元朝在民族文化上則採用相對寬鬆的多元化政策，即尊重中國各個民族的文化和宗教，並鼓勵中國國內各個民族進行文化交流和融合。元朝還包容和接納歐洲文化，甚至能準須歐洲人在元朝做官，通婚等。歐洲著名歷險家馬可。波羅曾是元朝的重要官員。
元朝對中國傳統文化的影響大過對社會經濟的影響。不同於其他征服王朝爲了提升本身文化而積極吸收中華文化，元朝同時採用西亞文化與中華文化，並且提倡蒙古至上主義。例如極力推崇藏傳佛教，在政治上大量使用色目人，儒者的地位下降以及元代前期長時間沒有舉辦科舉等。由於士大夫文化式微，意味宋朝的傳統社會秩序已經崩潰。這使得在士大夫文化地位下降，屬於中下層的的庶民文化迅速的擡頭。這個現象在政治方面是重用胥吏，在藝術與文學方面則是發展以庶民爲對象的戲劇與藝能，其中以元曲最爲興盛。
思想
元朝的思想上也是兼收並用的，他們對各種思想幾乎一視同仁，都加以承認與提倡，”三教九流，莫不崇奉“。早在1234年趙覆被俘到北方後，他就在燕京設立太極書院，講授程朱理學，培養出一批理學家，使得理學得以北傳元朝時，元帝尊重儒學，冊封孔子爲“大成至聖文宣王”，並且推崇理學爲官學。元仁宗初年恢復科舉，史稱延祐復科，在《明經》、《經疑》和《經義》的考試都規定用南宋儒者朱熹等人的註釋，影響後來明朝的科舉考試皆採用朱熹註釋。
理學在元朝還有一些變化，南宋時期即有調和程朱理學的朱熹與心學的陸九齡等兩家學派的思想。到了元代，理學家大多捨棄兩派其短而綜匯所長，最後“合會朱陸”成爲元代理學的重要特點。當代有名的理學家有黃震、許衡與劉因與調和朱陸學的吳澄、鄭玉與趙偕，其中許衡、劉因與吳澄被譽稱爲元代理學三大家。朱學的後繼者爲了配合元帝的需求，更注重在程朱理學的倫理道德學說，其道德矇昧主義的特徵日趨明顯。從而把注意力由學問思變的道問學轉向對道德實踐的尊德性的重視，這也促成朱、陸思想的合流。元代理學的發展，也爲明朝朱學與陽明心學的崛起提供某些思想的開端。
由於元朝由蒙古人所統治，漢族士大夫基於異族統治的考量，在元朝初期大多分成合作派與抵抗派。合作一派是華北儒者如耶律楚材、楊奐、郝經與許衡等人。他們主張與蒙古統治者和平共存，認爲華、夷並非固定不變，如果夷而進於中國，則中國之。如果蒙古統治者有德行，也可以完全入主中原。他們提倡安定社會，保護百姓，將中華的典章制度帶進元朝，以教感化蒙古人。另一派是江南南宋遺民的儒者如謝訪、鄭思肖、王應麟、胡三省、鄧牧、馬端臨等人。他們緬懷南宋故國，堅持民族氣節。爲了消極抵抗元廷，採取隱遁鄉里，終生不願意出仕的方式。並且以着述書籍爲業，將思想化爲書中主旨。到元朝後期，由於元仁宗實行延祐復科，恢復科舉，及第者都感謝天子的恩寵，紛紛願意爲元廷解憂。元朝後期國勢大墬，政治腐敗、財政困難，使得當時士大夫如趙天麟、鄭介夫、張養皓與劉基等人紛紛提出各種政治主張，或從弊端中總結經驗教訓。他們大多提倡勤政愛民、廉潔公正、任用賢才等措施。元末民變的爆發使得南方有不少士大夫出於自身利益考慮，鎮壓農民起義。在明朝建立後，少數元朝遺老紛紛歸隱不出。
文學
元朝文學以元曲與小說爲主，對於史學研究也十分興盛。相對的元朝的詩詞成就較少，內容比較貧乏，但是文以虞集爲長，詩以劉因爲著。明朝王世貞說“元無文”，但是敘事性文學如戲曲、小說第一次成了主導地位。元朝使華北誕生元曲，江南則出現以浙江爲中心的文人階層，孕育出《三國演義》和《水滸傳》等長篇小說，自由奔放的文人如楊維楨、倪瓚等人，在城市發放出市民文化的花朵。
元曲
元曲分成散曲與雜劇，散曲具有詩獨
立生命，雜劇則具有戲劇的獨立生命。當時城市繁華，元廷不重視中國文學與科舉，當時社會提倡歌舞戲曲作爲大衆的娛樂品，這些都使宋、金以來的戲曲昇華爲元曲。散曲是元代的新體詩，也是元代一種新的韻文形式，以抒情爲主，主要給舞臺上清唱的流行歌曲，可以單獨唱也可以融入歌劇內，與唐宋詩詞關係密切；雜劇是元代的歌劇，產生於金末元初，發展和興盛於元代至元大德年間。根據《太和正音譜》中所記，大約有五百三十五本，創作十分巨大而輝煌。元朝後期，雜劇創作中心逐步南移，加強與溫州發揚的南戲的交流，到元末成爲傳奇，明清時發展出崑劇和粵劇。當時散曲四大名家有關漢卿、馬致遠、張可久與喬吉，有名的《南呂 ·一枝花》（《不伏老》）反映作者樂觀和頑強精神；《恁闌人》（《江夜》）追求文字技巧，脫離散曲特有風格；描寫景物的《水仙子》（《重觀瀑布》）雅俗兼備，以出奇制勝；其中描寫自然景物的曲子《天淨沙》（《秋思》）刻劃出一幅秋郊夕照圖，情景交融，色彩鮮明，被稱爲“秋思之祖”。雜劇五大名家除了關漢卿與馬致遠之外，還有白樸、王實甫與鄭光祖，有名的作品有《竇娥冤》、《拜月亭》、《漢宮秋》、《梧桐雨》、《西廂記》與《倩女離魂》，主要表現社會與生活情況、歌頌歷史人物與事件，強調人物的情感。元曲的興盛，最後成爲與漢賦、唐詩、宋詞並稱的中國優秀文學遺產。
宗教
元朝與各藩國：蒙古朮赤汗國、蒙古察合臺汗國、蒙古伊利汗國橫跨歐亞大陸，幅員遼闊，其疆土內的種族也十分繁多，這些都使得元朝的宗教呈現多元化，各類佛教（含漢傳佛教與喇嘛教）、道教、白蓮教等都取得了較大的發展；東西方的商旅、教士亦來往頻繁，自西方傳來的伊斯蘭教、基督教（含景教和天主教）與猶太教的影響力也逐漸增加。由於元朝對境內各種宗教基本採取自由放任的態度，甚且優容禮遇之，這種環境比較有利於宗教的傳播與發展。元朝僧人有免稅免役特權，致使一些不法之徒投機爲僧，甚至干預訴訟，橫行鄉里，成爲元代的一個社會問題。不過，元世祖曾在禮節上歧視伊斯蘭教，例如不尊重其宰羊方法，伊斯蘭教徒被逼吃死肉，此法令亦適用於基督教徒。元朝對宗教管制較爲寬鬆，使得民間如白蓮教、明教等藉此建立祕密組織，進行抗元起義。
