烏干達
烏干達在阿明被推翻之後的一段時間，政治依然動盪，各黨派和民族之間的權力鬥爭嚴重。1979年4月13日，前大學校長優素福·盧萊教授被坦桑尼亞推舉爲臨時總統。6月份，由於總統權力大小的爭議，國家協商委員會委任戈弗雷·比奈薩取代盧萊出任總統。1980年5月12日，比奈薩又被以保羅·穆萬加爲首的軍事委員會撤職。烏干達隨後由總統委員會領導，委員包括保羅·穆萬加、約韋裏·穆塞韋尼、奧伊特-奧喬克和蒂託·奧凱洛。同年12月，戰後的首次總統選舉舉行，前總統米爾頓·奧博特當選。不過選舉存在爭議，約韋裏·穆塞韋尼聲稱奧博特是通過選舉舞弊上臺的，並宣佈與政府決裂，帶領他的支持者回到烏干達南部與西南部的大本營後，組成了人民抵抗軍，用游擊戰與政府對抗，史稱“叢林戰爭”，直到1986年穆塞韋尼推翻奧博特之後，烏干達局勢才大致回覆穩定。
坦桑尼亞
坦桑尼亞打了一場勝仗，卻付出了不少的代價。戰爭對坦桑尼亞造成了短期內難以恢復的破壞和帶來了龐大的軍費開支，此外戰後烏干達政局不穩，使坦桑尼亞必須在烏境內保持較長時間的駐軍擔當維和角色，這些都令到坦桑尼亞的國庫空虛。幾年後尼雷爾總統就因爲國內經濟的衰退而辭職。
歷史意義與地緣政治影響
烏坦戰爭也是近代以來，非洲大陸上第一次由一國武力推翻另一國政權。雖然對於坦桑尼亞來說是自衛還擊，但是戰爭的繼續和推翻阿明畢竟嚴重侵犯了烏干達的主權。這受到部分國家的猜疑和擔憂。因此，在戰後一段時間中，坦桑尼亞與其他鄰國如扎伊爾、肯尼亞的關係一度有所惡化。
