乙未戰爭又稱乙未之役，意指中日甲午戰爭後，中國清朝於公元1895年(農曆乙未年)被迫將臺灣割讓給日本帝國時，所發生的一連串臺灣人民反抗日本統治的大小戰役之總稱，同時也是臺灣島歷史上規模最大的一次戰爭。
戰爭過程
第一階段
1895年5月10日，薩摩藩所屬海軍中將樺山資紀被擢升爲大將，並受命爲臺灣首任總督，負責臺灣交接軍政大權。同年5月24日，樺山自廣島宇品港啓程，準備前往臺灣與清朝處理"交接臺灣"事宜。從伊藤博文親擬的《該島接收事宜》訓令信件顯示，日本的原本接收臺灣態度爲:令清朝兵員儘速離臺並於撤離之前全數繳械，並要求清朝官員和平移交公務文件。不過於啓程前的5月21日，樺山得知臺灣部分官民積極備戰後，心知和平接收臺灣已不可能，於是隨即派常備艦隊赴沖繩監視臺灣敵情。另一方面，他更指派駐於旅順大連，本預計攻擊北京的近衛軍團轉進臺灣。
近衛師團是日本天皇親衛軍，團長是北白川宮能久親王。近衛軍團其中的7000餘名兵力在1895年5月27日與樺山總督於沖繩會合後，5月29日遵照樺山"登澳底，攻基隆，佔臺北城"指示，登陸澳底，並在遭到小幅度抵抗中，於6月3日下午攻取基隆制高點獅球嶺炮臺，6月11日因鹿港商人辜顯榮之助進駐臺北。另外，6月初起，近衛兵團則將沒參加任何戰鬥，自行聚集於淡水的數千名原清國兵士，分數梯次遣返回中國大陸。
約在1895年6月2日，中國全權代表李經芳與臺灣總督樺山在日艦橫濱號完成臺灣交接。不久，基隆被日軍攻陷的臺灣民主國，內部發生紛亂。華兵廣勇多不能戰，而該國總統唐景嵩與統領丘逢甲分別喬裝與捲款逃離臺灣前往廈門(部分文獻稱丘氏挾帶軍餉10萬兩)，至此，乙未戰爭勝敗之勢漸趨明朗。
1895年5月29日至1895年6月18日止，此戰爭的兩方正規軍交戰告一段落。此階段，清兵及臺灣民主國轄下兵勇，共約3000名餘名正規軍參與戰役，戰死者不下200人。日軍因爲裝備新穎，實際傷亡並不多，其中，實際參加戰役的4000餘名近衛軍團中，死亡大約只有7名，受傷者25名。不過這段時間，日軍水土不服，因爲霍亂瘧疾死亡者，遠比這陣亡的這數字多很多。
第二階段
1895年6月14日臺灣總督樺山資紀自基隆乘火車入臺北大稻埕(但事實上鐵路因戰亂已近不堪使用，行駛數裏後即遣夫後推)。6月17日，樺山總督於設於清國原"布政使衙門"的總督府舉行臺灣"始政式"。
始政式後，1895年6月19日近衛師團派出擁有數千名的"混成支隊"下攻桃園、新竹，本以爲會如之前戰況順利，但是在6月22日前鋒部隊佔領新竹城前後，卻意外遭到此區域臺籍客家人的遊擊式的"壯烈反抗"。(《瀛海偕亡記》。)
1895年6月24日至6月26日，以胡嘉猷、吳湯興、姜紹祖、徐驤爲首的客籍義勇軍首先在平鎮、湖口、龍潭間伏擊日軍，獲得某些進展。隨後於7月9日，並在新竹城制高點十八尖山與近衛師團展開激戰。因爲兵力裝備懸殊及軍士素質參差不齊，在姜紹祖戰死後，吳湯興領導的客籍義勇軍於7月23日退居苗栗。
1895年8月8日，從日本獲得增援兵力的近衛師團，由北白川宮能久親自領軍，直指北臺灣與中臺灣的孔道城鎮-苗栗。在猛烈炮擊苗栗尖筆山，殲滅200名臺灣民主國兵士後，隨即該師團於8月14日進佔苗栗。自此臺灣民主國，以客家人爲主的北臺灣反抗，終告結束。
這階段，臺灣民主國除了臺籍客家人主要遊擊力量之外，亦有以蘇力、蘇俊、陳小埤爲主的三角涌義勇軍。他們在臺北附近對日軍的後勤與軍夫部隊展開一連串襲擊。1985年，7月12日近衛師團特務曹長櫻井茂夫率領運糧船隊在三角涌隆恩埔附近，遭到三角涌義勇軍的攻擊，全軍覆沒。也因這些反抗，讓本來以"軍事目標"爲主的總督府與其日軍在"良、匪難辨"情況下，不得不於7月下旬開始在桃園，中壢，甚至大漢溪流域，實施所謂"無差別掃蕩"的焚村與殺害平民事件。(野口勝一，《風俗畫報之臺灣征討圖繪》，1895，東陽堂)
第三階段
1895年8月23日日軍的近衛師團進佔臺中南部的大肚市街。另一方
面，吳湯興、徐驤、黎景嵩會合吳彭年、嚴雲龍率領的"黑旗軍"共數千名兵士除據彰化城。此外，臺灣民主國方面，另有400名兵士利用彰化八卦山炮臺，首度使用重武器的大炮炮擊進駐於大肚溪對岸的近衛師團。
1895年8月27日，日軍開始零星炮擊八卦山。於29日半夜發動進攻，歷經八小時，29日上午八時日軍宣告勝利。這是乙未戰爭最大的正面會戰，此稱八卦山之役。此戰役臺灣民主國統領吳湯興、將領徐驤、吳彭年、嚴雲龍皆力戰陣亡。
首因瘴癘造成日本近衛師團的嚴重死傷，又因加上臺灣民主國新任總統劉永福坐鎮臺南鳳山間的威脅，日軍再增派援軍第二師團及混成第四旅團分別於臺灣最南端阿猴枋寮與嘉義布袋嘴登陸。經過稍作歇息，上列兩支援軍加上近衛師團，1895年10月3日，日軍開始分別於三方向進佔臺灣南部各城。其中近衛師團在濁水溪遭到簡義率領的民兵攻擊，混成第四旅團在布袋、鹽水遭到義勇軍的襲擊，另外，第二師團於進攻南部據點打狗、鳳山時，也在茄苳腳及該兩城巷戰中，遇到小部份抗拒且造成百名兵士傷亡。另外在此階段，北白川宮能久親王與山根信成少將也接連因爲熱病相繼棄世。
乙未戰爭諸多戰事中，除八卦山之役之外，以臺灣南部六堆地區的客家義勇軍抗日活動最具規模，在臺灣南部六堆客家義勇軍總共與日本軍隊發生2次大規模戰役，一爲步月樓戰役、另一爲火燒莊戰役。
公元1895年10月11日，由日本乃木希典大將率領的臺灣遠征軍第二師團約7930人，從枋寮登陸往東港行進，沿途雖有臺灣民主國所屬正統軍零星抵抗，直至行經茄苳腳(現今屏東縣佳冬鄉)遇到由左堆總理蕭光明帶領的六堆客家義勇軍之左堆軍才真正受到劇烈戰鬥，此衝突也是該軍團首遇激烈戰役，此役即爲步月樓戰役，此役爲臺灣南部六堆客家義勇軍與日軍發生之首次大規模戰役。於茄苳腳巷戰中，六堆客家義勇軍左堆軍因不敵日軍的武力優勢，最後以茄苳腳的蕭家古厝步月樓爲最後防線奮勇抗日，但因六堆客家義勇軍之左堆軍等不到六堆客家義勇軍其他各堆客家軍支援之前，即不敵日軍強勢武力，孤軍奮戰直至翌日(10月12日)丑時，日軍攻陷茄苳腳，步月樓戰役終告結束。
在於步月樓戰役結束之後，日軍第二師團爲免六堆客家軍其他各堆軍的侵擾而耽誤日軍包抄臺南城(現今臺灣台南市)之日程計劃，故留下少數兵力牽制六堆客家軍其他各堆軍，其餘大部份主力軍力繼續按照原定攻擊行進路線(枋寮-->;東港-->;鳳山城-->臺南城)挺進包抄臺南城，並於1895年10月12日佔領東港、10月16日攻陷鳳山城(現今高雄市左營舊城)之後，繼而如日軍原定計劃繼續北上包抄臺南城。
1895年10月18日，日本近衛師團、第二師團與混成第四旅團皆抵達臺南城近郊，形成三方包抄形勢，臺灣民主國第二任總統劉永福在得知臺南城被三面夾攻，已知大勢已去，當日軍準備以兩師團之兵力圍攻臺南城之際，1895年10月20日，劉永福化妝爲老嫗，連同20名隨從由位於臺南城總統行館(位於現今臺灣台南市內的大天后宮)趕至臺南安平港，並先藏匿在中國籍戎克船船艙內，隔日(10月21日)隨即改乘轉搭英國籍商船「塞里斯輪(Thales)棄職逃亡到廈門。在劉永福棄職逃亡後，臺南當地士紳便循臺北模式推舉英國牧師巴克禮請求日本軍隊和平進城協助維持秩序。10月21日日軍第二師團山口素臣少將首先領軍進入臺南城，在兵不血刃的情況下順利進入臺南城，此情此景猶如當初進入臺北城的翻版，至此臺灣民主國亡。
在於日軍進佔臺南城，臺灣民主國亡後，1895年10月26日，日本軍司令部下令第二師團接替近衛師團擔任大肚溪以南的守備任務，由第二師團負責臺南、鳳山、恆春守備隊，混成第四旅團負責彰化守備隊，在於改由第二師團接手擔任攻擊守備的主力部隊的2天后，10月28日日本政府宣佈日軍近衛師團司令官北白川宮能久親王因瘧疾病死於臺灣台南的消息(對於此日本官方對於能久親王病死的說法，臺灣父老陳述卻都否認日本政府的此項說法)。11月13日日本近衛師團從臺灣南部打狗港(現今高雄港)離臺返日。
1895年11月9日，第二師團與近衛師團完成守備任務交接後，因臺灣南部六堆地區仍常有較大抗日活動，第二師團即命令第三旅團鳳山守備隊消弭臺灣南部之六堆抗日勢力，日本第二師團第三旅團鳳山守備隊於11月26日(農曆10月10日)在火燒莊 (現今屏東縣長治鄉長興村)遭遇到更大規模抵抗，六堆客家義勇軍與日本第二師團終於爆發臺灣南部第二次大規模戰役，即長興會戰，也是乙未戰爭中客家人抗日的最後一場戰役。此戰役由六堆大總理邱鳳揚親率六堆客家義勇軍3000餘人於火燒莊奮勇血戰日軍1萬大軍至翌日午時(11月27日)，六堆客家義勇軍因不敵日軍火燒攻勢及強大武力而戰敗，此役全莊被日軍火燒殆盡死傷慘重，此役又稱火燒莊戰役，也因乙未戰爭的最後一場戰役火燒莊戰役戰敗，臺灣人民抗日的乙未戰爭也隨之終告落幕。
歷史影響
有關乙未戰爭記載，因爲臺灣民主國的資料匱乏，史料通常來自日中兩國的相關文獻。在此文獻，兩者資料常有所出入或欠缺客觀性。不過總體來說，這場臺灣史上最大的戰役，其規模與影響是難以忽略的。不算1895年3月底登陸澎湖的混成支隊，光是進攻臺灣本島，從登陸澳底開始到同年10月完全佔領臺南城止，日本軍就共出動了近衛師團與第二師團兩大師團合計3萬7千餘人，馬匹7千頭，其中還不包括軍夫與後勤預備部隊。另一方面，臺灣民主國正規軍也前後出動約3萬3千人，民間鄉勇與反抗軍數量，則無所從估算。戰爭結果，日軍不含軍夫戰死160名，病死達4600人，其中還包含領軍的一親王及一少將。而臺灣方面，在這場戰爭中不但折損不少將領，包含被日軍"無差別掃蕩"波及的平民，傷亡的民與兵更是難以估算。經草估，約至少有在14000人以上。
由於無法臺灣人民羣衆激烈抵抗，日本對臺灣實施高壓的軍政。這現象遲至大正年間纔有所改善。另一方面，臺灣自主與反日勢力並沒有因爲戰爭落敗後，完全平息。以"保家"重於"衛國"的臺灣民間反抗，不但出現在1895年的反撲臺北城動亂，更在後續的二十年間的日人統治下，陸續出現。
