣謁慕容寶，說："涉圭西上，中國空虛"(《資治通鑑·卷第一百一十》)李延追上慕容寶，慕容寶知道後大喜，即日引兵而還。
慕容寶回龍城，準備出征，慕容農和長樂王慕容盛勸阻說："兵疲力弱，魏新得志，未可與敵，宜且養兵觀釁。"慕容寶準備納其言，時撫軍將軍慕輿騰說："百姓可與樂成，難與圖始。今師衆已集，宜獨決聖心，乘機進取，不宜廣採異同以沮大計。"慕容寶說："吾計決矣，敢諫者斬"(《資治通鑑·卷第一百一十》)。二月，慕容寶出征，以慕容農爲中軍。不久後燕軍至乙連(今遼寧建昌)，其部屬長上官段速骨、宋赤眉等害怕征戰，起兵反叛後燕。段速骨逼慕容隆長子高陽王慕容崇爲主，殺死樂浪威王慕容宙、中牟熙公段誼和宗室諸王。慕容寶率10餘騎投奔司空慕容農，慕容農準備出迎，其部下抱其腰進行阻止，說："宜小清澄，不可便出"(《資治通鑑·卷第一百一十》)。慕容農拔刀將其砍死，遂出營見慕容寶，還寫信追回慕輿騰。不久，慕容寶、慕容農回大營，共討段速骨等人。但慕容農、慕輿騰軍隊也因害怕征戰而潰散。慕容寶、慕容農只好逃回龍城。鎮守龍城的長樂王慕容盛聽到叛亂的消息，引兵出迎，二人才得以倖免。後燕尚書蘭汗暗中與段速骨通謀，率軍在龍城東築起大營。長樂王慕容盛遷徙近城之民入內，共得丁夫1萬多人，登上城牆抵抗段速骨。時段速骨的同謀者只有百餘人，其餘的都是被迫反叛，所以軍無鬥志。
三月，段速骨率軍攻龍城。慕容農害怕城不能守，又被蘭汗誘惑，趁夜潛赴段速骨軍中，希望以此自保。第二天早晨，段速骨等攻城，城上士兵拼命抵抗，段速骨軍死數百人。段速骨便派慕容農循城而走，慕容農素有忠節威名，城中士兵都因此才進行抵抗，這時卻見慕容農在段速骨軍中，無不驚愕喪氣，全部潰散。段速骨攻入城中，縱部衆殺掠。慕容寶、慕容盛、慕輿騰、張真、李旱、趙恩等輕騎南逃。段速骨將慕容農囚禁在殿內。段速骨的謀主長上阿交羅認爲高陽王慕容崇幼弱，便想立慕容農爲帝。慕容崇的親信鬷讓、出力犍等知道後，於三月丁酉(公元398年4月7日)將慕容農和阿交羅殺死。
