1460年7月10日，雙方在北安普頓發生第二次戰鬥。戰鬥中又是沃裏克伯爵率軍打敗了蘭開斯特軍隊，隨軍的亨利六世再次被抓住。這兩次勝利衝昏了約克公爵的頭腦，他未與親信貴族磋商就提出了王位要求，迫使亨利六世宣佈他爲攝政和王位繼承人，這就意味着亨利六世的幼子失去了王位繼承權。王后瑪格利特聞訊大怒，她從蘇格蘭借到一支人馬，集合了追隨蘭開斯特家族的軍隊，在約克公爵的領地騷亂。
約克公爵匆忙湊合一支幾百人的隊伍，前去征剿，由於輕敵冒進，被包圍在威克菲爾德城。12月30日，在內外夾攻下的約克軍四散逃跑，約克公爵及其次子愛德蒙被殺死，約克公爵的首級還被懸掛在約克城上示衆，並扣上紙糊的王冠，用以譏諷。但約克公爵19歲的長子愛德華於1461年2月26日進入倫敦。3月4日，他在沃裏克伯爵和倫敦上層市民的支持下自立爲王，稱愛德華四世。他知道瑪格利特決不肯罷休，遂在一些大城市召集到一支部隊，向北進發，去打瑪格利特。1461年3月29日，雙方在約克城附近展開決戰。
蘭開斯特軍隊有2.2萬餘人，遠遠超過了約克軍。當時蘭開斯特軍隊處於逆風之中，撲面的風雪打得他們睜不開眼楮，射出的箭也發揮不出威力。而約克軍隊則借強勁的風力增加了發射弓箭的射程，並蜂擁衝上山坡，使蘭開斯特軍隊損失慘重。蘭開斯特軍隊爲扭轉被動的防守局面，決定向山下的敵人發動反攻，雙方一直激戰到傍晚，仍然難分勝負。這時，約克軍隊的後續部隊趕到，這支生力軍向蘭開斯特軍隊未設屏障的一側發動進攻。蘭開斯特軍隊抵擋不住，被迫退潰。約克軍隊一直追殺到深夜。瑪格利特帶着亨利六世和少數隨從倉皇逃亡蘇格蘭。這次戰役的勝利使愛德華四世的王位暫時得以鞏固。
1465年，亨利六世再次被俘，被囚禁在倫敦塔中，瑪格利特只好攜幼子逃往法國。玫瑰戰爭中這幾次大戰役，都使用當時特有的戰法，即雙方騎士乘馬或徒步進行單個分散的搏鬥。通過交戰，雙方共損失5.5萬人以上，半數貴族和幾乎全部封建諸侯都死掉了。
在以後的戰爭過程中，約克派內部矛盾激化起來，最高統治權幾度易手，集中表現在愛德華四世和沃裏克伯爵的鬥爭上。愛德華四世趁沃裏克不在倫敦之際，召集一支部隊離開倫敦北行，他一面鎮壓北方叛亂，一面迅速擴軍。沃裏克在愛德華的大軍面前不得不逃亡，投靠法王路易十一。
不久，沃裏克在路易十一支持下，捲土重來，打回英國。這回輪到愛德華四世逃亡，他逃到尼德蘭，依附於他妹夫勃艮第公爵查理。1471年3月12日，愛德華四世利用英國人對沃裏克普遍反感的情緒，親率軍隊與沃裏克在倫敦以北的巴恩特決戰。愛德華四世共有9000人的軍隊，而沃裏克卻有2萬人的軍隊，由於力量懸殊，愛德華四世決定先發制人，清晨4時許，他率軍在濃霧中發起攻擊。
沃裏克本人被殺，其部下戰死者達1000人。接着在5 月4日，愛德華四世又俘獲了從南部港口威第斯偷偷登陸的瑪格利特王后，將她和她的獨生幼子及許多蘭開斯特貴族殺死。之後又祕密處死了囚禁的亨利六世。至此，蘭開斯特家族被誅殺殆盡，只有遠親里士滿伯爵亨利。都鐸流亡法國，他聲稱自己是蘭開斯特家族事業的繼承人。1471—1483年，英國國內恢復了和平，愛德華四世殘暴地懲治了不順從的大貴族。1483年4月愛德華四世死後，其弟理查登上了王位，他也同樣使用殘酷和恐怖的手段處決不馴服的大貴族，沒收其領地。他的所作所爲，反而促使蘭開斯特和約克家族都聯合在蘭開斯特家族的亨利。
都鐸周圍來反對他。1485年8月，理查同亨利。都鐸的5000人的軍隊激戰於英格蘭中部的博斯沃爾特。戰爭的緊要關頭，理查軍中的斯坦利爵士率部3000人公開倒戈，約克軍遂告瓦解，理查三世戰死，從而結束了約克家族的統治。出身於族徽爲紅玫瑰的蘭開斯特家族的亨利·都鐸結束了玫瑰戰爭，登上了英國王位，稱亨利七世。爲緩和政治緊張局勢，他同愛德華四世的長女伊麗莎白(約克家族的繼承人)結婚後，將原兩大家族合爲一個家族。
在這次戰爭中，蘭開斯特家族和約克家族同歸於盡，大批封建舊貴族在互相殘殺中或陣亡或被處決。新興貴族和資產階級的力量在戰爭中迅速增長，併成了都鐸王朝新建立的君主專制政體的支柱。從這個意義上說，玫瑰戰爭是英國專制政體確立之前封建無政府狀態的最後一次戰爭。恩格斯說：“英國由於玫瑰戰爭消滅了上層貴族而統一起來了。”這對於英國歷史發展來說，無疑是一件幸事。
隨着政治的統一，各地區的經濟聯繫得到進一步加強，封建農業開始向資本主義農業轉變，導致英國農村出現了許多資本主義農場，出現了一批與資本主義密切聯繫的新貴族，他們把積累起來的資本直接或間接地投入工業，使得英國工業、手工業迅速發展起來。
