起義者
對起義者來說其後果悲慘。估計在鎮壓過程中約十萬農民喪生。倖存的農民自然被剝奪公權，喪失任何權利，任何人都有權追殺他們。許多領導人被處死，許多參加者和支持者受懲罰，有些懲罰非常殘忍。許多人在起義被平定後被領主判砍頭、刺眼、斷指等刑罰。也有許多人被迫交罰金，而且由於他們已經必須交許多稅根本無法交這些罰金。許多鎮失去了其權利，因爲它們支持了農民，有些城市喪失其法庭權、節日被禁止、城牆被拆除、所有武器必須上交、晚上酒店不許開門等等。
在部分少數地方農民戰爭爲農民帶來了好處。有些地方領主與農民制定合同來解除過去的惡狀(比如在1526年施派爾帝國議會上就坎普頓修道院的問題簽署了這樣的合同。在許多地方農民的處境不像過去那麼不明確，他們不必向他們的地主，而是直接向他們的領主繳稅。
軍隊首領
對於鎮壓農民起義的軍隊首領來說這次行動收穫非常大。比如施瓦本聯盟的軍隊的首領在上施瓦本獲得了許多土地。他們也乘機搶劫和勒索農民來支付他們的僱傭軍的軍費。
帝國
一些農民軍(比如在蒂羅爾)在此後還堅持了數年。有些被剝奪公權的農民直到數十年後還在深山老林中當強盜。但是此後300年中沒有再爆發大型的農民起義。一直到1848年的三月革命中農民在1525年的《十二條款》中提出的要求才完全被實現。
對於整個帝國的經濟來說喪失十萬農民是一個巨大的打擊。這使得整個德國的政治體系在此後沒有改革的機會，在三十年戰爭中成爲其它強國的戰場。
