黃巾之亂時，由於張角、張樑、張寶三兄弟的勢頭最猛，朝廷將主要矛頭對準了他們，張角這一支也被優先剿滅了。但是張角兄弟的滅亡，不代表全國的黃巾軍都被剿滅了。畢竟黃巾軍是以三十六方黃巾組成的龐大組織。
張角的失敗，只是使黃巾軍沒了統一的領導人，地方上依然還有大量的黃巾軍的勢力在作亂。後來朝廷認爲地方的小股黃巾軍應該成不了什麼氣候了，便讓地方官員們自行去剿滅。
結果沒過幾年，黃巾起義再次爆發。這一次起義被鎮壓後，東漢設立了州牧制度，爲後來的羣雄割據混戰，埋下了一個不小的禍根。
【黃巾軍】
曹操全程參加了鎮壓黃巾軍的行動，對黃巾軍非常的瞭解。並且在第二次鎮壓黃巾起義後，被漢靈帝調入京城，擔任了西園軍(相當於禁衛軍)的典軍校尉。這也是曹操第一次接觸到東漢的權力中樞。
第二次黃巾起義被鎮壓後，東漢王朝發生了一連竄的政治事件。先是十常侍之亂，大將軍何進被殺。接着是董卓之亂，以袁紹、袁術(包括曹操)爲首的京城軍官外逃，組成了形同小丑一般的關東聯軍。
關東聯軍討伐董卓時，幾乎是同一時間，黃巾起義再次爆發。這一次參加起義的黃巾軍，比較知名的是三股地方勢力，分別是：幷州郭太白波軍、冀州張燕黑山軍以及青州臧霸黃巾軍。
其中幷州白波軍最出名的地方在於，當年他們也打董卓，並且這幫黃巾軍比關東聯軍打的還要積極;黑山軍最出名的地方在於，他們在羣雄混戰初期，曾經攻破了袁紹的老巢鄴城。
當年，袁紹還只是個是渤海郡太守。他的頂頭上司是冀州牧韓馥。但袁紹對冀州早已是垂涎三尺，便決定對韓馥進行奪權。然而正當袁紹要大幹一場的時候，被黑山軍狠狠地桶了一把。而當黑山軍在冀州大獲全勝時，青州黃巾軍登場。
青州黃巾軍的領導人看到黑山軍在冀州取得了那麼大的勝利，便做出了一個讓袁紹欲哭無淚的決定——北上匯合黑山軍。據不靠譜的統計，黑山軍號稱百萬，青州黃巾軍也號稱百萬。如果讓他們會合，那就是兩百萬起義軍啊!前途不可限量。就算一人一口唾沫，也能淹死袁紹了吧?
結果萬萬沒想到，幽州公孫瓚看到起義者聲勢如此浩大，他有點着急了(怕黑山軍跑自己的地盤上作亂)，便搶先一步，化身爲正義的使者，主動跑到袁紹的地盤上，把黑山軍往死裏狠狠地打了一頓。楞是把黑山軍和青州黃巾打得暈頭轉向。
青州軍直接被打尿了，慌忙回撤到青州。然而公孫瓚還是不罷休，大手一揮，白馬義從繼續追!這一場仗下來，青州黃巾的陣亡數是以萬爲單位計算的。公孫瓚當了把活雷鋒，卻直接把袁紹救活了，使得袁紹奪取冀州的計劃得以順利實施，這爲後來他雄踞河北四州奠定了基業。
而公孫瓚則一直被袁紹壓在幽州打，後來他被袁紹困死在易京的時候，他的軍事盟友恰恰就是當年被他狠揍的黑山軍。
青州黃巾軍北上冀州，受到重創。於是他們就只能換個方向發展，但是能去哪呢?東面是大海，不能去。南面的徐州陶謙不是什麼善茬，不能去。北面是大魔王公孫瓚，不敢去。東面、南面、北面都去不能去，那就只能去西面找出路了。
青州的西面是兗州，曹操、陳宮、張邈這些人，當時都在兗州。但是曹操當時還是個名不見經傳的小官。兗州的刺史是劉岱，曹操名義上要聽他管。
不過劉岱貌似沒做什麼防備工作。他把視線放在冀州，一個勁的友好地給冀州刺史韓馥寫書信，警告他一定要提防袁紹這個野心狼。結果，青州黃巾軍突然從冀州殺向兗州，劉岱匆忙上陣，直接被打掛了。刺史戰死，整個兗州羣龍無首。
在慌亂之下，經由張邈、鮑信、陳宮等人的商議兼忽悠下，兗州東郡太守曹操同志，成功地上了位，擔任刺史一職。後來的事，就是大家耳熟能詳的了。曹操憑藉他對黃巾軍的瞭解，打的百萬青州黃巾軍與他結盟，注意!不是投降。人家青州黃巾軍是帶股入夥的。青州兵在曹操的帶領下，也很驍勇善戰，立了不少功勞。此後，青州兵作爲曹操前期生涯的主力部隊，且自成體系，隨曹操戰河北、徵徐州，還隨曹操打到了袁術的地盤。
青州黃巾願投靠曹操，以及曹操對青州兵的厚愛，或許與曹操施行的法家庶族路線有關，也就是走羣衆路線，只是後來接班人還是走上了世家路線。後來曹操施行軍屯，青州兵也就開始了屯田，不再作爲曹操征戰天下的主力了。但曹老闆並沒有虧待他們。
青州兵存續了28年，直到曹操220年去世。青州兵不願接受新的老闆以及其他將領的領導，“以爲天下將亂，皆鳴鼓擅去”。於是短期內產生了比較大的混亂。此時有人建議討伐之，但賈逵不允，還分給青州兵遣散費。
近30萬軍屯的青州兵，也隨曹操的離去而終結，不再半兵半農。爲曹魏做出巨大貢獻的這個農民集體，從此也自由了，退出了歷史舞臺。
