拓跋嗣繼位前後，北方劉屈孑(赫連勃勃)、南方劉裕同時崛起，這兩個人及其後人將來都給北魏帶來大麻煩。
姚興極力扶植劉屈孑，令其收集舊部，爲後秦北面屏障。但劉屈孑是個白眼狼，殺死岳父沒弈幹，吞併多蘭部，背叛後秦，改名赫連勃勃，自稱大單于，大夏王，姚興從此陷入與赫連勃勃的苦戰之中，因此主動向拓跋嗣拋去了紅線，要結婚姻之好。真是此一時彼一時，當年，拓跋珪低三下四前來求親，姚興留馬扣使，鼻子不是鼻子眼不是眼的，而今卻淪落到這個份上。
415年，姚興女興平公主來到平城，與拓跋嗣完婚，夫妻恩愛。後來，姚氏鑄金人不成，不得爲皇后，並於結婚五年後病故，拓跋嗣十分惋惜，追封爲皇后。
西平公主到平城不足一年，姚興病死，姚泓繼位，姚氏子弟多有不復者，內訌大起，赫連勃勃趁機南侵，擒殺姚軍都，“遂據雍，抄掠郿城”。
劉裕見機大喜，決定發動第二次北伐，平滅後秦。劉裕是這一時期的第一牛人，少年貧苦，以販賣草鞋爲生，399年應徵入伍，在鎮壓孫恩的戰事中嶄露頭角，表現出非凡的軍事才能。403年，軍閥桓玄殺入建康，廢白癡晉安帝司馬德宗，自稱大楚皇帝。404年，劉裕與劉毅、何無忌等二十七人在京口起兵，次年擊潰桓玄，迎晉安帝復位，自此大權在握。410年，劉裕進行第一次北伐，一舉消滅了南燕，慕容超被押送建康，斬於菜市口，鮮卑慕容部建立的政權自此全面謝幕。411年，又鎮壓了神棍盧循的造反，413年，又派兵西攻譙縱，收復了巴蜀。
東晉義熙十二年(416年)八月，劉裕出兵討秦，五路並進。第一路是先鋒主力，由龍驤將軍王鎮惡與冠軍將軍檀道濟率領，從淮北直撲許昌、洛陽方向;第二路是偏師，由新野太守朱超石、寧朔將軍胡藩率領，自襄陽向北，攻略南陽，這兩路的戰略目的是盡收黃河之南。
第三路是誘敵之師，兵力很少，但聲勢造的很大，由振武將軍沈田子、建威將軍傅弘之率領，自襄陽向西北挺近，進攻武關(今陝西商州附近)，威脅關中，使後秦主力不敢東出潼關，救助中原。待收復中原之後，第三路待機再動。
四路、五路爲水軍，建武將軍沈林子、彭城內史劉遵考率領第四路，出石門(今河南滎陽西北)，自汴水入黃河，保障先鋒軍團的糧草後勤。由徵虜將軍王仲德統領第五路，開通鉅野澤(今山東鉅野北)，率舟師自泗水入黃河，巡視河防，防止北魏干涉。高手出招，法度森嚴，無懈可擊，這樣的戰略部署，是東晉歷次北伐最高峯。
劉裕自己駐紮在彭城，總督五路，待北魏態度明朗之後，再行西進。
王鎮惡是前秦名相王猛之孫，前秦滅亡後移居江南，劉裕委之以先鋒之任，王鎮惡慨然發誓：“我若不能攻克關中，誓死不渡江回鄉!”
王鎮惡與檀道濟所向披靡，連戰連捷，秦軍望風而降，順利攻克許昌，擒獲後秦潁川太守姚垣及大將楊業。沈林子的一路水軍進入黃河後，得到了襄邑(今河南睢縣)豪強董神虎的協助，很快就攻克倉垣(今河南開封西北)。
從鉅野進入黃河的王仲德水軍溯河而上，一路無阻。當時，魏軍佔據黃河以北，只有滑臺(今河南滑縣)一城孤懸在黃河南岸，滑臺守將是北魏的兗州刺史尉遲建。尉遲建見晉軍水陸並進，聲勢浩大，嚇得心驚膽戰，棄城北渡黃河，王仲德兵不血刃，白撿了一座滑臺城。
拓跋嗣與西平公主新婚燕爾，見後秦有難，豈甘心袖手旁觀?最關鍵的是，拓跋嗣擔心劉裕行假途滅虢之計，順道攻打北魏，因此立即派叔孫建、公孫表引軍南下，先殺了畏敵如虎的尉遲建，然後渡河兵臨滑臺城下，質問王仲德爲何入侵魏國。
關於與北魏的關係，劉裕在出徵之前就定下基調：全力滅秦，暫不惹魏，先禮後兵，因此王仲德讓司馬竺和之在城頭答話：“劉太尉借道黃河，只是想到洛陽清掃先帝皇陵，並無針對魏國的軍事行動，魏軍自己棄城而去，我們也倍感意外。王徵虜(王仲德)只是借空城稍做停留，很快就將西進，你們何必揚旗鳴鼓、虎視眈眈呢?”
劉裕比王仲德還能裝，親自給北魏河北鎮將於慄磾寫了封信：黑矛公閣下，本太尉的敵人只是姚秦，僅僅是借道黃河，沒有別的企圖，請勿憂慮。
我們現在看到的《魏書》，實際上已經對北魏人名做了改動，姓氏按照太和改制之後的姓氏，名字一般取鮮卑本名的一個音節，或者另取新名。如劉庫仁，實際的姓名爲獨孤沒根(獨孤改爲劉，沒根急讀作“庫仁”)。我們前面分析過的叔孫建，實際叫“乙旃幡能健”(《宋書索虜傳》：“虜又遣楚兵將軍徐州刺史安平公涉歸幡能健，“涉歸”是個官號，拓跋珪的鮮卑名就是“涉圭”，慕容廆的父親也叫“涉歸”)。
爲了保留原名，《魏書》創造性地將原名記作小名或字，如拓跋珪，字“涉圭”。拓跋嗣，字“木末”，小名叫託腿錮(可能有個S字尾音被省略了)。
在改制之前，這些人物的名字都是用的鮮卑本名，拗口得很，南朝人多不能記，於慄磾(讀作於利弟)的漢化名字尚如此怪異，鮮卑本名不定是神馬火星呢，以致劉裕的信都不好寫，聽說這傢伙好使用一杆黑矛，得!乾脆稱他爲“黑矛公”。帳下書記皆大笑，這幾乎與綠毛龜是同類。
黑矛公”於慄磾收到劉裕書信，不敢自專，派快馬送至平城，然後“築壘於河上，親自守焉。禁防嚴密，斥侯不通”。劉裕越不讓擔心，他越擔心。
北魏君臣就劉裕的黑毛信展開熱烈的討論。
有人說：“函谷、潼關號稱天險，一夫當關萬夫莫開，劉裕些許步兵水師，豈能得過，北上登岸，則極其容易，劉裕必然是以討秦爲名，北上攻魏，此不得不防。”
拓跋嗣贊同，有人卻表示反對：“劉裕五路齊出，戰意決然，如果我們悍然攔截，乃是代人受兵，引火燒身，如此則姚秦無事我們卻白挨一頓打，不值!”
有人分析得很中肯：“黃河千里，處處可渡，一旦開戰，實在防不勝防。先帝建功立業，都是主動出擊，至於防守，實在不是魏軍所長。且晉軍已佔青州，到時候，劉裕自彭城北進，中原晉軍自滎陽渡河，恐怕恆山以南，不復爲魏國所有也!”
拓跋嗣不能決，回到後宮，西平公主哭哭啼啼，哀求救助後秦。女人最有力的工具就是眼淚，拓跋嗣決定發兵阻擊劉裕。又有人扯着拓跋嗣的袖子進諫：“軍國大事，豈顧婚姻，酬一女子之惠哉?”
拓跋嗣很爲難，轉問老臣崔宏。崔宏說：“論戰用謀，臣不如犬子崔浩，可招崔浩來問。”拓跋嗣召見崔浩，拜爲博士祭酒，賜爵武城子，這是崔浩進入北魏中樞之始。
崔浩多謀善算，學究天人，白皙高大，顏如美婦，常自比張良，並自稱在某些方面還超過張良，但就是沒學會張良的韜晦之計。聽完拓跋燾的苦惱，崔浩微微一笑，獻計道：“陛下勿憂!劉裕暫時不敢兩線作戰，我們不如不予理睬，縱之西進，待劉裕與秦軍主力接火後，我們興兵塞其東歸之路，迫使劉裕做出抉擇。”
就當時的形勢而言，崔浩的計策是最佳選擇，如果拓跋嗣採納崔浩之計，劉裕將陷入兩面受敵之地，如果不願兩線作戰，只能黯然撤軍。拓跋嗣沒有崔浩的腦子，也沒有他兒子拓跋燾的雅量，聽說崔浩懂《易經》，知《洪範》，因此只讓崔浩給他算卦解惑，並不用其經國之計，最終還是派司徒長孫嵩督山東諸軍事，又遣振威將軍娥清(原名拓跋娥清，亦是北魏宗室，後來在攻滅北燕之戰中導致馮跋逃跑，被拓跋燾貶爲門卒，開除出宗室，因此搞得有名無姓)、冀州刺史阿薄幹(姓阿伏，名薄幹)，率步騎十萬屯駐黃河北岸，加上叔孫建、公孫表、於慄磾的軍隊，近二十萬魏軍夾河死守，擺出一副阻止晉軍西進北上的架勢。
任你有雄兵百萬，豈能嚇到氣吞萬里如虎的劉裕，劉裕留子劉義隆鎮守彭城，以左將軍向彌爲北青州刺史，鎮守碻磝(今山東茌平西南)，威脅魏軍側背，然後親率水軍自淮、泗入清河，轉鉅野澤逆黃河西上。
北岸魏軍大驚，便以數千騎兵隨劉裕水軍西行，不時襲擾，從岸上放箭。劉裕派人上岸還擊，魏軍立即退走，奔入營壘。等晉軍登船，魏軍復來，晉軍縴夫只能在南岸拉縴，因此船行甚緩。劉裕大怒，派督護丁旿(此人是劉裕的貼身衛士，力大無窮，南朝樂府歌謠中有《丁督護歌》數首，即言此人也)率七百人登岸，在距水百餘步處，列戰車百乘，佈下弧形的車陣。此陣兩頭抱河，形似新月，故名卻月陣，這是劉裕的新發明，乃以步兵反制騎兵的神來之筆。
魏軍見數百名晉軍推車登岸，不解其意，引頸觀望。丁旿命每車上登士卒七人，在車轅上張設巨型盾牌，然後在陣中堅起白旄，這是車陣建好的信號，劉裕望見，又命寧朔將軍朱超石率軍兩千攜帶大弩、利箭、短槊上岸，每輛戰車又增二十名弩手。
魏軍這才恍過神來，向晉軍發動攻擊。朱超石嫌魏軍太遠，命弩手先以軟弓小箭射擊，射之不遠，中箭亦不死，魏軍大笑，不爲設備。長孫嵩接到消息，率騎三萬前來助戰，下令三面合圍(陣後是黃河，只能圍三面，但卻月陣是弧形，任你三面來，我只守一面，這是卻月陣的妙處之一)。
朱超石這才命令士卒改換強弓硬弩，猛射魏軍，魏軍死傷頗重。長孫嵩大怒，督促後軍補充，踏屍而進，縮小包圍圈。朱超石早有準備，箭也不用了，命士卒射短槊，用大錘錘擊弩機，一射發三槊，一槊洞穿三、四名魏軍。卻月陣呈弧形，魏軍雖多無用，彷彿排隊受死，魏軍從未受過如此重創，“一時奔潰，死者相積”。劉裕見魏軍潰敗，下令振武將軍徐猗之率五千士卒登岸追擊，徐猗之斬殺魏軍大將阿薄幹，追至越騎城，魏軍援軍趕到，包圍徐猗之。徐猗之命令士兵用長戟結陣抵抗，與魏軍展開肉搏。如此兇悍的晉軍，久違了!不久朱超石率軍推車趕到，再設車陣，魏軍已經領略過車陣硬弩的厲害，膽氣已破，前後相傳，鬨然而逃。
叔孫建、公孫表見此惡戰，心驚膽戰，滑臺城內的王仲德擊鼓而出，叔孫建、公孫表害怕被滅，急忙渡河而逃，劉裕也不阻擊，任其渡河。劉裕在河上耀兵數日，魏軍不敢接近黃河，劉裕打一巴掌揉三揉，派人給魏軍主將長孫嵩送去米酒及江南點心，長孫嵩不敢食用，皆送往平城。拓跋嗣知道魏軍慘敗，乃命長孫嵩厚答劉裕，送上馬肉羊酪之塞北食品，劉裕笑納，命左右分爲食之，以示不疑。拓跋嗣仍命魏軍監視晉軍行動，但長孫嵩等終懷恐懼，只是在河北擺擺樣子，不敢接近黃河，劉裕遂安然西上。
卻月陣之戰，劉裕只動用七千七百步兵，卻一舉擊敗數萬魏軍，斬軍殺將，迫使十餘萬魏軍望河卻步，不能不說是一則經典案例。
劉裕這裏阻住魏軍，王鎮惡、檀道濟一路進展得更加順利，攻陷陽城、滎陽兩城，與南路上來的沈林子合兵一處。後秦洛陽守將姚洸一面向長安方面求援，一面分兵扼守洛陽東部險要關隘。這些東西在王鎮惡面前簡直如同紙糊草扎的一般，遂斬將長驅而進，包圍洛陽，姚洸見大勢已去，出城投降。王鎮惡並不在洛陽停留，直撲潼關。
在潼關前線，王鎮惡做出部署，自己率部攻擊潼關，命檀道濟別攻蒲阪，又命沈林子負責殿後，保護糧道。後秦守將姚紹收集從中原潰退的後秦士兵，自己死守潼關天險。另外，姚紹知道晉軍水師厲害，因此派遣別將率重兵把守蒲阪，阻水設陣，企圖在關中最後一道防線上與晉軍決戰。
沈林子也是一員能將，他見姚紹分兵拒險，蒲阪水道又不易通過，立即建議王鎮惡合檀道濟獨攻潼關。王鎮惡採納建議，招回檀道濟軍，猛攻潼關。
蒲阪守軍雖然失去意義，但姚紹不敢召回，反而導致潼關兵少，被王鎮惡一舉攻克，姚紹後退百里，在定城再建防線，一面依險拒守，一面派姚洽、安鸞二將封鎖水路，截斷晉軍糧道。負責殿後的晉將沈林子多次擊敗姚洽、安鸞等劫糧之軍，斬殺姚洽。
此時，劉裕的船隊抵達陝城(今河南三門峽)，晉軍士氣更壯。劉裕命第三路主將沈田子率軍一千從秦嶺山中祕密前進，進駐青泥關(今陝西藍田附近)。後秦皇帝姚泓正準備親率大軍來援姚紹，突見沈田子出現在藍田，恐後路被斷，於是決定先消滅沈田子，再與劉裕決戰。
沈田子的軍隊只有劉裕的疑兵，只要襲擾姚泓主力即可，不料沈田子(沈林子之弟)也是一位猛人，竟然以千人之兵直衝秦軍主力，秦軍猝不及防，被殺萬餘人，這仗打得更令人無語。姚泓大懼，狼狽逃回灞上。姚紹前被重創，後失援軍，氣得吐血而死，東平公姚瓚代行兵權，又被王鎮惡、沈林子擊敗。
自此長安以東秦軍皆被擊敗，劉裕下令水陸並進，自渭水直取長安。後秦將軍姚難率隴西之軍回救長安，姚泓彷彿抓住了救命稻草一般，從灞水退至屯石橋(在長安附近)，企圖與姚難會師。
王鎮惡看出此節，挑選騎兵千人，由驍將毛德祖率領，看姚泓比速度。毛德祖也很厲害，不僅跑得快，而且武藝高，陣斬姚難前鋒部將姚強，又擊潰了姚難軍。姚泓趕到之時，姚難已經率潰兵逃入長安多時。姚泓慌忙派部將姚丕扼守渭橋，企圖阻擊王鎮惡。王鎮惡在渭橋東面棄舟上岸，大敗姚丕。姚丕敗軍反衝入姚泓陣中，自相踐踏，死者無數。姚泓單騎還宮，秦軍主力全軍覆滅。
第二天，王鎮惡攻破長安平朔門，姚泓率皇子、文武官員跪地請降，後秦國滅亡。關中遺老引孫提壺，夾道歡迎晉軍。劉裕入太極殿，見前朝遺物，不勝唏噓。
恰逢崔浩進宮講授《尚書》，拓跋嗣問崔浩：“姚氏父子亦是西羌之梟雄也，經營關中，長達三十三年，何故如此之速亡呢?”
崔浩說：“姚萇叛主逆起，姚興好養虛名，姚泓幼而無才，三代皆無實用之人，只是命好，豎子成謀而已，他們爺仨捆在一塊，也不是劉裕的對手，有何疑問!”
拓跋嗣沉默良久，又問：“劉裕與慕容垂相比，誰更厲害一些?”
崔浩答曰：“劉裕勝。”拓跋嗣請言其詳，崔浩說：“劉裕卻出身寒微，白手起家，舉手而滅桓玄、譙縱、慕容超、盧循、姚泓等人，威震中外，無人可及，慕容垂承父祖之資，振臂一呼，屠何、烏桓同類爭相歸之，稍加倚仗，便足於立功建國，但平定一個河北之地卻費時數年，武功如何可跟劉裕相提並論!”
拓跋嗣聞此，憂心忡忡，說：“劉裕與朕同世，真勁敵也!”
崔浩道：“陛下勿憂，關中戎夷混並，虎狼之國，劉裕易得之，不易守之，不久必然還兵江南，顧其根本，我們只須按兵息甲，待劉裕撤軍，關中終爲魏國所有也!”
拓跋嗣的心情被撩撥得七上八下的，又來了精神，說：“既然關中形勢險惡，我們阻斷黃河，困劉裕於關中，然後派精兵南襲彭城、壽春，劉裕即使有沖天只能何能爲也?”
崔浩說：“我們西北有柔然、鐵弗二寇，陛下不可棄近地而臨遠地。魏兵雖多，將無韓白(韓信、白起)，長孫嵩有治國之用，卻無進取之能，於慄磾有勇無謀，奚斤有謀無勇，其餘諸將，更不是劉裕的對手，微臣以爲還是等待時機爲妙。”
崔浩說話太直，一竿子打掉八顆棗，傳出去豈不被人忌恨，沒辦法，這就是他的風格。拓跋嗣哈哈大笑：“崔卿一言，衆將皆失色，請更論近代人物。”
崔浩大言道：“王猛之治秦，苻堅之管仲也，慕容恪之輔少主，慕容暐之霍光也，劉裕之平逆亂，司馬德宗之曹操也。赫連勃勃，忘恩負義之跳樑小醜也”
拓跋嗣說：“崔卿別老說外國人，評價一下先帝如何?”
兩人談了半夜，小崔指天畫地，吐沫星子滿天飛，糞土當年萬戶侯，最後卻碰到這個要命的問題，當下正襟危坐，不敢造次：“小人管窺，何能見玄穹之廣大。太祖用漠北醇樸之人，南入中地，變風易俗，化洽四海，自與羲農齊列，臣豈敢仰評?”
三個月後，留守建康的重臣劉穆之病故，劉裕果然派十二歲的兒子劉義真鎮守長安，自己還師江南。赫連勃勃見此大喜，趁機南進，擊敗晉軍，佔領長安。
