結果使農田當中的害蟲幾乎沒有天敵，而讓次年的糧食嚴重歉收，發生極爲嚴重的饑荒問題。不久後，包括鄭作新在內的很多鳥類學者通過野外研究，證實了在麻雀的食譜中，人工種植的穀物僅佔不到50%的比重，他們的研究成果甚至發表在中共中央的機關報《人民日報》上，這是絕無僅有的。
他們強烈的反對意見終於得到了中科院的支持，1959年11月27日，中國科學院黨組書記張勁夫，綜合生物學界的意見，寫了一份“關於麻雀問題向主席的報告”，並經胡喬木轉報毛澤東。這份附有大量科學依據和分析的報告終於打動了毛澤東。
毛澤東在1960年3月18日他起草的《中共中央關於衛生工作的指示》中明確提出：“麻雀不要打了，代之以臭蟲，口號是‘除掉老鼠、臭蟲、蒼蠅、蚊子’。”至此，科學家們不屈不撓地要求爲麻雀“平反”的目的已經達到，或者更加直捷地說吧，毛澤東已經承認了他當初提出的消滅麻雀的錯誤，並親自爲麻雀平了反。
不過，同年4月6日，某領導在二屆人大二次會議上所作的關於農業問題上的報告中，對這一問題的“說法”又十分委婉：“麻雀已經打得差不多了，糧食逐年增產了，麻雀對糧食生產的危害已經大大減輕;同時林木果樹的面積大大發展了，麻雀是林木果樹的天敵。因此，以後不要再打麻雀了。”
4月19日，這一包含修正後“除四害”的《農業發展綱要》四十條，正式提請 中華人民共和國第二屆全國人民人民代表大會第二次會議討論通過，向全國公佈。從“承受不起麻雀造成的糧食損失而轟麻雀”到“全面權衡利弊、寧可遭受糧食損失也要容忍麻雀” ，最後還是肯定了麻雀的作用，改變了“轟麻雀”的做法。
