印加人到達庫斯科山谷，幾個世紀以來建造了美洲最大的帝國Tawantinsuyu。Tawantinsuyu是6000年中安第斯文明的文化高潮，與祕魯，玻利維亞，厄瓜多爾，哥倫比亞南部以及阿根廷北部和智利的現代國家重疊。與豐富的考古和文化證據相比，由於歐洲編年史家到來之前缺乏書寫系統，前哥倫布時期的歷史隨着它與神話交織在一起而消失。
丟失的證據
關於印加血統的起源知之甚少，一些遺傳信息可以幫助重建他們的部分歷史。不幸的是，由於基督教征服者和調查官的宗教和政治迫害，被稱爲神的印加帝王的木乃伊和身體遺骸被燒燬並埋葬在不爲人知的地方，所以沒有直接的材料來研究他們的DNA。“因此，現在，只有現代印加血統家族的遺傳分析可以提供一些關於他們祖先的線索”，第一作者遺傳學家何塞·桑多瓦爾在祕魯利馬的聖馬丁德波雷斯大學工作。
印加起源神話
在他們在庫斯科山谷建立自己的首都城市之前，印加人的起源有兩個基本的神話。一個是Manco Capac和Mama Ocllo，被認爲是太陽神的孩子，也是文明的創始人的父母，他們來自喀喀湖，距離北玻利維亞和祕魯南部約500公里，或多或少是蒂瓦納庫帝國存在的地區幾個世紀前。
第二個神話講述了四個具有神力的阿亞爾兄弟從庫斯科以南50公里的Paccarictambo地區的一座小山內的洞穴中出來，其中只有一個Manco抵達庫斯科山谷。關於統治者的繼承(12至14歲)，大多數編年史家只提到一個父系遺產，但其他作者認爲這是一個複雜的軍事和行政技能選擇，不一定選擇以前的印加人的兒子。
遺傳學可以與神話相匹配嗎?
“在第一種情況下，預計將出現一個獨特的父系羣。在第二種情況下，兩種或更多的父系模式將是明顯的”，資深作者，遺傳學家Ricardo Fujita也在Universidad de San Martin de Porres說。
研究小組包括歷史學家羅納德·埃爾沃德(Ronald Elward)，他研究了十二個印加貴族家庭的文獻，並從征服者時代到他們當代的後代。
Y染色體和mtDNA的標記用於這些家族的遺傳分析，並與來自祕魯，玻利維亞，厄瓜多爾和巴西的2400個本地個體的數據庫進行比較。“結果顯示，兩個創始人的生活方式獨特，他們生活在公元1000年至1500年之間，這是前蒂瓦納庫(南部)和瓦里(北部)當代帝國衰落之間的時期，以及幾個世紀後印加帝國的崛起”來自巴西貝洛哈里桑塔的米納斯吉拉斯聯邦大學的遺傳學家Fabricio Santos說：
第一個名爲AWKI-1的父系單倍型(awki意爲克丘亞語中的皇太子)是在早先的2個印加人Yahuar Huacac和Viracocha的下降家族中發現的。在庫斯科以南的居民中也發現了相同的印加後裔模式，主要是在祕魯的艾馬拉斯和玻利維亞。
名爲AWKI-2的第二個父系單倍型是在最近的印加人Huayna Capac的後代中發現的，他們是兩兄弟(Huascar和Atahualpa)的父親，他們在征服者到來時正在與帝國進行兄弟般的戰爭。桑托斯博士說：“AWKI-2也出現在安第斯山脈不同地區的數十人中，偶爾也會出現在亞馬遜地區，這表明人口擴張。”
“除了聖塞巴斯蒂安和聖傑羅尼莫之外，AWKI-1，AWKI-2的大部分位置都在庫斯科以南，包括喀喀湖和鄰近的Pacaritambo盆地，與印加人的兩個基本神話一致”裏卡多說藤田補充說，“可能在與最終目的地庫斯科同一旅程的不同時間拍攝兩張照片”。羅納德·埃爾沃德說：“同樣值得注意的是，在這些當代印加貴族家庭中，自哥倫比亞時代以來就存在着一種連續性。”
對其mtDNA的分析表明，一種高度變化的母系標記，其對應物遍佈安第斯山脈，反映了高遺傳流動。“這可能反映了庫斯科貴族與全國各地王國和領主的女兒之間的婚姻安排的政治聯盟”何塞·桑多瓦爾說。
正在進行的分析
這項工作是該團隊通過Genetics重建南美歷史的幾項研究的延續，並且還得到了Fabricio Santos在南美領導的Genographic Project(Geno 1.0)的資助。兩部出版的作品包括Uros獨特的古老根源，喀喀湖浮島的人和祕魯亞馬遜的Quechwa-Lamistas。
現代Uros是艾馬拉人，有些人認爲是來自艾馬拉族的人，他們生活在浮島上，從旅遊業中獲益。然而，該團隊表明他們是遺傳孤立的人，他們失去了原來的Uros語言，轉而使用更廣泛使用的艾馬拉語。另一方面，Kechwa-Lamista是亞馬遜人，他們講安第斯克丘亞語，他們被認爲是印加人的前敵人安第斯查卡的後裔，並被他們追逐到亞馬遜。DNA表明他們實際上是天主教徒聚集的語言不同的亞馬遜人的後代，他們被教授克丘亞語(由安第斯山脈的傳教士學習)以獲得更好的傳福音。
“在某些情況下，遺傳學向我們展示了與官方歷史不同的東西。在歷史記錄中沒有書寫或寫得不好的東西，可以通過我們的DNA中所寫的東西來揭示。” Ricardo Fujita總結道。“這項研究只是嘗試解決最顯着文明之一的幾個謎團的冰山一角。一個印加君主身體遺骸的DNA，或者一個生活在西班牙殖民統治開始時的直系後裔的DNA更加確定印加血統，我們的團隊期待它“宣佈何塞桑多瓦爾。
