清查土地
1578年(萬曆六年)，張居正以福建爲試點，清丈田地，結果“閩人以爲便”。於是在1580年(萬曆八年)，張居正上疏並獲准在全國陸續展開清丈土地，並在此基礎上重繪魚鱗圖冊。全國大部分地區根據戶部頒佈的《清丈條例》對田地進行了認真的清丈，但也有一些地方官吏縮短弓步，溢額求功。如浙江海鹽“水涯草塹，盡出虛弓，古冢荒塍，悉從實稅。至於田連阡陌者，力足行賄，智足營奸，移東就西，假此託彼。甚則有未嘗加弓之田，而圖扇人役積尺積寸，皆營私窖。遂使數畝之家，出愈增而田愈窄焉。”然而由於大部分州縣清丈徹底，革豪右隱佔，額田大有增加。萬曆八年，全國田地爲7,013,976頃，比1571年(隆慶五年)增加了2,336,026頃。隨着額田的增加，加之打擊貴族、縉紳地主隱田漏稅，明朝田賦收入大爲增加。儘管張居正清丈田畝、平均賦稅的做法被海瑞等人認爲是下策，並不能真正解決民間賦稅不均的問題。但從理財的角度看，清丈田畝對於朝廷比較全面準確地掌握全國的額田，增加財政收入起了積極作用，更爲重要的是它還爲不久推行“一條鞭法”的賦稅改革創造了條件。
一條鞭法
爲了進一步改變嚴重的賦役不均，減輕無地或少地的農民的浮稅，適應社會經濟發展的新形勢，張居正在清丈土地的基礎上，實行了賦役制度改革。萬曆九年(1581年)，張居正通令在全國推行“一條鞭法”。這是自唐朝行“兩稅法”以來，中國賦稅史上的又一次大改革。
“一條鞭法”，又稱“條編法”，其主要內容有：統一役法，並部分地“攤丁入地”。把原來的裏甲、均徭、雜泛等項徭役合併爲一，不再區別銀差和力役，一律徵銀。一般民人不再親自出力役，官府需要的力役，則拿錢僱人應差。向百姓徵收的役銀也不再像過去按照戶、丁來出，而是按照丁數和地畝來出，即把丁役部分地攤到土地裏徵收，這就是所謂“攤丁入地”;田賦及其他土頁方物一律徵銀;以縣爲單位計算賦役數目;賦役銀由地方官直接徵收，以減少各種弊病。
一條鞭法的實行，在中國賦役制度改革發展的歷史進程中具有劃時代的意義。
對糧食宏觀控制
同時王國光出任戶部尚書後，立即對全國糧食進行宏觀控制。
當時，明朝人口不斷增長，邊疆戰事不斷，內地也時有農民起義爆發，因此管好糧倉具有相當重大的意義。
爲緩解矛盾，王國光對糧食精打細算、全面控制。他推行“天下撫按官”的辦法，對各個糧食渠道統籌安排，將糧食出入大權牢牢地掌握在國家手中，對緩解糧食緊張起到了十分關鍵的作用。
王國光還設“坐糧廳”，專門負責軍糧的督辦，大大方便了諸軍，又將散隸諸司的全國錢穀歸併，減少不必要的浪費。
這些改革措施行之有效，立竿見影，受到朝廷的稱讚，後形成定製。萬曆四年，王國光將在實際工作中總結出來的各條輯成《萬曆會計錄》。這部被神宗讚許爲“留心國計”的專集，後來成爲張居正推行“一條鞭法”改革賦稅制度的理論依據，乃至成爲明清兩代田賦的準則。
治理水利
萬曆六年(1578年)，張居正推薦、起用先前總理河道都御史潘季馴治理黃河、淮河，併兼治運河。潘季馴在治河中貫串了“築堤束沙，以水攻沙”的原則，很快取得了預期的效果。萬曆七年二月，河工告成，河、淮分流。計費不足50萬兩，爲工部節省資金24萬兩。徐州、淮安之間800餘里的長堤平等蜿蜒，河水安流其間。因而，“田廬皆盡已出，數十年棄地，轉爲耕桑”。黃河得到治理，漕船也可直達北京，“河上萬艘得捷於灌輸入大司農矣”。
