黑死病是1348年在歐洲爆發的一次大型瘟疫，奪去了數千萬人的生命，使歐洲人口減少了1/3~1/2，是人類歷史上最嚴重的瘟疫，是一場深重的災難，乃至改變了歷史進程，間接促使了東羅馬帝國的崩潰。
1334年，中國河北爆發瘟疫，致命的傳染病奪走了當地90%人的生命，人數約爲500萬人。隨後，瘟疫向西蔓延，襲擊了印度、敘利亞以及美索不達米亞。1346年，瘟疫襲擊了黑海地區克里米亞半島上一個名叫卡法的貿易區。當時，居住在卡法的熱那亞人正被穆斯林塔塔爾人的軍隊圍攻，城裏的居民由於沒有足夠的糧食吃不得不忍飢挨餓。突然之間，意想不到的事情發生了，塔塔爾人一下子就像蒼蠅一樣一個接一個地倒下了。黑死病襲擊了塔塔爾人。
但是，被圍困的熱那亞人也沒有得到多少輕鬆喘息的機會，塔塔爾人在撤退之前，將幾具因瘟疫而死的屍體扔進了城牆內。爲了逃避瘟疫，熱那亞人分乘4艘船揚帆遠去。可當他們到達西西里島東北岸港市墨西拿時，船上大部分人都已病死。這幾艘船被勒令離開海港，但爲時已晚，可怕的瘟疫開始登陸歐洲。大瘟疫的爆發給歐洲人帶來了空前的災難，瘟疫迅速地傳播開來，每天向前推進兩英里，從地中海的各個港口蔓延到西班牙，經過陸地，跨越阿爾卑斯山脈和比利牛斯山脈，一直蔓延到法國、德國、英國以及斯堪的納維亞半島上的冰島和格陵蘭等地。整個歐洲大陸都籠罩在黑死病的烏雲下。
過去一個世紀以來，人們普遍認爲這場恐怖的黑死病就是腺鼠疫，由鼠疫桿菌引起，通過老鼠和跳蚤傳播給人類的病菌;傳播這種耶爾森氏屬病毒的跳蚤專以吸食老鼠、豚鼠、狗、兔子等的血液爲生，特別是一種黑鼠與瘟疫的傳播大有關係。這是一種通過老鼠和跳蚤傳播的病菌。不過，黑死病真的與老鼠有關嗎?
意大利作家卜伽丘在《十日談》裏所描述的黑死病景象，似乎與淋巴腺鼠疫並不完全吻合。2001年，出版了《疫病生物學》一書，書中指出，黑死病是由淋巴腺鼠疫病毒引發之結論疑點甚多。例如，爲什麼黑死病的傳播速度如此之快?據當時的有關報道，黑死病以平均每天兩英里的速度向前推進，這意味着鼠羣將以跑得喘不過氣來的速度穿越鄉間田野，但當時並沒有關於目睹這種情景的相關報道。
事實上，一些描述當時黑死病情況的目擊者們根本就沒有提到過老鼠。還有，如果與老鼠有關，那麼它們是如何越過比利牛斯山脈和阿爾卑斯山脈的?它們又是如何抵達冰島和格陵蘭的?對於這些適宜於生活在溫暖地帶並且已經染上疫病的老鼠來說，這一段漫長又寒冷的旅程是難以想象的。爲什麼黑死病會沿着商隊貿易路線傳播開來，而且通常爆發在人口集中的地方，如城市中心地區，集市中和軍隊裏?爲什麼隔離措施是當時唯一有效的措施?如果說瘟疫是由老鼠傳播開來的，那麼對染病的人羣隔離會有用嗎?因爲，老鼠很容易從被隔離的房子和村莊裏跑出來繼續將瘟疫傳播開去。
一定還有另一種傳播途徑，而不是老鼠、跳蚤與人類之間的傳播途徑。如果說瘟疫是通過空氣中的塵粒在人與人之間傳播開來的，那倒還比較說得通，研究人員認爲致病的可能是一種病毒。
根據中世紀對黑死病的描述，黑死病的病原體可能不是鼠疫桿菌，而更像是一種濾過性出血熱病毒，與現代的埃博拉病毒非常類似。如果這種猜測能夠成立的話，就能解釋爲什麼黑死病會如此迅速地傳播開來。科學家說這種病毒的潛伏期較長，大約爲20天，在感染病毒到發病的這段時間裏，帶菌者會在毫不知情的人羣中將疾病傳播開來。據此，科學家們猜測當時的情景可能是這樣的：一個感染了黑死病而自己還並不知曉的病人，或許是一個士兵或許是一個到處旅行的商人，到一個新的城鎮後傳染給別的人，於是疾病就在這個城鎮裏很快地傳播開來。大約過了兩三個星期，這個旅行者病死了，而城裏其他的人也開始陸續病倒。在此期間，這個城鎮或者村莊裏也有人外出到其他地方去，於是傳播到了更多的地方傳染了更多的人。這就是爲什麼疾病會傳播得如此之快的原因，一天兩英里的速度是人們在鄉間步行走動的一般速度。
要證明黑死病是由病毒引起的也許比較困難，在當時沒有血液檢測方法來確定病毒種類，而要從700多年前的死者遺骸中提取病毒的DNA也是不可能的。但最近幾年裏，科學家們還是找到了一些證據來支持黑死病起因於病毒的理論。
雖然當時沒有血檢技術，但是在當時英國的教區裏，當地人的生老病死、婚喪嫁娶，以及命名受洗等都有記錄，即使是一個小村莊也能查到當年的有關資料。在英國德貝郡就有這樣一個名叫艾亞姆的小村莊。
1665年9月，黑死病突襲了這個村莊，鎮上的教區長勸村民們採取隔離措施，以防瘟疫在這個地區蔓延開來。在隔離期間，病人的食物專門送到指定的地方，而付賬的錢幣則浸在醋裏消毒。這個方法似乎還真管用，採取了隔離措施後，這個村莊的周邊地區都沒有受到瘟疫的影響。一年後，在瘟疫爆發時最早逃出這個村莊的人回到了艾亞姆，發現這個小鎮上一半的人都活了下來。
1996年，研究人員從艾亞姆教區的有關記錄中查找到了黑死病倖存者的後人，對他們的DNA進行了測試。科學家們非常好奇地想知道，這些倖存下來的人是否擁有某種相同的基因幫助他們抵抗了瘟疫的進攻。結果正如科學家們所預想的那樣，這些倖存下來的人的基因裏有一種叫做CCR5-delta32的變異基因含量較高。
根據以往的研究，科學家們早已知道，帶有這種變異基因的人與基因正常的人相比，感染艾滋病的機率要小很多，即使受到感染，發病也會慢得多。艾亞姆鎮並非是個例外，歐洲一些疫區中有不少人都有着不同尋常的較高含量的CCR5-delta32突變基因，這些人約佔人口總數的14%，而在一些沒有經歷過黑死病的地區，如亞洲和非洲，帶有這種變異基因的人只佔人口總數的2%。研究人員確定，基因突變的人數突然大量增加發生在約700年前，大約是在瘟疫第一次大爆發期間。
似乎可以這麼說，黑死病增加了高加索人種基因中的CCR5-delta32基因變異的頻率，基因突變保護了這些人羣，增強了這些人羣以後對於黑死病以及艾滋病的抵抗能力，而亞洲和非洲人口則缺少這種保護機制。這就解釋了何以艾滋病在這些地區更爲肆虐的原因，同時也說明了黑死病也像艾滋病一樣是由病毒引起的。
法國地中海大學的一個研究小組於2000年報告說，他們從法國蒙比利埃市附近取到的3具14世紀骨骼的牙齒中提取DNA殘片，用聚合酶鏈式反應(PCR)技術進行“放大”，從中發現了鼠疫桿菌特有的DNA序列。但牛津大學的科學家提出，這項研究可能存在缺陷。
牛津的研究小組發掘了英國倫敦、丹麥哥本哈根、法國翁熱和凡爾登等城市的5個萬人冢，其中，倫敦的萬人冢確認埋葬有1349年的黑死病死者，另4個有可能也埋葬着黑死病死者。科學家從66具骨骼中取到121枚牙齒，在內部的附着物中尋找DNA碎片。
研究結果是，沒有一枚牙齒中含有可辨認的鼠疫桿菌DNA，但發現了多種其他細菌的DNA。科學家使用了與法國小組同樣的DNA片斷“探針”，搜索鼠疫桿菌獨有的DNA序列，但一無所獲。
研究還顯示，分析過程中樣本很容易受到污染。因此，牛津小組的科學家懷疑，法國小組當時發現的並不是古代鼠疫桿菌的DNA，他們使用的樣本可能被現代鼠疫桿菌污染了。
科學家希望能找到一些黑死病死者的軟組織，獲取更好的樣本來尋找DNA。氣候寒冷的芬蘭也曾是黑死病疫區，可能會有死者葬在永凍原中、遺體保存較好。
確認黑死病的根源，不僅僅是個考古的問題。鼠疫桿菌至今仍然在熱帶地區流行，還可能被用作生物武器。因此，科學家對黑死病與鼠疫的關係十分關心。2001年，英國利物浦大學的一個小組在分析歷史記錄後曾說，黑死病的病原體可能不是鼠疫桿菌，而是一種引起大出血的病毒，與埃博拉病毒類似。
有些醫學史學者基於知識論的考慮，從根本上就反對用現代的疾病範疇與疾病知識來解釋過去的疾病史。例如英國醫學史學者康寧漢(Andrew Cunningham)，就反對以現代的“鼠疫”概念來解釋中世紀的“瘟疫”、“黑死病”。他認爲，利用現代疾病概念來理解過去的疾病史，造成了對過去醫學與過去疾病觀的嚴重扭曲。
這裏涉及一個知識論上的難題，康寧漢說：“對於某個病症到底是不是鼠疫的懷疑，只能靠細菌學方法來確定。換言之，只有實驗室才能決定它是不是鼠疫。”對現代醫學而言，要知道一個病人得的是不是鼠疫，唯一能夠真正進行確認的方法是靠實驗室的細菌學檢驗。換言之，細菌學的到來改變了了“瘟疫”的“身份”。現代所謂的“鼠疫”是由實驗室來界定的，到頭來唯一能決定一個疾病是不是鼠疫的辦法，就是訴諸實驗室的細菌學檢驗。
既然中世紀的醫師或現在的歷史學家不可能去對中世紀的“瘟疫”做細菌學的檢驗，那也沒有可能去確認史料中的疾病是不是現代醫學界定下的“鼠疫”。所以，歷史學者不能把“鼠疫”這個現代的“疾病身份”套到中世紀“黑死病”的身上。在這種情況下，用現代的鼠疫概念來談論古代的黑死病基本上是非歷史的和時空錯亂的。
科學家認爲，在這場歷史上慘絕人寰的大災難中，也許同時存在兩種不同的傳染性疾病，一種是歐洲的濾過性病毒出血熱，即黑死病;另一種是在亞洲和地中海沿岸部分地區流行的由鼠疫桿菌引起的淋巴腺鼠疫。全球化與病毒傳播的隱憂黑死病和鼠疫，是在地球數百萬年的進化歷史中人與致病病毒之間鬥爭中最爲突出的例子。當病毒變異爲一種新的更容易侵入人體的形式時，病毒佔上風;而如果當人或其他病毒宿主在病毒攻擊下基因發生變異，或者說對於病毒有了免疫能力時，那麼人類就佔了上風。
黑死病和鼠疫能得以傳播開來的一個共同原因就是人口的流動。中世紀時，疾病傳播的速度相當於人步行的速度或者輪船航行的速度，而在21世紀的今天，飛遍全球的空中交通工具可以在24小時內將一種新的疾病傳遍全球，如果當年這場瘟疫爆發在21世紀，它的傳播速度絕對會比每天兩英里的速度快得多。
研究類似黑死病這樣過去的災難的意義在於，可以幫助科學家對付新的傳染性疾病，以便把這些病儘快扼死在萌芽中。因爲，如果有一種類似於黑死病的病毒再現，而不能儘快封殺，現代化的交通工具就會讓它很快傳遍全世界，那麼後果將會是災難性的。
